Разнообразие и еволюция на изчислително прогнозирани Т-клетъчни епитопи срещу човешки респираторен синцитиален вирус

Резюме

Човешкият респираторно-синцитиален вирус (RSV) е основна причина за инфекции на долните дихателни пътища. Въпреки повече от 60 години изследвания, няма лицензирана ваксина. Докато В-клетъчният отговор е основен фокус за дизайна на ваксината, профилът на Т-клетъчния епитоп на RSV също е важен за разработването на ваксина. Тук изчислително предвидихме предполагаемите Т клетъчни епитопи в слетия протеин (F) и гликопротеина (G) на RSV диви циркулиращи щамове чрез прогнозиране на афинитета на свързване от клас I и клас II на основен комплекс за хистосъвместимост (MHC). Ограничихме нашите изводи до запазени епитопи във F и G протеини, които бяха експериментално потвърдени. Ние приложихме многомерно мащабиране (MDS), за да конструираме Т клетъчни епитопни пейзажи, за да изследваме разнообразието и еволюцията на Т клетъчните профили в различни RSV щамове. Откриваме, че RSV щамовете са групирани в три RSV-A групи и две RSV-B групи в този Т епитопен пейзаж. Тези клъстери представляват различни щамове на RSV с потенциално различни имуногенни профили. В допълнение, нашите резултати показват по-голям дял на запазване на съдържанието на F протеин Т клетъчен епитоп сред последните епидемични щамове, докато съдържанието на G протеин Т клетъчен епитоп е намалено. Важно е, че нашите резултати предполагат, че RSV-A и RSV-B имат различни модели на дрейф и заместване на епитопа и че ваксините срещу RSV-B може да се нуждаят от по-чести актуализации. Нашето проучване предоставя нова рамка за изследване на еволюцията на RSV Т клетъчния епитоп. Разбирането на моделите на запазване и промяна на Т-клетъчния епитоп може да бъде ценно за дизайна и оценката на ваксината.

Ползи от Cistanche tubulosa- укрепване на имунната система

Резюме на автора

Инфекциите на долните дихателни пътища, причинени от човешки респираторен синцитиален вирус (RSV), са глобално предизвикателство за здравето. В-клетъчният епитопен имунен отговор е основният фокус на RSV ваксината и терапевтичното развитие. Въпреки това, индуцираният от Т-клетъчен епитоп имунитет играе важна роля в разрешаването на RSV инфекцията. Въпреки че генетичното разнообразие на RSV е широко докладвано, малко проучвания се фокусират върху разнообразието на RSV Т клетъчни епитопи, което може да повлияе на ефективността на ваксината. Тук ние използваме изчислително предсказани Т клетъчни епитопни профили на циркулиращи щамове, за да характеризираме разнообразието и еволюцията на Т клетъчния епитоп на RSV A и B. Ние систематично оценяваме Т клетъчния епитопен профил на RSV F и G протеини. Ние предоставяме пейзажна визуализация на Т-клетъчен епитоп, която показва съвместната циркулация на три RSV-A групи и две RSV-B групи, което предполага потенциално различен Т-клетъчен имунитет. Освен това, нашето проучване показва различни нива на запазване на съдържанието на F и G протеин Т клетъчен епитоп, което може да е важно за корелация с продължителността на защитата от ваксината. Това проучване предоставя нова рамка за изследване на еволюцията на RSV Т клетъчния епитоп, заключение за RSV Т клетъчен имунитет на популационни нива и наблюдение на ефективността на RSV ваксината.

Въведение

Човешкият респираторен синцитиален вирус (RSV) е РНК вирус с отрицателна верига, който е класифициран вОртопневмовирусрод на семействотоPneumoviridae. Това е основна причина за заболяване на долните дихателни пътища при малки бебета, имунокомпрометирани индивиди и възрастни хора, което води до годишни епидемии в световен мащаб [1]. Едноверижният РНК геном на RSV е приблизително 15,2 kb и кодира 11 вирусни протеина [2]. Протеините Fusion (F) и Glycoprotein (G) са двата основни повърхностни протеина [3]. Обикновено се смята, че F протеинът е запазен и следователно е фокусът на повечето настоящи дизайни на RSV ваксина. Въпреки че G протеинът е силно променлив, неговият принос към патогенезата на заболяването и ролята му в биологията на инфекцията предполагат, че той може също да бъде ефективен антиген на RSV ваксина [4]. Въпреки значителната тежест на инфекцията с RSV в световен мащаб, няма лицензирана ваксина. Единствената одобрена интервенция е пасивна имунопрофилактика с паливизумаб, която се постига чрез прилагане на моноклоналното антитяло (mAb) на силно ограничена група от кърмачета на възраст под 24 месеца и лечението трябва да се повтаря всеки месец по време на сезона на RSV поради относително кратък полуживот на антитялото [5,6]. Поради високата цена на лечението с моноклонални антитела, тази интервенция е ограничена до високорискови бебета и като цяло не е достъпна в развиващите се страни. Ваксината срещу RSV е спешен глобален приоритет на здравеопазването и е вероятно да са необходими различни стратегии за различните високорискови групи.

Cistanche ползи - укрепва имунната система

Редица изследователски екипи са работили върху разработването на RSV ваксината от нейното изолиране и характеризиране през 1956 г. [7,8]. Въпреки това, ваксинирането с инактивирана с формалин, утаена с стипца RSV (FI-RSV) ваксина при бебета и малки деца, които не са били лекувани с RSV, доведе до развитието на заболяване, предизвикано от ваксината (VED), което възпрепятства развитието на ваксината за следващите десетилетия [9] ]. Проведени са много проучвания, за да се обясни този нежелан резултат. Вероятно фиксирането с формалин е довело до ваксина, която представя най-вече пост-фузионната конформация на RSV F протеин, което води до излишък от неутрализиращи антитела и образуване на имунен комплекс [10–12]. Други проучвания показват, че нарушен Т-клетъчен отговор с Th2 изкривяване [13,14], както и отлагане на комплемент в белите дробове, допринасят за засиленото набиране на неутрофили [12]. Последните разработки, включително разделянето на F протеина [15] и разработването на RSV модели на гризачи [16] допринесоха за редица кандидати за ваксина с нов дизайн и формулировки, които в момента са в клинични изпитвания [3,17,18]. Докато повечето настоящи стратегии за ваксиниране срещу RSV се фокусират върху индуциран от В-клетките неутрализиращ имунен отговор, Т-клетъчният имунитет също играе основна роля в разрешаването на вирусната инфекция и е от съществено значение за разработването на RSV ваксина [17,18]. След като се установи RSV инфекция на долните дихателни пътища, CD8 Т клетките играят важна роля в вирусния клирънс и CD4 помощните Т клетки могат да организират клетъчните имунни отговори и да стимулират В клетките да произвеждат антитела. Въпреки това Th2-предубедените отговори са свързани с животински модели на RSV VED и измерването на Th1 и Th2 отговорите се счита за важно за предсказване на безопасността на кандидатите за ваксина [12]. Следователно индуцирането на балансиран клетъчно-медииран имунен отговор чрез ваксинация би насърчило изчистването на RSV, но трябва да се внимава, за да се избегне потенциалът за имунопатология. Взети заедно, за разработването на RSV ваксина е необходимо по-внимателно изследване на Т-клетъчния имунитет и вирусните последователности, които индуцират Т-клетъчни отговори.

Човешкият респираторно-синцитиален вирус има сложен модел на циркулация в човешката популация. В рамките на две антигенни групи, RSV-A и RSV-B, различни генотипове могат да циркулират съвместно в една и съща общност, докато нови генотипове на RSV с голямо геномно разнообразие могат да възникнат и потенциално да заменят предишните доминиращи генотипове [19]. През последните години бяха идентифицирани няколко уникални генетични модификации в RSV, включително 72-нуклеотидна (nt) дупликация (ON генотип) в RSV-A G ген и друга с 60-nt дупликация (BA генотип ) в RSV-B в подобен регион [20]. Наблюдаваното генетично разнообразие на RSV повдига въпроса дали е необходимо RSV ваксината да включва няколко различни щама, за да бъде ефективна. Повечето настоящи разработки на RSV ваксина се основават на RSV A2 лабораторен щам, който е химерен щам, който принадлежи към подтип A [21]. Въпреки че тези лечения са обещаващи, съществува възможността вирусни щамове да развият евакуационни мутации. Например резистентни на паливизумаб щамове са изолирани както от RSV модели на гризачи, така и от хора [17,22]. Няколко линии доказателства също предполагат, че антигенната вариация може да играе роля в способността на RSV да избегне имунния отговор и установените инфекции [23]. Въпреки че силно запазените Т клетъчни епитопи във ваксината срещу RSV може да не осигурят пълна защита срещу инфекция, когато липсват кръстосани защитни отговори на антитела, силно консервативните Т клетъчни епитопи във ваксината все още могат да намалят тежестта на заболяването и да ограничат разпространението на вируса. Съобщава се обаче за аминокиселинна вариация на ниво Т клетъчен епитоп и потенциална поява на нови Т клетъчни епитопи на скорошни RSV циркулиращи щамове [24] и са необходими допълнителни проучвания, за да се илюстрират ефектите от аминокиселинните вариации върху Т клетъчното разпознаване . Следователно, характеризирането на Т клетъчни епитопни профили в различни щамове е много важно за разбиране на еволюцията на RSV и може да бъде важно за разработването на RSV ваксина.

растение цистанче, повишаващо имунната система

Щракнете тук, за да видите продуктите Cistanche Enhance Imunity

【Попитайте за повече】 Имейл:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

В това проучване ние използваме имуноинформационни подходи, които са внедрени в инструментариума iVAX [25] за прогнозиране на Т клетъчни епитопи в RSV в различни щамове с фокус върху двата основни повърхностни протеина F и G. С анализа на изчерпателен набор от данни ние оценете специфичния за линията Т клетъчен епитопен профил на RSV. Ние също така създаваме базирани на последователности Т клетъчни епитопни пейзажи въз основа на сравнение на съдържанието на епитоп в различни щамове и допълнително корелираме промяната на RSV Т клетъчния имунитет с еволюцията на вируса. Съотношението на съдържанието на крос-консервирания Т клетъчен епитоп между щамове кандидати за ваксина, които са се развили по-рано, и RSV циркулиращи щамове с различни години и места на изолиране също беше изчислено. Тези анализи могат да помогнат за разбирането на RSV Т-клетъчния имунитет при различни щамове и да допринесат за текущите усилия за проектиране на ваксина.

Резултати

Разпределение на Т клетъчни епитопи в RSV повърхностни протеини

Ние оценихме Т клетъчния имуногенен потенциал в повърхностните протеини на RSV чрез сканиране на 9 остатъчни области, за да предвидим вероятността за свързване с МНС клас I и клас II молекули (Фигура 1). Плътността на епитопа на повърхностните протеини на RSV се оценява с помощта на нормализиран резултат за плътност на епитопа, който се изчислява чрез сумиране на прогнозирания резултат за свързване на пептид-МНС в протеина и нормализирането му с дължината на протеина. Резултатът за произволно генерирани протеини е настроен на нула и антигените на ваксината обикновено имат резултат над +20 по тази скала [25]. F протеинът има резултат за епитопна плътност, по-голям от +20 както за анализа на скалата за имуногенност от клас I, така и за клас II, което показва значителен имуногенен потенциал [25]. Това контрастира с по-ниските G протеин клас I и клас II протеинови резултати за епитопна плътност и за двата RSV подтипа. Резултатът за епитопна плътност от клас I на G протеин е по-голям от +10 и в двата подтипа, но плътността от клас II е по-ниска от произволното очакване при анализа на RSV-B (Фигура 1А). Този резултат предполага, че повърхностните протеини на RSV вероятно имат потенциала да стимулират Т клетките, които са необходими за защитен имунитет. След това изследвахме разпределението на Т клетъчната имуногенност в протеините и открихме, че има региони с относително висок Т клетъчен имуногенен потенциал (Фигура 1В). Разпределението на Т клетъчната имуногенност на F протеина се картографира върху неговата протеинова структура и се наблюдава припокриване между региони на протеинова последователност с висок Т клетъчен имунитетен потенциал и антитяло неутрализиращи мишени в антигенно място F и място II.

Фигура 1. Т клетъчен имуногенен потенциал за повърхностни протеини на RSV въз основа на прогноза за свързване на МНС

Специфични за линията Т клетъчни епитопни профили

След това разширихме предсказанията за епитоп на Т клетки от представителни щамове на RSV до множество диви циркулиращи щамове. Разпределението и разнообразието на Т клетъчни епитопи в различни щамове са илюстрирани в топлинни карти със съответните мащабирани във времето филогении (S1 и S2 фигури). Както F, така и G протеините съдържат епитопи, които са запазени във всички RSV щамове в почти 100% от взетите проби изолати, което предполага, че те могат да служат като кандидати за висококачествен Т клетъчен епитоп за дизайн на ваксина. Обратно, някои епитопи са мутирани в избрани щамове и тези епитопи, които се срещат само в определени клади във филогенезата, могат да бъдат интерпретирани като специфични за кладите „пръстови отпечатъци“.

Събитията на G генно дублиране в RSV, които са уникални генни подписи, могат или да изместят позицията на епитопите (локациите са различни, но аминокиселините на епитопите са идентични с G протеиновите изолати без дублиране) или да причинят появата на нови епитопи. Два нови епитопа от клас I, (№ 31 и № 40 на S2A фиг.), бяха открити в RSV-A щамове, които съдържат дублиране на G ген. В допълнение, появяващ се епитоп от клас II (№ 25 на S2A фиг.) беше идентифициран в RSV-A последователности, които съдържат дублиране на G ген, което беше изместване от епитоп (№ 24), което се наблюдава при други щамове. От RSV-B щамове, които съдържат събитие за дублиране на G ген, ние също наблюдавахме множество специфични за родословието епитопи от клас IT клетки, които вместо това са причинени от делеция на 2-аминокиселина (aa) (aa157 и aa158) в тези щамове от директно поради събитието дублиране 60-nt. RSV-B G протеини, които имат събитие на дублиране, съдържат множество нови епитопи (№ 22, 23, 26, 28, 30, 37), но не съдържат няколко епитопа (№ 24, 25, 27, 29, 31, 38) които са идентифицирани в други щамове (S2B фиг.). За по-нататъшно определяне дали изчислително прогнозираните Т клетъчни епитопи с висок потенциал за свързване на МНС са имуногенни, ние използвахме алгоритъма JanusMatrix [27] за идентифициране на Т клетъчните епитопи, които е вероятно да бъдат кръстосано запазени с човешки пептиди и по този начин да бъдат толерирани от имунната система . Въз основа на този анализ, 6,45% от предполагаемите епитопи от клас I и 1,12% от предполагаемите епитопи от клас II на основните повърхностни протеини на RSV са кръстосано запазени с епитопи, получени от човешки протеоми, при остатъци, обърнати към Т-клетъчен рецептор (TCR). Тъй като тези пептиди имат сходни HLA свързващи предпочитания, които се съдържат в човешките протеини (S3 Фигура), следователно се приема, че те не са имуногенни. След изключване на епитопите с висок JanusMatrix резултат, идентифицирани по-горе, ние успяхме да идентифицираме Т клетъчни епитопи, които бяха запазени в повече от 60% от циркулиращите в момента RSV щамове. Търсихме в базата данни за епитопи на IEDB, за да определим дали тези епитопи са свързани с експериментално валидирани RSV Т клетъчни епитопи или HLA лиганди (Таблица A в S1 Text). Консервираните RSV Т клетъчни епитопни последователности, които могат да бъдат важни за бъдещото разработване на ваксина, са показани в Таблици 1 и 2 (Таблици B и C в S1 Text).

Таблица 1. Експериментално валидирани запазени МНС клас I епитопи пептиди в основни повърхностни протеини на RSV

Предсказани пейзажи на RSV Т клетъчни епитопи 

To investigate the evolution of RSV on T cell immunity profiles, we use a multidimensional scaling (MDS) approach to visualize the T cell immunity profile of multiple RSV strains on a landscape. We performed a T cell epitope content pairwise comparison between RSV strains using in silico predicted peptide-HLA allele binding affinity. The pairwise T-cell epitope distances were then calculated using the algorithm reported in this study (Eq 1). We then applied a multidimensional scaling (MDS) approach using these estimated pair-wise T epitope distances to map RSV strains to a landscape to characterize their T-cell immunity profile. We found both class I and class II T cell immunity profiles of F and G proteins of different RSV strains were clustered into groups on this T cell epitope landscape (S4 Fig). Combining the class I and class II T-cell epitope binding profiles, RSV-A major surface protein isolates can be divided into three clusters and RSV-B major surface protein isolates can be divided into two clusters (Figs 2 and S5). We observe that the G gene sequence isolates that contain 72-nt (RSV-A) or 60-nt (RSV-B) duplications clustered together with other sequences instead of forming isolated groups. To further investigate the T cell epitope diversity, we correlated this clustering pattern with the phylogenetic histories (Fig 2B). The phylogenetic tree topologies of the RSV-A F gene and the G gene are similar. The F gene cluster 1 is paraphyletic, while clusters 2 and 3 are monophyletic. Cluster 1 is the closest to the ancestral sequence and mapping this group onto the phylogeny shows that this cluster has a basal relationship with clusters 2 and 3 indicating that the phylogenetic divergence occurred prior to epitope drift. The RSV-B F and G gene genealogies are very different. In particular, the RSV-B F gene topologies are indicative of strong immune selection, similar to observed human influenza A virus or within host HIV phylogenies [28]. In contrast, the RSV-B G gene phylogeny shows the co-circulation of multiple lineages, though this could reflect the sequencing bias of G genes (Fig 2B). We then calculated the T-cell epitope immune distance of each strain from a reconstructed ancestral sequence (Fig 2C). These distances were then plotted against the year of isolation and colored according to the cluster identified in Fig 2A. RSV-A shows that multiple predicted immune phenotypes co-circulate and persist for long periods (>2 десетилетия). Анализът на RSV-B показва промяна на прогнозираните имунни фенотипове с кратки периоди на съвместна циркулация (<5 years) for F and G protein T cell epitopes. The limited periods of co-circulation are again consistent with phenotype patterns observed for viruses under strong immune selection (e.g. H3N2 influenza A virus) [29,30]. In contrast, genetic distances from the reconstructed ancestral sequence plotted against year of isolation show patterns typical of gradual genetic drift, except in the G gene where a 72-nt and 60-nt insertion is present (Fig 2D). Taken together, these results suggest that genetic and predicted T-cell epitope immune diversity are different and may be an important factor to consider when evaluating RSV vaccine efficacy.

Таблица 2. Експериментално валидирани запазени МНС клас II епитопи пептиди в основни повърхностни протеини на RSV

Фигура 2. Предсказани Т клетъчни епитопни пейзажи и генетична еволюция на RSV повърхностни протеини

Има множество налични методи за предсказване на Т клетъчни епитопи [31], което може да доведе до различни реконструирани пейзажи, ако има систематично отклонение в метода за предсказване. Използвахме метода NetMHCpan [32], за да предвидим Т клетъчни епитопи и да извършим същата ландшафтна реконструкция, използвайки MHC клас I свързващи прогнози за RSV-A F протеин. Нашият анализ показа последователен групиран модел на RSV Т епитопен профил върху ландшафта, независимо от метода за прогнозиране на Т клетъчния епитоп (S7 Фигура).

Фигура 3. Оценка на използвани преди това щамове кандидати за RSV ваксина със съдържание на Т клетъчен епитоп на циркулиращи щамове

Оценка на кандидат-щамове за ваксина със съдържание на Т-клетъчен епитоп

T cell epitopes that are similar between vaccine strains and wild strains (cross-conserved T epitopes, which are defined as epitopes that share identical T cell receptor-facing residues and are restricted by the same alleles [33]) may be responsible for the T cell immune protection of the vaccine. To quantitatively evaluate whether it might be necessary to include multiple RSV strains to prepare an effective vaccine, two live attenuated RSV strains that are previously considered as vaccine candidates, CP248, a recombinant virus that belongs to subtype A, and CP52, which is a recombinant RSV-B strain, were included in our analysis and we evaluated their T cell epitope conservation with different RSV wild-type strains. We calculated the average proportion of cross-conserved T cell epitope content between the selected vaccine strains and wild-circulating strains from different isolation years and WHO regional groups (Figs 3 and S8). Different proportions of cross-conserved T cell epitope content against isolates from two different subtypes, A and B, were observed in both the F and G protein analyses. In the comparison of the vaccine strains and wild strains belonging to the same subtype, the proportion of cross-conserved T cell epitope in RSV F protein is relatively stable in different groups, all are higher than 78% for RSV-A and higher than 85% for RSV-B. In contrast, changes in the proportion of cross-conserved T cell epitopes were detected among groups within the same RSV subtype, especially in different temporal groups in the G protein analysis (Fig 3). Vaccine strain CP248 appears to have a relatively higher proportion of cross-conserved T cell epitopes within G protein when compared to the RSV-A strains that were isolated before 1991 (>70%) и относително по-ниска степен на запазване срещу наскоро изолирани щамове. Подобно намаляване на запазването на Т клетъчния епитоп с времето беше идентифицирано за ваксинален щам CP52 сред циркулиращите RSV-B щамове.

Дискусия

Въпреки че както CD4, така и CD8 Т клетките допринасят за защита срещу RSV-индуцирано заболяване след първична инфекция [16,34], Т клетъчните епитопи са получили ограничено внимание в изследователските усилия на RSV. Ние демонстрираме, че повърхностните протеини на RSV изглежда имат значителен потенциал да стимулират Т-клетъчния имунитет, използвайки изчислителен подход, базиран на техните резултати за плътност на Т-клетъчен епитоп, както е определено чрез прогнозиране на молекулярно свързване на МНС. Относително високата предполагаема плътност на Т-клетъчния епитоп може да направи F протеина добра цел за RSV ваксината. В допълнение към анализа на плътността и разпределението на Т клетъчния епитоп в основните повърхностни протеини на RSV, ние също демонстрирахме специфични за линията вариации в съдържанието на Т клетъчен епитоп. Въпреки че се смята, че RSV F протеинът е добре запазен, епитопни мутации се наблюдават в различни линии в F протеина, което предполага, че изучаването на специфичните за линията Т клетъчни епитопи в RSV може да даде представа за въздействието на имунната селекция върху вирусното разнообразие и устойчивост . За разлика от запазения F протеин, за RSV G протеина се съобщава, че е силно променлив, ние все още наблюдаваме потенциални запазени Т клетъчни епитопи в различни щамове, което предполага голям интерес към запазения домен на G протеин като потенциални мишени на ваксината върху Т клетъчната имунна защита . Въпреки че е необходимо експериментално валидиране, този анализ подчертава значението на разбирането на запазването на епитопите на популационно ниво, тъй като може да предостави важна представа за разработването на Т-клетъчни епитопни ваксини срещу RSV инфекция.

Основен фокус на нашата работа е разработването на базиран на последователност метод за картографиране на еволюцията на Т-клетъчния имунитет в различни петна. След предишна основна работа, която използва MDS метода за картографиране на еволюционната адаптация на вируса на грип А, индуциран от CD8 Т клетки, използвайки присъствието и отсъствието на МНС клас I епитопи [35], ние конструирахме RSV Т клетъчни имунни пейзажи, използвайки имунни разстояния, които са генерирани чрез анализи за кръстосано запазване на Т клетъчен епитоп, което позволява лесна визуализация и интуитивно разбиране на потенциала за връзки на Т клетъчния имунитет между различни щамове. При сравняване между различни щамове, ние открихме, че съдържанието на Т клетъчен епитоп на RSV повърхностни протеини от различни щамове може да бъде групирано, както се наблюдава за антигенната връзка, докладвана при други патогени [36,37]. Нашите резултати също демонстрират съответствието между RSV Т клетъчни имунни клъстери и тяхната съответна филогенеза, като последователностите в една и съща клада обикновено принадлежат към един и същ Т клетъчен имунен клъстер. Важно е, че ние също наблюдаваме различни модели на еволюция на Т-клетъчен епитоп на RSV диви щамове в сравнение с тяхната генетична еволюция. Откриваме, че RSV щамовете с G генни дупликации все още могат да се групират с предишни RSV изолати в пространството на Т клетъчния епитоп MDS. Нашите резултати подчертават важността на характеризирането на промените на Т клетъчния епитоп в RSV.

cistanche tubulosa - подобряват имунната система

Ние идентифицирахме силно запазени RSV Т клетъчни епитопи в това проучване, някои от които вече са експериментално валидирани и публикувани в базата данни на IEDB. Въпреки това, ние също идентифицирахме няколко други запазени Т-клетъчни епитопи, които не са били описани по-рано. Те могат да бъдат ценни за дизайна на ваксина, въпреки че ще е необходимо експериментално валидиране. Освен това, хомологията на избрани RSV епитопи с човешки пептиди предполага, че някои прогнозирани RSV Т клетъчни епитопи могат да бъдат толерирани от човешката имунна система или биха могли да индуцират вреден кръстосано реактивен имунен отговор срещу човешки протеини, когато се прилагат с адювант [27]. Някои аспекти на имунитета към RSV не са разгледани в това проучване. Например отговорите на неутрализиращи антитела понастоящем се считат за най-важният корелат на имунитета. Докато неутрализиращи антитела не биха били директно предизвикани от ваксина, управлявана от Т-клетъчен епитоп, хелперните (CD4) Т-клетъчни епитопи са необходими за генериране на антитела с висок афинитет и висока специфичност. Ние също така отбелязваме, че сме ограничили нашия фокус върху двата основни RSV повърхностни протеина в настоящия ни анализ, но други RSV протеини като N, M или M2-2 протеини също могат да допринесат за ефикасността на ваксината [38].

cistanche tubulosa - подобряват имунната система

Една ефективна ваксина срещу променливи вируси трябва да съдържа Т-клетъчни епитопи, които са силно консервативни сред циркулиращите щамове [39]. Ефикасността на ваксината може да бъде намалена, ако Т-клетъчните епитопи във ваксиналния щам не съвпадат, когато се появят нови щамове на патогени. В това проучване използвахме имуноинформационен подход за оценка на съдържанието на кръстосано консервирани Т клетъчни епитопи между два живи атенюирани щама кандидат за ваксина и RSV циркулиращи диви щамове. Ние открихме, че има нисък дял на съдържанието на кръстосано запазен Т клетъчен епитоп с ваксинални щамове, които принадлежат към различни антигенни групи, което показва риска от използването на единичен подтип щам във ваксините срещу RSV. В допълнение, ние наблюдавахме по-нисък дял на съдържанието на кръстосано запазен G-протеин Т клетъчен епитоп между ваксинални щамове и скорошни циркулиращи щамове в една и съща антигенна група, което предполага, че включването на Т клетъчни епитопи от различни щамове в една и съща антигенна група също може да бъде важен за разработването на RSV ваксина. Въпреки че не наблюдавахме значителна промяна в съдържанието на крос-консервирания Т-клетъчен епитоп във F протеина, не можем да изключим възможността вариацията на F протеина в бъдеще да направи ваксина, базирана на един щам, по-малко ефективна. Текущият ни анализ се основава на намалени набори от данни поради големия изчислителен капацитет, необходим за извършване на сравнение на съдържанието на епитоп. Създадохме тези представителни набори от данни чрез произволно вземане на подизвадки от пълните набори от данни според географски региони и изолирани години. Нашите констатации може да отразяват разнообразието на Т клетъчния епитоп на публично достъпни RSV щамове, но може да са необходими допълнителни усилия за наблюдение на RSV, за да се получи пълна картина на вариабилността на Т клетъчния епитоп на RSV.

Нашето текущо проучване е ограничено от липсата на експериментално валидиране на предсказанието на Т клетъчния епитоп. Ние се фокусираме върху изчислително предвиденото MHC свързване за идентифициране на Т-клетъчни епитопи. Въпреки че силата на свързване с МНС е ключовият параметър, който определя имуногенността на пептида, но не е достатъчен, за да бъде модулът имуногенен [40]. Други аспекти, свързани с индуцирания от патоген Т-клетъчен имунен отговор, като подходяща обработка на антиген [41] и разпознаване на Т-клетъчен рецептор [40], не са взети под внимание в това проучване, което може да причини отклонение в базираните на изчисления Т-клетъчни епитопни пейзажи. Обаче, наблюдаваният групиран модел на RSV повърхностни протеини върху пейзажа на Т клетъчния епитоп в това изследване отразява разнообразието от Т клетъчни епитопи в различни щамове. Това откритие предоставя ценна представа за еволюцията на вируса в аспектите на Т-клетъчния имунитет и може да допринесе за избора на щам за дизайн на ваксина. Като цяло, това проучване предоставя фокусиран анализ на Т клетъчни епитопи в основните повърхностни протеини на RSV с помощта на изчислителни инструменти. Извършихме цялостна прогноза за Т клетъчен епитоп за RSV, показваща имунологичната връзка на Т клетъчните епитопи в повърхностните протеини на RSV. Това проучване демонстрира, че еволюцията на Т-клетъчния епитоп може да се различава от генетичната вариация и осигурява рамка за разработване на интегрирана базирана на епитоп RSV ваксина и методи за оценка, които могат да се използват за оптимизиране на стратегиите за ваксиниране.

Препратки

1. Crowe JE Jr., Williams JV. Парамиксовируси: респираторен синцитиален вирус и човешки метапневмовирус: вирусни инфекции на хора. 2014 февруари 27:601–27. https://doi.org/10.1007/978-1-4899-7448-8_26

2. Yun MR, Kim AR, Lee HS, Kim DW, Lee WJ, Kim K и др. Пълни геномни последователности на човешки респираторно-синцитиален вирус генотип А и В изолати от Южна Корея. Обявяване на генома. 2015 г.; 3(2). Epub 2015/04/25. https://doi.org/10.1128/genomeA.00332-15 PMID: 25908140; PubMed Central PMCID: PMC4408341.

3. McLellan JS, Ray WC, Peeples ME. Структура и функция на повърхностните гликопротеини на респираторния синцитиален вирус. Curr Top Microbiol Immunol. 2013; 372:83-104. Epub 2013/12/24. https://doi.org/10.1007/ 978-3-642-38919-1_4 PMID: 24362685; PubMed Central PMCID: PMC4211642.

4. Lee J, Klenow L, Coyle EM, Golding H, Khurana S. Защитни антигенни места в G прикрепващия протеин на респираторния синцитиален вирус извън централните запазени и цистеинови домейни. PLOS патогени. 2018 г.; 14(8):e1007262. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007262 PMID: 30142227

5. Актуализирано ръководство за профилактика с паливизумаб сред кърмачета и малки деца с повишен риск от хоспитализация за инфекция с респираторен синцитиален вирус. Педиатрия. 2014 г.; 134 (2): e620–38. Epub 2014/07/30. https://doi.org/10.1542/peds.2014-1666 PMID: 25070304.

6. Паливизумаб, хуманизирано моноклонално антитяло на респираторния синцитиален вирус, намалява хоспитализацията от инфекция с респираторен синцитиален вирус при високорискови бебета. Проучвателната група IMpact-RSV. Педиатрия. 1998 г.; 102 (3 Pt 1): 531–7. Epub 1998/09/17. PMID: 9738173.

7. Schwarz TF, Johnson C, Grigat C, Apter D, Csonka P, Lindblad N, et al. Три нива на доза от кандидат ваксина срещу майчиния респираторен синцитиален вирус се понасят добре и са имуногенни в рандомизирано проучване при небременни жени. J Infect Dis. 2022 г.; 225 (12): 2067–76. Epub 2021/06/20. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab317 PMID: 34146100; PubMed Central PMCID: PMC9200160.

8. Biagi C, Dondi A, Scarpini S, Rocca A, Vandini S, Poletti G, et al. Текущо състояние и предизвикателства при разработването на ваксини срещу респираторен синцитиален вирус. Ваксини (Базел). 2020 г.; 8(4). Epub 2020/11/15. https://doi.org/10.3390/vaccines8040672 PMID: 33187337; PubMed Central PMCID: PMC7711987.

9. Kim HW, Canchola JG, Brandt CD, Pyles G, Chanock RM, Jensen K и др. Респираторно-синцитиална вирусна болест при кърмачета въпреки предшестващо приложение на антигенно инактивирана ваксина. Am J Epidemiol. 1969 г.; 89 (4): 422–34. Epub 1969/04/01. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a120955 PMID: 4305198.

10. Мърфи Б.Р., Сотников А.В., Лорънс Л.А., Банкс С.М., Принс Г.А. Засилена белодробна хистопатология се наблюдава при памукови плъхове, имунизирани с инактивиран с формалин респираторен синцитиален вирус (RSV) или пречистен F гликопротеин и заразени с RSV 3-6 месеца след имунизацията. Ваксина. 1990 г.; 8(5):497–502. Epub 1990/10/01. https://doi.org/10.1016/0264-410x(90)90253-i PMID: 2251875.

11. Killikelly AM, Kanekiyo M, Graham BS. Pre-fuzion F отсъства на повърхността на формалин-инактивиран респираторен синцитиален вирус. Научни доклади. 2016 г.; 6(1):34108. https://doi.org/10.1038/srep34108 PMID: 27682426

12. Polack FP, Teng MN, Collins PL, Prince GA, Exner M, Regele H, et al. Роля на имунните комплекси при засилено респираторно-синцитиално вирусно заболяване. J Exp Med. 2002 г.; 196 (6): 859–65. Epub 2002/09/18. https://doi.org/10.1084/jem.20020781 PMID: 12235218; PubMed Central PMCID: PMC2194058.

13. Connors M, Giese NA, Kulkarni AB, Firestone CY, Morse HC 3rd, Murphy BR. Подобрената белодробна хистопатология, предизвикана от провокация с респираторен синцитиален вирус (RSV) на инактивирани с формалин RSV имунизирани BALB/c мишки, се отменя чрез изчерпване на интерлевкин-4 (IL-4) и IL-10. J Virol. 1994 г.; 68 (8): 5321–5. Epub 1994/08/01. https://doi.org/10.1128/JVI.68.8.5321-5325.1994 PMID: 8035532; PubMed Central PMCID: PMC236482.

14. Waris ME, Tsou C, Erdman DD, Zaki SR, Anderson LJ. Инфекцията с респираторен синцитиален вирус при BALB/c мишки, предварително имунизирани с формалин-инактивиран вирус, предизвиква засилен белодробен възпалителен отговор с преобладаващ Th2-подобен цитокинов модел. J Virol. 1996 г.; 70(5):2852–60. Epub 1996/05/01. https://doi.org/10.1128/JVI.70.5.2852-2860.1996 PMID: 8627759; PubMed Central PMCID: PMC190142.

15. Gilman MSA, Furmanova-Hollenstein P, Pascual G, BvtW A, Langedijk JPM, McLellan JS. Преходно отваряне на тримерни префузионни RSV F протеини. Nat Commun. 2019 г.; 10(1):2105. Epub 2019/05/10. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09807-5 PMID: 31068578; PubMed Central PMCID: PMC6506550 RSV, е получил финансиране за изследвания от MedImmune и Janssen, бил е платен консултант на MedImmune и е в научния консултативен съвет на Calder Biosciences. MSAG е посочен като изобретател на патентна заявка за RSV F-насочени еднодомейнови антитела. PF-H., GP, A.vW. и JPML са служители на Janssen, фармацевтична компания на Johnson & Johnson.

16. Taylor G. Животински модели на инфекция с респираторен синцитиален вирус. Ваксина. 2017 г.; 35 (3): 469–80. Epub 2016/12/03. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2016.11.054 PMID: 27908639; PubMed Central PMCID: PMC5244256.

17. Blunck BN, Rezende W, Piedra PA. Профил на ваксина от наночастици за префузогенен слят протеин на респираторен синцитиален вирус. Ваксини Expert Rev. 2021 г.; 20(4):351–64. Epub 2021/03/19. https://doi.org/10. 1080/14760584.2021.1903877 PMID: 33733995.

18. Mazur NI, Higgins D, Nunes MC, Melero JA, Langedijk AC, Horsley N, et al. Пейзажът на ваксината срещу респираторен синцитиален вирус: уроци от гробището и обещаващи кандидати. Lancet Infect Dis. 2018 г.; 18(10):e295–e311. Epub 2018/06/20. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30292-5 PMID: 29914800.

19. Liang X, Liu DH, Chen D, Guo L, Yang H, Shi YS и др. Постепенно заместване на всички циркулиращи преди това щам на респираторен синцитиален вирус А с новия генотип ON1 в Ланджоу от 2010 г. до 2017 г. Медицина (Балтимор). 2019 г.; 98(19):e15542. Epub 2019/05/15. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000015542 PMID: 31083208; PubMed Central PMCID: PMC6531141.

20. Ahmed A, Haider SH, Parveen S, Arshad M, Alsenaidy HA, Baaboud AO и др. Съвместна циркулация на щамове на респираторен синцитиален вирус (RSV) от 72 bp група A и 60 bp група B в Рияд, Саудитска Арабия през 2014 г. PLOS ONE. 2016 г.; 11(11):e0166145. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0166145 PMID: 27835664

21. Tian D, Battles MB, Moin SM, Chen M, Modjarrad K, Kumar A, et al. Структурна основа на неутрализация, зависима от подтипа на респираторния синцитиален вирус от антитяло, насочено към слетия гликопротеин. Nature Communications. 2017 г.; 8(1):1877. https://doi.org/10.1038/s41467-017-01858-w PMID: 29187732

22. Hashimoto K, Hosoya M. Неутрализиращи епитопи на RSV и резистентност към паливизумаб в Япония. Фукушима J Med Sci. 2017 г.; 63 (3): 127–34. Epub 2017/09/05. https://doi.org/10.5387/fms.2017-09 PMID: 28867684; PubMed Central PMCID: PMC5792496.

23. Sullender WM. Генетично и антигенно разнообразие на респираторно-синцитиалния вирус. Clin Microbiol Rev. 2000; 13 (1):1–15, съдържание. Epub 2000/01/11. https://doi.org/10.1128/CMR.13.1.1 PMID: 10627488; PubMed Central PMCID: PMC88930.

24. Chen X, Xu B, Guo J, Li C, An S, Zhou Y и др. Генетични вариации в слетия протеин на респираторен синцитиален вирус, изолиран от деца, хоспитализирани с пневмония, придобита в обществото в Китай. Научни доклади. 2018 г.; 8(1):4491. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22826-4 PMID: 29540836

25. De Groot AS, Moise L, Terry F, Gutierrez AH, Hindocha P, Richard G, et al. По-добро откриване на епитоп, прецизно имунно инженерство и ускорено проектиране на ваксини с помощта на инструменти за имуноинформация. Преден имунол. 2020 г.; 11:442. Epub 2020/04/23. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00442 PMID: 32318055; PubMed Central PMCID: PMC7154102.

26. Gilman MS, Castellanos CA, Chen M, Ngwuta JO, Goodwin E, Moin SM, et al. Бързо профилиране на репертоари от RSV антитела от В клетките на паметта на естествено инфектирани възрастни донори. Sci Immunol. 2016 г.; 1 (6). Epub 2017/01/24. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aaj1879 PMID: 28111638; PubMed Central PMCID: PMC5244814.

27. He L, De Groot AS, Gutierrez AH, Martin WD, Moise L, Bailey-Kellogg C. Интегрирана оценка на прогнозираното MHC свързване и кръстосано запазване със саморазкриване на модели на вирусен камуфлаж. Биоинформатика на BMC. 2014 г.; 15 Приложение 4 (Допълнение 4): S1. Epub 2014/08/12. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S4- S1 PMID: 25104221; PubMed Central PMCID: PMC4094998.

28. Grenfell BT, Pybus OG, Gog JR, Wood JL, Daly JM, Mumford JA и др. Обединяване на епидемиологичната и еволюционната динамика на патогените. Наука. 2004 г.; 303 (5656): 327–32. Epub 2004/01/17. https:// doi.org/10.1126/science.1090727 PMID: 14726583.

29. Smith DJ, Lapedes AS, de Jong JC, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD, et al. Картографиране на антигенната и генетична еволюция на грипния вирус. Наука. 2004 г.; 305 (5682): 371–6. Epub 2004/06/ 26. https://doi.org/10.1126/science.1097211 PMID: 15218094.

30. Bedford T, Suchard MA, Lemey P, Dudas G, Gregory V, Hay AJ, et al. Интегриране на антигенната динамика на грипа с молекулярната еволюция. eLife. 2014 г.; 3:e01914. https://doi.org/10.7554/eLife.01914 PMID: 24497547

31. Korber B, LaBute M, Yusim K. Имуноинформатиката идва на възраст. PLOS изчислителна биология. 2006 г.; 2(6):e71. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020071 PMID: 16846250

32. Reynisson B, Alvarez B, Paul S, Peters B, Nielsen M. NetMHCpan-4.1 и NetMHCIIpan-4.0: подобрени прогнози за представяне на MHC антиген чрез едновременна деконволюция на мотив и интегриране на MS MHC елуиран лиганд данни. Изследване на нуклеинови киселини. 2020 г.; 48(W1):W449–W54. https://doi.org/10.1093/nar/ gkaa379 PMID: 32406916

33. Gutie´rrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, Loving CL, Moise L, Martin WD и др. Сравнение на съдържанието на Т-клетъчен епитоп (EpiCC) на хемаглутинин от свински H1 грип A вирус. Грип Други респираторни вируси. 2017 г.; 11 (6): 531–42. Epub 2017/10/21. https://doi.org/10.1111/irv.12513 PMID: 29054116; PubMed Central PMCID: PMC5705686.

34. Russell CD, Unger SA, Walton M, Schwarze J. Човешкият имунен отговор към респираторна синцитиална вирусна инфекция. Clin Microbiol Rev. 2017; 30 (2): 481–502. Epub 2017/02/10. https://doi.org/10.1128/ CMR.00090-16 PMID: 28179378; PubMed Central PMCID: PMC5355638.

35. Woolthuis RG, van Dorp CH, Keşmir C, de Boer RJ, van Boven M. Дългосрочна адаптация на вируса на грип А чрез избягване на цитотоксичното Т-клетъчно разпознаване. Научни доклади. 2016 г.; 6(1):33334. https://doi. org/10.1038/srep33334 PMID: 27629812

36. Katzelnick LC, Fonville JM, Gromowski GD, Arriaga JB, Green A, James SL, et al. Вирусите на денга се групират антигенно, но не като отделни серотипове. Наука. 2015 г.; 349(6254):1338–43. https://doi.org/10. 1126/science.aac5017 PMID: 26383952

37. Tuju J, Mackinnon MJ, Abdi AI, Karanja H, Musyoki JN, Warimwe GM и др. Антигенна картография на имунни отговори към Plasmodium falciparum еритроцитен мембранен протеин 1 (PfEMP1). PLOS патогени. 2019 г.; 15(7):e1007870. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007870 PMID: 31260501

38. Liu J, Ruckwardt TJ, Chen M, Johnson TR, Graham BS. Характеризиране на М- и М{2}}специфични CD4 Т клетки на респираторния синцитиален вирус в миши модел. Вестник по вирусология. 2009 г.; 83 (10): 4934–41. https:// doi.org/10.1128/JVI.02140-08 PMID: 19264776

39. Viboud C, Gnostic K, Nelson MI, Price GE, Perofsky A, Sun K, et al. Отвъд клиничните изпитвания: Еволюционни и епидемиологични съображения за разработване на универсална противогрипна ваксина. PLOS патогени. 2020 г.; 16(9):e1008583. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008583 PMID: 32970783

40. Schaap-Johansen AL, Vujović M, Borch A, Hadrup SR, Marcatili P. T Cell Epitope Prediction и приложението му към имунотерапията. Преден имунол. 2021 г.; 12:712488. Epub 2021/10/05. https://doi.org/10. 3389/fimmu.2021.712488 PMID: 34603286; PubMed Central PMCID: PMC8479193.

41. Mettu RR, Charles T, Landry SJ. CD4+ Т-клетъчно предсказване на епитоп чрез използване на ограничения за обработка на антиген. J Immunol Методи. 2016 г.; 432:72-81. Epub 2016/02/20. https://doi.org/10.1016/j.jim.2016.02.013 PMID: 26891811; PubMed Central PMCID: PMC5321161.

42. Chen J, Qiu X, Avadhanula V, Shepard SS, Kim DK, Hixson J, et al. Нова и разширяема система за генотипиране за човешки респираторен синцитиален вирус, базирана на анализ на последователността на целия геном. Грип Други респираторни вируси. 2022 г.; 16 (3): 492–500. https://doi.org/10.1111/irv.12936 PMID: 34894077

43. Шепърд С.С., Дейвис К.Т., Бахл Дж., Ривайлер П., Йорк И.А., Донис Р.О. ЕТИКЕТ: Бързо и точно определяне на родословието с оценка на H5N1 и H9N2 инфлуенца A хемаглутинини. ПЛОС ЕДНО. 2014 г.; 9(1): e86921. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086921 PMID: 24466291

44. Организация UNbtWH. Световна здравна статистика 2011 2011.

45. Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: интегрирана протеинова последователност и структурно подреждане. Изследване на нуклеинови киселини. 2019 г.; 47(W1):W5–W10. https://doi.org/10.1093/nar/ gkz342 PMID: 31062021

46. ​​Rice P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: Европейският отворен софтуерен пакет за молекулярна биология. Тенденции Genet. 2000; 16(6):276–7. Epub 2000/05/29. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(00)02024-2 PMID: 10827456.

47. Whitehead SS, Hill MG, Firestone CY, St Claire M, Elkins WR, Murphy BR, et al. Заместването на F и G протеините на респираторно-синцитиалния вирус (RSV) подгрупа А с тези от подгрупа B генерира химерни живи атенюирани RSV кандидати за ваксина от подгрупа B. J Virol. 1999 г.; 73 (12): 9773–80. Epub 1999/11/13. https://doi.org/10.1128/JVI.73.12.9773-9780.1999 PMID: 10559287; PubMed Central PMCID: PMC113024.

48. Stamatakis A. RAxML версия 8: инструмент за филогенетичен анализ и пост-анализ на големи филогении. Биоинформатика. 2014 г.; 30(9):1312–3. Epub 2014/01/24. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 PMID: 24451623; PubMed Central PMCID: PMC3998144.

49. Sagulenko P, Puller V, Neher RA. TreeTime: Филодинамичен анализ с максимална вероятност. Еволюция на вируса. 2018 г.; 4(1). https://doi.org/10.1093/ve/vex042 PMID: 29340210

50. Yu G, Smith DK, Zhu H, Guan Y, Lam TT-Y. договорете се за r пакет за визуализация и анотация на филогенетични дървета с техните ковариати и други свързани данни. Методи в екологията и еволюцията. 2017 г.; 8(1):28–36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628

51. Southwood S, Sidney J, Kondo A, del Guercio MF, Appella E, Hoffman S, et al. Няколко често срещани типа HLADR споделят до голяма степен припокриващи се репертоари на пептидно свързване. J Immunol. 1998 г.; 160 (7): 3363–73. Epub 1998/04/08. PMID: 9531296.

52. Sette A, Sidney J. Девет основни HLA клас I супертипове отчитат огромното преобладаване на HLA-A и -B полиморфизма. Имуногенетика. 1999 г.; 50 (3–4): 201–12. Epub 1999/12/22. https://doi.org/10.1007/ s002510050594 PMID: 10602880.

53. UniProt: универсалната база знания за протеини през 2021 г. Nucleic Acids Res. 2021 г.; 49 (D1): D480–d9. Epub 2020/11/26. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1100 PMID: 33237286; PubMed Central PMCID: PMC7778908.

54. Moise L, Gutierrez A, Kibria F, Martin R, Tassone R, Liu R, et al. iVAX: Интегриран набор от инструменти за избор и оптимизиране на антигени и проектиране на епитопно управлявани ваксини. Човешки ваксини и имунотерапевтици. 2015 г.; 11(9):2312–21. https://doi.org/10.1080/21645515.2015.1061159 PMID: 26155959

55. Zhu Q, McLellan JS, Kallewaard NL, Ulbrandt ND, Palaszynski S, Zhang J, et al. Силно мощно антитяло с удължен полуживот като потенциален сурогат на RSV ваксина за всички бебета. Sci Transl Med. 2017 г.; 9 (388). Epub 2017/05/05. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaj1928 PMID: 28469033.

56. McLellan JS, Yang Y, Graham BS, Kwong PD. Структурата на слетия гликопротеин на респираторния синцитиален вирус в постфузионната конформация разкрива запазването на неутрализиращи епитопи. J Virol. 2011 г.; 85 (15): 7788–96. Epub 2011/05/27. https://doi.org/10.1128/JVI.00555-11 PMID: 21613394; PubMed Central PMCID: PMC3147929.

57. Karosiene E, Lundegaard C, Lund O, Nielsen M. NetMHCcons: консенсусен метод за прогнозите на основния комплекс за хистосъвместимост клас I. Имуногенетика. 2012 г.; 64(3):177–86. https://doi.org/10. 1007/s00251-011-0579-8 PMID: 22009319

58. GOWER JC. Някои свойства на разстоянието на латентния корен и векторните методи се използват в многовариантния анализ. Биометрия. 1966 г.; 53 (3–4): 325–38. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3–4.325

59. Sa´nchez J. MARDIA KV, JT KENT JM BIBBY: Многовариантен анализ. Academic Press, Лондон, Ню Йорк-Торонто-Сидни-Сан Франциско 1979. xv, 518 стр., $61.00. Биометричен журнал. 1982; 24 (5): 502-. https://doi.org/10.1002/bimj.4710240520.

60. Charrad M, Ghazzali N, Boiteau V, Niknafs A. NbClust: R пакет за определяне на съответния брой клъстери в набор от данни. Журнал за статистически софтуер. 2014 г.; 61 (6): 1–36. https://doi.org/10. 18637/jss.v061.i06

61. de Leeuw J, Mair P. Многомерно мащабиране с помощта на мажоризация: SMACOF в R. Journal of Statistical Software. 2009 г.; 31(3):1–30. https://doi.org/10.18637/jss.v031.i03