Проучване на асоциацията, обхващащо целия геном, идентифицира нови локуси за приписван на диабет тип 2 краен стадий на бъбречно заболяване при афро-американци
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I , Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik16, Stephen S. Rich14 , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* и Консорциум FIND
Резюме
Предистория: Краен етапбъбрекзаболяване(ESKD) е значителен проблем за общественото здраве, който засяга непропорционално афро-американците (АА). Диабет тип 2 (T2D) е водещата причина за ESKD в САЩ и усилията за разкриване на генетична предразположеност към диабетно бъбречно заболяване (DKD) имат ограничен успех. Предишно проучване за асоцииране на целия геном (GWAS) при AA с T2D-ESKD беше разширено с допълнителни случаи на AA и контроли и генотипове, приписани на референтния панел от 1000 генома с по-висока плътност. Анализът на откритието включва 3432 случая на T2D-ESKD и 6977 контроли без диабет и нефропатия (N = 10,409), последван от дискриминационен анализ в 2756 контроли без нефропатия с T2D, за да се изключат свързаните с T2D варианти.
Резултати:Шест независими варианта, разположени в или близо доRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, иAPOL1постигна значима асоциация за целия геном (P <5×>−8) с T2D-ESKD. След разширени анализи през 1910 гбез диабетСлучаи на ESKD и 908 контроли без диабет без нефропатия, мета-анализ на 5342 случая на ESKD с всякаква причина за АА и 6977 контроли с недиабетна нефропатия с АА разкри допълнителен нов локус на ESKD с всякаква причина приEFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; ИЛИ=1.94). Изключването наAPOL1носителите на генотип с бъбречен риск идентифицираха два допълнителни значими за целия геном T2D-ESKD-асоциирани локуса приGRAMD3иMGAT4C. Втори вариант приGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, ИЛИ=1.46) останаха свързани с ESKD по всякаква причина вAPOL1-отрицателен анализ.
Изводи:Констатациите предоставят допълнителни доказателства за генетични фактори, свързани с напреднало бъбречно заболяване при АА с T2D.
Ключови думи:Афро-американци, проучване на асоциациите в целия геном, диабет тип 2, диабетно бъбречно заболяване,Краен стадий на бъбречно заболяване
За повече информация моля свържете се с:emily.li@wecistanche.com
Въведение
Все повече доказателства сочат, че генетичните фактори играят основна роля в податливостта към краен стадийбъбрекзаболяване(ESKD). Това е особено важно за афро-американците (АА), където честотата на ESKD е повече от три пъти по-висока от тази при европейските американци (EA) [1]. Степента на смъртност при ESKD, пациенти на диализа и трансплантация е съответно 136, 166 и 30 на 1000 пациентогодини и представлява 7,2 процента от разходите за искове, платени от Medicare [1]. Диабетът, от който 95 процента от пациентите имат диабет тип 2 (T2D), остава водещата докладвана причина за ESKD в САЩ, като представлява > 44 процента от случаите [1]. Подобренията в контрола на гликемията, липидите и кръвното налягане не са намалили значително разпространението на диабетабъбрекзаболяване(DKD) [1, 2]. В допълнение, фамилната агрегация на DKD е независима от социално-икономическия статус и установените рискови фактори за околната среда [3, 4]. Въпреки че алелите G1 и G2 в аполипопротеиновия L1 ген (APOL1) допринасят за 50-70 процента от недиабетното ESKD при АА, те не обясняват напълно повишения риск от T2D-приписван ESKD (T2D-ESKD) в тази популация [ 5–7].
Проучванията за асоцииране в целия геном (GWAS) са идентифицирали > 70 значими варианта в целия геном, свързани с хроничнибъбрекзаболяване(CKD), албуминурия или бъбречна функция в популациите на европейските предци [8–11]. Въпреки това, няколко локуса са свързани с DKD в различни популации и те не се репликират последователно, отчасти поради ограничените размери на извадката [12–18]. Етиологията на бъбречните усложнения при пациенти с T2D вероятно е по-хетерогенна, отколкото при пациенти с диабет тип 1 [16]. Следователно са необходими внимателни фенотипи и по-големи размери на пробите, за да се подобри статистическата сила. За да изследваме генетичната архитектура на напреднало бъбречно заболяване при T2D, ние разширихме нашите предишни GWAS (2890 пациенти с ESKD и 1719 контроли без диабет и нефропатия) до по-голяма извадка от АА с тежкибъбрекзаболяване. Анализите на асоциациите бяха извършени в шест независими кохорти на АА (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Atherosclerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis, MESA; Jackson Heart Study, JHS; и Развитие на риска от коронарна артерия при млади възрастни, CARDIA) за T2D-ESKD или недиабетна ESKD чрез многоетапен дизайн на проучването (фиг. 1). Това обхваща 15 075 АА, класифицирани в четири фенотипни групи: случаи на T2D-ESKD (N=3432), контроли без диабет без нефропатия (N=6977), контроли на нефропатия с липса на T2D (N {{16} }) и случаи на ESKD без диабет (N=1910).
В етапа на откриване GWAS е извършен в 3432 случая на T2D-ESKD и 6977 контроли без диабет без нефропатия, последван от дискриминационен анализ за изключване на свързани с T2D локуси в 2756 контроли без нефропатия с T2D. Бяха извършени разширени анализи в 1910 AA с недиабетна ESKD и 908 контроли без нефропатия, за да се оцени приносът на свързаните с T2D-ESKD локуси към недиабетнибъбрекзаболяване. Мета-анализ на диабетни и недиабетни случаи на ESKD оценява генетичните асоциации при ESKD по всякаква причина. APOL1-свързани форми на недиабетбъбрекзаболяванеи T2D често съществуват едновременно при пациентите. Поради това много пациенти с диабет сбъбрекзаболяванеможе да бъде погрешно класифициран като имащ DKD, тъй като диагностикатабъбрекбиопсии обикновено не се извършват. Тук е извършен втори GWAS анализ, изключващ индивиди с APOL1 генотипове на бъбречен риск, за да се сведе до минимум погрешната класификация на T2D-ESKD.
Резултати
Преглед на изследването
Това проучване има > 80 процента мощност за откриване на често срещани варианти (MAF По-голям или равен на 0,10) с умерен ефект (ИЛИ По-голям или равен на 1,3) при ниво на значимост 5 × 10−8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ cats/). Общо седем значими локуса за целия геном (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Клинични характеристики на участниците в изследването
Таблици 1 и 2 включват подробни характеристики на участниците в проучването. Случаите на ESKD са избрани от проучванията WFSM (Affy6.0, Axiom и MEGA), FIND и ARIC. Индивидите с T2D-ESKD или нефропатия с липса на T2D са били по-възрастни (или на подобна възраст) в сравнение с недиабетните контроли без нефропатия при набирането. Въпреки това, средната възраст при диагностициране на T2D в случаите на T2D-ESKD и контролите с нефропатия с липса на T2D са били по-млади от недиабетните контроли без нефропатия при набирането. Всички контроли без нефропатия на T2D и контроли без диабет и нефропатия са имали нормален eGFR, по-голям или равен на 60 ml/min/1,73 m2. В допълнение, контролите без диабет и нефропатия са имали нива на глюкоза на гладно < 126="" mg/dl.="" контролите="" с="" t2d-липсваща="" нефропатия="" са="" били="" по-затлъстели="" от="" t2d-eskd="" или="" случаите="" на="" eskd="" без="" диабет="" и="" контролите="" без="" диабет="" и="" нефропатия,="" с="" изключение="" на="" случаите="" на="" t2d-eskd="" в="" aric,="" които="" са="" били="" по-затлъстели="" от="" другите="">
Етап 1 и етап 2 на асоциационен анализ на T2D-ESKD
При откриването на етап 1 GWAS беше проведено отделно в три набора от данни: (1) 1513 случая на T2D-ESKD и 5299 контроли без диабет и нефропатия, генотипирани на Affy6.0, предоставено от WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA и CARDIA (стадий 1а); (2) 1700 случая на T2D-ESKD и 770 контроли без диабет и нефропатия от WFSM, генотипирани с масив за генотипиране на Axiom Biobank (етап 1b); и (3) 219 случая на T2D-ESKD и 908 контроли без диабет и нефропатия от WFSM, генотипирани на MEGA (етап 1c). Извършен е мета-анализ (етап 2), за да се комбинират резултатите от асоциирането за 3432 случая на T2D-ESKD и 6977 контроли без диабет и нефропатия от етапи 1a, 1b и 1c. Фактор на инфлация λ от 1,013 беше наблюдаван след коригиране за геномен контрол (Допълнителен файл 1: Фигура S1), което предполага, че структурата на популацията и загадъчната свързаност са достатъчно коригирани. Сред вариантите, демонстриращи предполагаеми асоциации (P <1 ×="" 10-5),="" 59="" варианта="" с="" i2="" по-голям="" или="" равен="" на="" 80="" процента="" бяха="" изключени="" поради="" високата="" хетерогенност="" в="" размерите="" на="" ефекта="" в="" проучванията.="" общо="" 478="" оставащи="" варианта="" бяха="" оценени="" в="" дискриминационен="" анализ="" (81="" от="" тях="" постигнаха="" значимост="" за="" целия="" геном;="" допълнителен="" файл="" 1:="" таблица="">
Етап 3 на дискриминационен анализ
За да се определи дали асоциациите T2D-ESKD, идентифицирани в мета-анализа на етап 1, се движат от асоцииране с T2D per se, беше извършен дискриминационен анализ за T2D, контрастиращ 2756 AA с нефропатия с липса на T2D с 6977 контроли без диабет и нефропатия от етап 1 (Affy6.0, Axiom, MEGA; Допълнителен файл 1: Таблица S3). Впоследствие изключихме 174 от 478 T2D-ESK D-свързани варианти, номинално свързани с T2D при липса на нефропатия. Сред останалите T2D-ESKD асоциации, най-добрите варианти, представляващи 6 независими асоциации, постигнаха значимост за целия геном (Таблица 3, Фиг. 2а). Най-силната връзка се наблюдава за rs9622363, разположен в APOL1 (P=1.42 × 10−10, ИЛИ=0.77, EAF=0.45). Този вариант беше в умерено неравновесие на връзката (r2=0.33 и 0.34, съответно в YRI) с алелите APOL1 G1 (rs60910145, rs73885319), свързани с недиабетна ESKD [6]. Втората най-силна асоциация беше при rs58627064, междугенен вариант, разположен близо до SLITRK3, (P=6.81 × 10−10, ИЛИ=1.62, EAF=0.06). Два независими сигнала, rs142563193 (P=1.24 × 10−8 , ИЛИ=0.74, EAF=0.23) и rs142671759 (P=5.53 × 10 −9 , ИЛИ=2.26, EAF=0.02) на хромозома 17, разположена близо до ENPP7, съответно, също са значими за целия геном. В допълнение, две асоциации с T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8 , ИЛИ=1.67, EAF=0.05), разположени в GNG7 и rs72858591 (P=4.54 × 10−8 , ИЛИ=1.43, EAF=0.10), разположени в RND3/RBM43, бяха идентифицирани (фиг. 1а).
Етап 4 недиабетен анализ на ESKD и етап 5 мета-анализ на ESKD по всички причини
След етапа на дискриминация, 304 варианта, показващи предполагаема връзка с T2D-ESKD (P <1 ×="" 10-5="" ),="" бяха="" тествани="" в="" 1910="" независими="" случая="" на="" eskd="" без="" диабет="" и="" 908="" контроли="" от="" етап="" 1c.="" целта="" на="" анализа="" на="" етап="" 4="" беше="" да="" се="" оцени="" приносът="" на="" свързаните="" с="" t2d-eskd="" локуси="" към="">бъбрекзаболяване. След изключване на варианти с хетерогенност I2, по-голяма или равна на 80 процента, 25 варианта бяха номинално свързани с недиабетна ESKD (P <0,05). силни="" асоциации="" (1,27="" ×="" 10−29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10−15)="" са="" наблюдавани="" в="" региона="" apol1-myh9,="" потвърждавайки="" ролята="" им="" при="">бъбрек заболяване. Беше проведен мета-анализ на ESKD по всички причини, включващ 5342 ESKD по всякаква причина и 6977 контроли без нефропатия без диабет, за да се оцени възможността за обобщаване на 25-те T2D-ESKD-свързани варианта с по-широки форми на ESKD (етап 5). Установено е, че тридесет и пет значими варианта за целия геном в два локуса са свързани с ESKD по всякаква причина, включително 15 варианта в рамките на или близо до EFNB2 и 20 варианта при APOL1 (фиг. 1b). Най-високата асоциация в APOL1 беше rs9622363 (P=1.96 × 10−25, ИЛИ=0.68, EAF=0.43), а най-високият сигнал близо до EFNB2 беше rs77113398 (P=9.84 × 10−9 , ИЛИ=1.94, EAF=0.023) (Таблица 4, Фиг. 2b). Четири допълнителни независими локуса демонстрират предполагаема асоциация (P <5 ×="" 10-6)="" с="" eskd="" по="" всякаква="" причина="" при="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atpv1h="" и="" sybu/kcnv1="" (таблица="" 4,="" фиг.="">
Анализ на асоциацията, изключващ носители на генотип на бъбречен риск APOL1
Беше извършен вторичен анализ, изключващ носители на генотип на бъбречен риск APOL1 в случаи на T2D-ESKD и недиабетни контроли без нефропатия (APOL1-отрицателен модел), за да се обогати за T2D-свързана ESKD. Базовият модел показа силна връзка на APOL1 и MYH9 с T2D-ESKD (Таблица 3, Фиг. 1a), което предполага, че някои случаи може да са били погрешно класифицирани и по-вероятно да са имали недиабетна ESKD. Общо 664 случая на T2D-ESKD и 918 контроли без диабет без нефропатия бяха изключени от анализа на етап 1, оставяйки 2768 случая на T2D-ESKD и 6059 контроли в APOL1-отрицателния модел. Номинални асоциации с T2D-ESKD (P <1 ×="" 10-5)="" са="" наблюдавани="" с="" 522="" варианта="" (66="" от="" тях="" са="" постигнали="" значимост="" за="" целия="" геном;="" допълнителен="" файл="" 1:="" таблица="" s2)="" и="" те="" са="" избрани="" за="" етап="" 3="" дискриминационен="" анализ.="" двеста="" двадесет="" и="" три="" варианта,="" които="" са="" имали="" доказателства="" за="" връзка="" с="" t2d="" per="" se="" (допълнителен="" файл="" 1:="" таблица="" s4)="" и="" 24="" варианта,="" показващи="" силна="" хетерогенност="" (i2="" по-голямо="" или="" равно="" на="" 80)="" в="" мета-анализа="" бяха="" премахнати.="" сред="" значимите="" за="" целия="" геном="" варианти,="" идентифицирани="" в="" базовия="" модел,="" rs142671759="" в="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8,="" или="2.30," eaf="0.024)" показа="" a="" последователна="" връзка="" с="" t2d-eskd="" в="" отрицателния="" модел1-apol.="" два="" допълнителни="" варианта="" достигнаха="" значимост="" за="" целия="" геном,="" rs75029938="" в="" gramd3="" (p="2.02" ×="" 10–9,="" или="1.89," eaf="0.042)" и="" rs17577888="" в="" региона="" mgat4c="" (p="3.87" ×="" 10−8,="" или="0.67," eaf="0.087)" (таблица="" 5,="" фиг.="">
Освен това тествахме 275 сугестивни асоциации на T2D-ESKD, които преминаха дискриминация и имаха I2 <80 в="" 1019="" допълнителни="" случая="" на="" aa="" без="" диабет="" eskd,="" които="" изключваха="" носители="" на="" генотип="" на="" бъбречен="" риск="" apol1.="" петнадесет="" варианта="" показаха="" номинални="" доказателства="" за="" връзка="" с="" недиабетна="" eskd.="" впоследствие="" те="" бяха="" тествани="" в="" мета-анализ="" на="" eskd="" за="" всички="" причини,="" включващ="" 3787="" случая="" на="" eskd="" за="" всички="" причини="" и="" 6059="" контроли="" без="" диабет="" и="" нефропатия,="" от="" които="" носителите="" на="" генотип="" на="" бъбречен="" риск="" apol1="" бяха="" изключени.="" делеция="" на="" 2-базова="" двойка="" в="" gng7,="" rs373971520="" (p="2.17" ×="" 10−8,="" или="1.46," eaf="0.11)," постигната="" в="" целия="" геном="" значителна="" връзка="" с="" eskd="" по="" всякаква="" причина="" (фиг.="" 3b).="" седем="" допълнителни="" локуса="" показват="" номинална="" връзка="" с="" eskd="" по="" всякаква="" причина="" (p=""><5 ×="" 10−6),="" включително="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" и="" sulf2/linc01522="" (таблица="" 6).="" най-добрите="" асоциации="" от="" базовия="" модел="" имаха="" умерена="" незначителност="" на="" затихването,="" въпреки="" подобните="" размери="" на="" ефекта,="" отчасти="" поради="" намаления="" размер="" на="" извадката="" (допълнителен="" файл="" 1:="" таблица="" s5).="" в="" допълнение,="" беше="" извършен="" трети="" gwas="" с="" apol1,="" включен="" като="" ковариата="" в="" модела="" (apo="" l1-коригиран="" модел)="" и="" сравняване="" на="" −log="" (p)="" стойности="" с="" базови="" и="" apol1-отрицателни="" модели.="" висока="" корелация="" (коефициент="" на="" корелация="" на="" личността="" r="0.95)" се="" наблюдава="" между="" apol1-коригирани="" и="" apol1--="" отрицателни="" модели.="" резултатите="" от="" трите="" сравнения="" са="" включени="" в="" допълнителната="" документация="" (допълнителен="" файл="" 1:="" фигура="">
Дискусия
Докладваме резултатите от GWAS с висока плътност, изследваща генетичната чувствителност към T2D-ESKD в 15 075 AA. Най-добрите варианти, свързани с T2D-ESKD, впоследствие бяха оценени за връзка с недиабетна ESKD и беше извършен мета-анализ, за да се тества тяхната възможност за обобщаване към общите форми на ESKD. Осем независими асоциации в седем генетични локуса показват значима асоциация за целия геном с T2D-ESKD в базовите или APOL1-отрицателни модели, включително RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 и MGAT4C. В допълнение към APOL1, два значими локуса за целия геном бяха свързани с всички причини ESKD, EFNB2 и GNG7. Освен това, 10 генетични локуса демонстрират номинална връзка с ESKD по всякаква причина (P <5 ×="" 10-6),="" включително="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" и="" sulf2/lin="">
Най-значимата връзка между T2D-ESKD (OR=0.77, P=1.42 × 10−10) и ESKD по всякаква причина (OR=0.69, P {{11 }}.96 × 10−25) в базовия модел беше интроничен вариант rs9622363 в региона APOL1, свързан с недиабетнибъбрек заболяванепри индивиди с африкански произход. Кондиционирането на алелите APOL1 G1 и G2 драстично намалява неговото значение [6]. Съобщава се, че rs9622363 променя мотивите на свързване на транскрипционния фактор (TF) (Допълнителен файл 1: Таблица S6). В скорошно проучване алелите rs9622363 и APOL1 G1 образуват хаплотип, който постига най-силна връзка с ХБН при нигерийците [19]. За разлика от G1 или G2, основният алел в rs9622363 (G, EAF=0.57) е свързан с риска от ХБН. След изключване на APOL1 носители на генотип на бъбречен риск, връзката с rs9622363 беше отслабена. Това потвърди, че алелите rs9622363 и APOL1 G1 и G2 допринасят за същия сигнал. Идентифицирането на rs9622363 в базовия модел може да предполага погрешна класификация на някои случаи като T2D-ESKD.
Интергенен вариант (rs72858591), разположен между GTPase протеинов ген RND3 и RBM43, кодиращ протеин 43 на мотив за свързване на РНК, разкрива значителна връзка в целия геном с T2D-ESKD. Той е свързан с промени в мотива на свързване на TF и се припокрива както с промоторни, така и с усилващи региони (Допълнителен файл 1: Таблица S6). Независим интергенен вариант (rs7560163, r2=0.01, YRI) в този регион преди това беше свързан с T2D при AA [20]. За разлика от това, rs72858591 не е свързан с T2D (P=0.073) в настоящото проучване. Това може да предполага, че два различни набора от вариации в този локус независимо допринасят за T2D и T2D-ESKD, възможен плейотропен ефект. Два независими варианта (rs142563193 и rs142671759), които бяха значително свързани с T2D-ESKD в целия геном, се намират близо до ENPP7. Тези варианти се припокриват с енхансерни и промоторни региони, DNase свръхчувствителни пикове и/или TF свързващи мотиви (Допълнителен файл 1: Таблица S6). Протеинът, кодиран от ENPP7, е чревна алкална сфингомиелин фосфодиестераза, която превръща сфингомиелина в церамид и фосфохолин. Съобщава се, че ENPP7 влияе върху абсорбцията на холестерол [21] и многобройни проучвания показват, че нивата на холестерола на липопротеините с висока плътност са рискови фактори за ХБН при пациенти с диабет [22–24].
Два варианта, разположени в GNG7, бяха свързани или с T2D-ESKD (rs4807299; P=3.21 × 10−8, базов модел), или с ESKD за всички причини (rs373971520; P=2.17 × 10− 8; APOL1-отрицателен модел). Rs4807299 е свързан с промени в мотива на свързване на TF и се припокрива както с промоторни, така и с усилващи региони (Допълнителен файл 1: Таблица S6). GNG7 кодира G протеинова субединица гама 7, участваща във функцията на централната нервна система [25] и риска от рак [26, 27].
Тъй като афро-американците с диабет и протеинурия често не получават диагностична бъбречна биопсия, тяхното ESKD обикновено се предполага, че е причинено от DKD. Въпреки това, APOL1-свързани недиабетичнибъбрекзаболяванеможе да бъде истинската причина за бъбречно заболяване при много такива пациенти. Анализи, изключващи носители на генотип на бъбречен риск APOL1, създадоха по-хомогенна група случаи и предоставиха възможност да се разкрие генетичната архитектура на T2D-ESKD, която е независима от ефекта на APOL1. В отрицателния модел на APOL1-, в допълнение към репликацията на ENPP7, идентифицирана в базовия модел, два нови локуса
постигнаха значителна връзка в целия геном с T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2.02 × 10−9 ) и MGA T4C (rs17577888; P=3.87 × 10−8). Функционалната анотация предполага, че и двата варианта са разположени съвместно с TF свързващи мотиви. Rs75029938 може да попадне в енхансерни и промоторни региони, а rs17577888 е свързан с изобилието на транскрипт на гена FLVCR1 в моноцити от периферна кръв (P=6.41 × 10-6; Допълнителен файл 1: Таблица S6). Генетичната вариация в GRAMD3 е свързана със затлъстяване в мултиетнически мета-анализ на целия геном [28]. Предишни проучвания показват, че затлъстяването е основен рисков фактор за DKD [29]. MGAT4C кодира манозил (алфа-1,3-)-гликопротеин бета-1,4-N-ацетилглюкозаминилтрансфераза, изозим С, който участва в трансфера на N-ацетилглюкозамин (GlcNAc) към основните манозни остатъци на N-свързани гликани. Потенциалното участие на MGAT4C в DKD изисква допълнително проучване.
Този анализ включва кохорта от АА с недиабетно ESKD, за да се оцени възможността за обобщаване на свързаните с T2D-ESKD локуси в често срещаните форми на CKD. Мета-анализът, комбиниращ случаи с T2D-ESKD и недиабетна ESKD, идентифицира два нови значими за целия геном локуса, свързани с ESKD по всякаква причина в допълнение към APOL1; rs77113398 близо до EFNB2 (P=9.84 × 10−9; базов модел) и rs373971520 в GNG7 (2.17 × 10−8; APOL1-отрицателен модел). Rs77113398 се припокрива с енхансер, промоторни региони и DNase пикове (Допълнителен файл 1: Таблица S6). Предишни сканирания на генома в AA идентифицират значителни доказателства за връзка с ESKD на хромозома 13q33, включително EFNB2 региона както при диабетна ESKD, така и при недиабетна ESKD [30, 31]. Последващо проучване изследва 28 варианта на маркиране, обхващащи 39 килобази (kb) от кодиращия регион EFNB2, демонстрира номинални асоциации между два варианта и ESKD за всички причини [32]. Въпреки това, тези докладвани варианти не са корелирани с rs77113398. Ephrin-B2 (EFNB2) се експресира в развиващия се нефрон; взаимодействията между ефрин-В2 и неговите рецептори играят важна роля в гломерулното микроваскуларно сглобяване [33]. В допълнение, обратното сигнализиране на ефрин-В2 предпазва от разреждане на перитубулните капиляри чрез регулиране на ангиогенезата и съдовата стабилност по време набъбрекнараняване[34]. Ephrin-B1 също се локализира съвместно с CD2-свързан протеин (CD2AP) и нефрин в диафрагмата на подоцитния процеп и играе важна роля в поддържането на бариерната функция на диафрагмата на прореза [35]. Трансгенните мишки с ефрин В4 рецепторна киназа развиват гломерулопатия, проявяваща се чрез слети аферентни и еферентни артериоли, заобикалящи гломерулите [36]. По този начин множество линии от доказателства подкрепят потенциалната връзка на EFNB2 с ХБН и това е най-обещаващият причинно-следствен ген, лежащ в основата на асоциацията на rs77113398.
Това проучване има силни страни и ограничения. Въпреки че дизайнът на многоетапното проучване беше добре задвижван, включително 15 075 AA, липсваше репликация на асоциациите T2D-ESKD, особено за редки варианти. Освен това, няколко значими сигнала за целия геном показват значително различни размери на ефекта между етапите, което вероятно се дължи на разликите в размера на извадката между етапите и следствие от „проклятието на победителя“, феномен, описващ, че истинският размер на генетичния ефект е надценен поради първоначалната положителна находка. Необходима е бъдеща репликация, за да се потвърдят тези открития. Има няколко други съществуващи колекции с подходящи образци в АА; тези ограничени усилия за репликация. Освен това е трудно да се изключат всички индивиди, погрешно класифицирани с DKD поради честата липса на бъбречни биопсии. Следователно, ние внимателно изключихме проби с ESKD, приписвани на недиабетни етиологии въз основа на клинични фенотипове и впоследствие изключихме APOL1 носители на генотип на бъбречен риск с висок риск за недиабетна ESKD. Това трябва да сведе до минимум грешната класификация.
Заключение
В заключение, GWAS беше проведено в AA с T2D-ESKD и седем генетични локуса показаха значими за целия геном доказателства за асоцииране, включително RND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 и MGAT4C. Отвъд APOL1, EFNB2 и GNG7 също бяха свързани с недиабетна ESKD и разкриха значителна връзка в целия геном с ESKD по всякаква причина. Необходими са бъдещи изследвания, включително генетична репликация и експериментално валидиране на тези новооткрити асоциации, за да се оценят техните потенциални въздействия върху биологичните процеси, водещи до напреднал DKD в популации с скорошен африкански произход.
Методи
Участници в проучването
Участниците в проучването бяха наети от Медицинското училище в Уейк Форест (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jack son Heart Study (JHS; N {{2) }}), Изследване на риска от атеросклероза в общностите (ARIC; N=2221), Развитие на риска от коронарна артерия при млади възрастни (CARDIA; N=912) и Мултиетническо изследване на атеросклерозата (MESA; N { {6}}). Анализите бяха одобрени от местните институционални съвети за преглед и всички участници предоставиха писмено информирано съгласие. Счита се, че има случаи на T2D-ESKD, включително тежка DKD, когато диабетът е диагностициран повече от или равен на 5 години преди началото на ESKD или с диабетна ретинопатия, за да се осигури адекватна продължителност на T2D, с бъбречна заместителна терапия, изчислена скорост на гломерулна филтрация ( eGFR) По-малко или равно на 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4) или съотношение албумин към креатинин в урината (UACR) По-голямо или равно на 300 mg/g (макроалбуминурия). Участниците с ХБН4 или макроалбуминурия (N=138) бяха включени като случаи предвид техния висок риск от развитие на ESKD. T2D е диагностициран съгласно критериите на Американската диабетна асоциация с кръвна глюкоза на гладно по-голяма или равна на 126 mg/dl, 2-h орален глюкозен толеранс тест глюкоза по-голяма или равна на 200 mg/dl, случайна глюкоза по-висока от или равно на 200 mg/dl, употреба на лекарства за диабет или диагностициран от лекар диабет. Случаите с недиабетна ESKD не са имали диабет (или са имали T2D за < 5="" години)="" при="" започване="" на="" бъбречна="" заместителна="" терапия="" и="" eskd="" се="" приписва="" на="" хронично="" гломерулно="" заболяване="" (напр.="" фокална="" сегментна="" гломерулосклероза),="" hiv-свързана="" нефропатия,="" хипертония="" или="" неизвестна="" причина.="" пациенти="" с="" eskd,="" причинени="" от="" хирургични="" или="" урологични="" причини,="">заболяване на бъбреците, автоимунно заболяване, хепатит, IgA нефропатия, мембранозен гломерулонефрит, мембранопролиферативен гломерулонефрит или моногененбъбрекзаболяваниябяха изключени. Контролите без диабет и нефропатия включват участници без диабет илибъбрек заболяване(eGFR По-голяма или равна на 60 ml/min/1,73 m2 и UACR < 30="" mg/g).="" субектите="" с="" нефропатия="" без="" t2d="" са="" имали="" egfr="" по-голям="" или="" равен="" на="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" и="" uacr="">< 30="">
Подготовка на проби, генотипиране, импутация и контрол на качеството
Участниците в проучването бяха генотипизирани за целия геном, като се използваха три различни платформи: (1) 8704 проби, наети от WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA и FIND, бяха генотипирани върху Affymetrix Genome-wide Human single nucleotide polymorphism (SNP) масив 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 проби, наети от WFSM, бяха генотипирани на Affymetrix Axiom Biobank Genotyping Array (Axiom); и (3) 3238 проби, наети от WFSM, бяха генотипирани на Illumina Multi-Ethnic Genotyping Array (MEGA). Контролът на качеството и импутирането бяха извършени отделно от всяка платформа за генотипиране, както е описано по-долу.
Вариантите, преминали контрола на качеството (QC), бяха приписани на комбиниран референтен панел за хаплотип, включително космополитен референтен панел от 1000 генома фаза 3 (версия от октомври 2014 г.) [37] и версия на референтния панел на проекта за вариация на африканския геном (AGVP), включващ 640 Хаплотипове от африкански произход, любезно предоставени от Африканското партньорство заИзследване на хронични заболяванияи Wellcome Trust Sanger Institute [38]. Предварителното фазиране беше извършено с помощта на SHAPEIT2 [39], а импутирането беше извършено с помощта на IMPUTE2 [40]. Проведена е QC след импутация, за да се изключат варианти с несъответствие на алелите или с голямо несъответствие в честотата (по-голямо или равно на 0.2) с референтния панел (0.2 × честота в EUR плюс {{ 13}}.8 × честота в AFR) и информационен резултат за импутиране < 0,4.="" подгрупа="" от="" проби="" беше="" директно="" генотипирана="" за="" apol1="" g1="" и="" g2="" варианти="" с="" помощта="" на="" sequenom="" (sequenom,="" сан="" диего,="" калифорния).="" съответствието="" е="" 95="" процента="" с="" приписаните="">
Affy6.0 набори от данни
Както е описано по-рано [41], 1513 случая на T2D-ESKD, 5299 контроли без нефропатия без диабет и 1892 контроли без нефропатия с T2D от WFSM, FIND, JHS, ARIC, CARDIA и MESA кохорти са генотипизирани с помощта на Affy6.{{ 11}} (Таблица 1). Във всяко проучване бяха приложени стандартни мерки за контрол на качеството, за да се изключат варианти с честота на повикване < 95="" процента,="" честота="" на="" малки="" алели="" (maf)="">< 0.01="" или="" показващи="" отклонение="" от="" равновесието="" на="" харди-вайнберг="" (hwe)="" (p=""><0,0001). беше="" извършен="" qc="" на="" проби,="" за="" да="" се="" изключат="" субекти="" с="" честота="" на="" повикване="">< 95="" процента,="" днк="" замърсяване,="" дубликати="" или="" извънредни="" стойности="" на="" популацията.="" като="" се="" има="" предвид,="" че="" в="" cardia,="" jhs="" и="" mesa="" липсват="" случаи="" с="" t2d-eskd,="" проби="" от="" тези="" проучвания="" бяха="" комбинирани="" за="" импутиране="" и="" асоциативни="" анализи="" заедно="" с="" wfsm,="" find="" и="">
Набор от данни за аксиома
При WFSM, 1700 случая на AA с T2D-ESKD, 770 контроли на AA без диабет или нефропатия и 663 контроли на AA с T2D, които нямат нефропатия, са генотипирани върху персонализиран масив за генотипиране на Axiom (Таблица 2). Подробна информация за варианти, дизайн на персонализирано съдържание, включително фино картографиране на региони кандидати, методи за генотипиране и QC бяха докладвани по-рано [42]. Накратко, този масив включваше приблизително 264K кодиращи варианти и вмъквания/изтривания (indeli), 70K варианти на загуба на функция, 2K фармакогеномни варианти, 23K eQTL маркери, 246K мултиетнически базирани на населението маркери за геномни маркери и 115K персонализирани маркери за съдържание. Варианти с честота на повикване <95 процента,="" отклонение="" от="" hwe="" (p=""><0,0001) и="" мономорфни="" варианти="" бяха="" изключени.="" общо="" 724="" 530="" варианта="" бяха="" успешно="" извикани="" за="" qc="" надолу="" по="" веригата,="" импутиране="" и="" анализи.="" извършен="" е="" примерен="" qc,="" за="" да="" се="" изключат="" лица="" с="" ниски="" нива="" на="" повиквания="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
МЕГА набор от данни
При WFSM 1910 случая на ESKD без диабет, 219 случая на ESKD на T2D, 201 контроли с T2D без нефропатия и 908 контроли без диабет и нефропатия бяха генотипизирани на MEGA масива (Таблица 2). Този масив е проектиран да подобри финото картографиране и функционалното откриване чрез увеличаване на покритието на варианти в множество етноси. Масивът включва (1) основно съдържание, съдържащо силно информативни варианти за GWAS и анализи на екзоми в разнообразни популации от предци и (2) персонализирано съдържание, използвано за репликиране или обобщаване на индексни GWAS асоциации, разширяване на варианти за маркиране на GWAS в приоритетни региони, подобряване на съдържанието на екзоми в приоритетни региони , фино картографиране на GWAS локуси, идентифициране на функционални регулаторни варианти, изследване на медицински важни варианти и идентифициране на нови вариантни локуси в кандидат пътища [43]. Генотипирането е извършено във WFSM. ДНК от случаите и контролите бяха еднакво подредени върху 96-ямковите плаки, за да се сведат до минимум артефактните грешки по време на обработката на пробата. Общо 48 проби, секвенирани като част от проекта 1000 Genomes [44] в Института за медицински изследвания Coriell, бяха включени в генотипирането и имаха степен на съответствие от 98,57 процента. Извикването на генотип беше извършено с помощта на Genome Studio (Illumina, Калифорния, САЩ). Варианти с липсваща позиция, липсващ алел, несъответствие на алелите, честота на повикване <95 процента,="" отклонение="" от="" hwe="" (p=""><0,0001), честотна="" разлика=""> 0,2 в сравнение с референтния панел на 1000 Genome Project фаза 3 и мономорфните варианти бяха премахнати. Бяха сравнени множество комплекти сонди и беше запазен само този с най-висок процент на повикване. Общо 1 705 970 варианта бяха успешно извикани за QC надолу по веригата, импутация и анализи. Извършен е примерен QC, за да се изключат лица с нисък процент на повиквания (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Статистически анализ
Етап на откриване
Използвахме многоетапен дизайн на проучване, за да идентифицираме варианти, свързани с T2D-ESKD и тяхната потенциална роля при ESKD по всякаква причина. В етапа на откриване бяха включени 3432 случая на T2D-ESKD и 6977 контроли без диабет и нефропатия от трите набора от данни (фиг. 1). Анализът на асоциацията беше извършен за всеки набор от данни, като се използва метод на логистичен смесен модел, внедрен в програмата GMMAT [45] при адитивен генетичен модел. Този метод контролира структурата на популацията и загадъчната свързаност чрез включване на матрица на генетични връзки (GRM), оценена от набор от висококачествени автозомни варианти като случаен ефект. Анализът на основните компоненти беше извършен с помощта на EIGENSOFT [46] за всяка платформа за генотипиране. Първият собствен вектор (PC1) заедно с възрастта и пола беше използван като ковариати. Беше извършен мета-анализ в трите набора от данни, като се използва метод за претегляне на обратната дисперсия с фиксиран ефект, внедрен в METAL [47]. Предполагаеми асоциации за T2D-ESKD с P <1 ×="" 10-5,="" брой="" на="" незначителни="" алели="" (mac)=""> 400 и хетерогенност I2 <80 бяха="" избрани="" за="" дискриминационен="">
Етап на дискриминация
За да се определи дали предполагаемите асоциирани с T2D-ESKD локуси в етапа на откриване са били управлявани от асоциации с T2D per se, мета-анализ, комбиниращ 2756 AA с нефропатия с липса на T2D и 6977 контроли без диабет и нефропатия от трите набора от данни (Affy6 .0, Axiom и MEGA) беше извършен (етап 3, Фиг. 1). Варианти, показващи номинална асоциация (P < 0.05)="" с="" t2d,="" бяха="" изключени,="" за="" да="" се="" отстранят="" свързаните="" с="" t2d="">
Разширен анализ на ESKD без диабет и мета-анализ на ESKD по всякаква причина
Генетични варианти, показващи предполагаема връзка с T2D-ESKD (P <1 × 10-5), но не свързани с T2D, са изследвани в кохорта от ESKD без диабет, включваща 1910 случая на ESKD без диабет и 908 контроли без диабет и нефропатия от WFSM-MEGA набор от данни за връзка с недиабетни етиологии назаболяване на бъбреците(етап 4). Варианти, показващи номинална асоциация (P < 0.05)="" бяха="" тествани="" в="" мета-анализ="" на="" eskd="" по="" всякаква="" причина,="" използвайки="" всички="" t2d-eskd,="" недиабетни="" eskd="" и="" контроли="" от="" трите="" набора="" от="" данни="" (="" n="12,319," affy6.0,="" аксиома,="" мега)="" (фиг.="" 1).="" този="" мета-анализ="" оценява="" дали="" асоциациите="" t2d-eskd="" допринасят="" за="" риска="" от="" eskd="" по="" всякаква="" причина.="" ние="" също="" така="" потърсихме="" нашите="" най-добри="" варианти,="" свързани="" с="" бъбречно="" заболяване,="" за="" предполагаема="" връзка="" с="" t2d="" при="" aa="" от="" консорциума="" media="" (n="15,043" случая="" и="" 22="" 318="" контроли);="" snps="" с="" p=""><0.05 след="" множество="" корекции="" за="" сравнение="" бяха="">
Изключване на носители на рисков генотип APOL1
Алелите APOL1 G1 и G2 допринасят за риска отнедиабетно бъбречно заболяване[6, 48]. За да се сведе до минимум погрешната класификация на T2D-ESKD, беше извършен втори анализ, изключващ APOL1 два варианта на бъбречен риск и тези с липсващи APOL1 генотипове от случаи на T2D ESKD и контроли без диабет и нефропатия (APOL1-отрицателен модел ). Този анализ намали хетерогенността на популацията въпреки намаляването на размера на извадката и по-ниската статистическа мощност. По-конкретно, 308 случая на T2D-ESKD и 630 контроли от наборите от данни Affy6.0, 323 случая на T2D-ESKD и 113 контроли от набора от данни Axiom и 33 случая на T2D-ESKD и 175 контроли от набора от данни MEGA бяха премахнати. Освен това премахнахме 891 от 1910 случая на ESKD за всички причини. Този анализ може да разкрие ефектите на други недиабетни ESKD локуси извън APOL1. Индивидите се считат за носители на APOL1 вариант на бъбречен риск, ако носят два алела G1 (алел rs60910145 G, алел rs73885319 G), два алела G2 (rs143830837, делеция на 6 базови двойки в рамката) или са сложни хетерозиготи (един G1 и един G2 алел) [6].
Функционална характеристика
Проксита на значими за целия геном T2D-ESKD-асоциирани варианти (r2 По-голямо или равно на 0.7 в 1000 генома AFR популация) от изходното ниво и APOL1-негативните модели бяха избрани с помощта на LDlink [49 ]. Водещите варианти и проксита след това бяха запитвани за функционални анотации от HaploReg [50], които включват анотация за състоянието на хроматина и протеиновото свързване от проектите Roadmap Epigenomics [51] и ENCODE [52], запазване на последователността при бозайници, ефекта на вариантите върху регулаторните мотиви и генна експресия от QTL изследвания.
Cistanche deserticola предотвратява бъбречни заболявания, щракнете тук, за да получите пробата
Препратки
1. Системата за бъбречни данни на САЩ. Годишен доклад с данни на USRDS за 2016 г.: Епидемиология на бъбречните заболявания в Съединените щати. Национален институт по здравеопазване, Национален институт по диабет и храносмилателни и бъбречни заболявания, Бетесда, MD, 2016 г.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN, et al. Времеви тенденции в разпространението на диабетно бъбречно заболяване в Съединените щати. ДЖАМА. 2011; 305: 2532-9.
3. Спрей BJ, Atassi NG, Tuttle AB, et al. Фамилен риск, възраст при поява и причина за краен стадий на бъбречно заболяване при бели американци. J Am Soc Nephrol. 1995; 5: 1806–10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Фамилна предразположеност към нефропатия при афро-американци с неинсулинозависим захарен диабет. Am J Kidney Dis. 1995; 25: 710-3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, et al. Мисенс мутации в APOL1. Хъм Генет. 2010; 128: 345-50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, et al. Асоциация на трипанолитични ApoL1 варианти с бъбречно заболяване при афро-американци. Наука. 2010; 329: 841-5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath K, et al. Генетични варианти на APOL1 при фокална сегментна гломерулосклероза и свързана с HIV нефропатия. ДЖЕЙСЪН. 2011 г.; 22:2129–37.
8. Kottgen A, Pattaro C, Boger CA, et al. Множество нови локуси, свързани с бъбречната функция и хронично бъбречно заболяване: консорциумът CKDGen. Нат Генет. 2010; 42: 376-84.
9. Pattaro C, Kottgen A, Teumer A, et al. Асоциацията в целия геном и функционалното проследяване разкрива нови локуси за бъбречната функция. PLoS Genet; 8. Epub преди печат март 2012 г. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer A, Gorski M, et al. Генетичните асоциации при 53 локуса подчертават клетъчни типове и биологични пътища, които са от значение за бъбречната функция. Nat Commun. 2016; 7: 10023.
11. Tin A, Colantuoni E, Boerwinkle E, et al. Използване на множество мерки за анализи на асоцииране на количествени признаци: приложение към изчислената скорост на гломерулна филтрация (eGFR). J Hum Genet. 2013; 58: 461-6.
12. Maeda S. Търсене в целия геном на ген за чувствителност към диабетна нефропатия чрез базиран на ген SNP. Diabetes Res Clin Pract. 2004; 66: S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznik GD, Mychaleckyj JC, et al. Сканиране на асоциация в целия геном за гени за чувствителност към диабетна нефропатия при диабет тип 1. Диабет. 2009; 58: 1403-10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ, et al. Проучване за асоцииране в целия геном за гени на диабетна нефропатия при афро-американци. Kidney Int. 2011; 79: 563-72.
15. Sandholm N, Salem RM, McKnight AJ, et al. Нови локуси на чувствителност, свързани с бъбречно заболяване при диабет тип 1. PLoS Genet. 8. Epub преди печат септември 2012 г. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm N, Zuydam NV, Ahlqvist E, et al. Генетичният пейзаж на бъбречните усложнения при диабет тип 1. JASN. 2017; 28: 557-74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman BI, et al. Геномна асоциация и трансетнически мета-анализ за напреднало диабетно бъбречно заболяване: семейно изследване на нефропатия и диабет (FIND). PLoS Genet. 2015;11:e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH, et al. Трансетническото фино картографиране подчертава гените на бъбречната функция, свързани с чувствителността към сол. Am J Hum Genet. 2016; 99: 636-46.
19. Tayo BO, Kramer H, Salako BL, et al. Генетичните вариации в гените APOL1 и MYH9 са свързани с хронично бъбречно заболяване сред нигерийците. Int Urol Nephrol. 2013; 45: 485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ, et al. Търсене на геномна асоциация за гени за диабет тип 2 при афро-американци. PLoS One. 2012 г.; 7:e29202.
21. Zhang P, Chen Y, Cheng Y, et al. Алкалната сфингомиелиназа (NPP7) насърчава абсорбцията на холестерол чрез повлияване на нивата на сфингомиелин в червата: проучване с нокаут мишки NPP7. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2014; 306: G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC и др. Липопротеиновият холестерол с висока плътност и рискът от нефропатия при пациенти с диабет тип 2. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013; 23: 751-7.
23. Williams AN, Conway BN. Ефект на липопротеиновия холестерол с висока плътност върху връзката на серумното желязо и хемоглобина с бъбречната функция при диабет. J Diabetes Complicat Epub преди печат на 29 март 2017 г.
24. Ceriello A, De Cosmo S, Rossi MC и др. Вариабилност в HbA1c, кръвно налягане, липидни параметри и серумна пикочна киселина и риск от развитие на хронично бъбречно заболяване при диабет тип 2. Diabetes Obes Metab Epub преди печат на 21 април 2017 г.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE и др. Загубата на G протеин гама 7 променя поведението и намалява нивото на алфа (olf) в стриатума и производството на cAMP. J Biol Chem. 2003; 278: 6575-9.
26. Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, et al. Клинично значение на намалената експресия на G протеин гама 7 (GNG7) при рак на хранопровода. Br J Рак. 2008; 98: 410-7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang X, et al. Идентифициране на гуанин нуклеотид-свързващ протеин -7 като епигенетично заглушен ген при рак на главата и шията чрез профилиране на генната експресия. Int J Oncol. 2013; 42: 1427-36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA и др. Мултиетническият мета-анализ на ектопични мастни депа в целия геном идентифицира локуси, свързани с развитието и диференциацията на адипоцитите. Нат Генет. 2017; 49: 125-30.
29. Zoppini G, Targher G, Chonchol M, et al. Предиктори за изчислено понижение на GFR при пациенти с диабет тип 2 и запазена бъбречна функция. CJASN. 2012; 7: 401–8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD и др. Геномно сканиране за диабетна нефропатия при афро-американци. Kidney Int. 2004; 66: 1517–26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS, et al. Геномно сканиране за крайна фаза на бъбречно заболяване по всякаква причина при афро-американци. Трансплантация на Nephrol Dial. 2005; 20: 712-8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND, et al. Анализ на асоциацията на гена ефрин-В2 при афро-американци с краен стадий на бъбречно заболяване. Am J Nephrol. 2008; 28: 914-20.
33. Такахаши Т, Такахаши К, Герети С и др. Временно компартментализирана експресия на ефрин-В2 по време на развитието на бъбречния гломерул. JASN. 2001 г.; 12: 2673-82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, et al. Обратната сигнализация на EphrinB2 предпазва от разреждане на капилярите и фиброза след бъбречно увреждане. J Am Soc Nephrol. 2013; 24: 559-72.
35. Хашимото Т, Карасава Т, Сайто А и др. Ephrin-B1 се локализира в прорезната диафрагма на гломерулния подоцит. Kidney Int. 2007; 72: 954-64.
36. Andres AC, Munarini N, Djonov V, et al. EphB4 рецепторна тирозин киназа трансгенни мишки развиват гломерулопатии, напомнящи гломерулни васкуларни шънтове. Mech Dev. 2003; 120: 511-6.
37. Консорциум на проекта 1000 генома. Глобална справка за човешките генетични вариации. Природата. 2015; 526: 68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, et al. Проектът за вариация на африканския геном оформя медицинската генетика в Африка. Природата. 2015; 517: 327-32.
39. Delaneau O, Marchini J, Zagury JF. Линеен метод за фазиране на сложността за хиляди геноми. Nat методи. 2011; 9: 179-81.
40. Marchini J, Howie B, Myers S, et al. Нов многоточков метод за изследвания на асоциации в целия геном чрез импутация на генотипове. Нат Генет. 2007; 39: 906-13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, et al. Възможност за прехвърляне и фино картографиране на локуси на диабет тип 2 при афро-американци: Проучването на Candidate Gene Association Resource Plus Study. Диабет. 2013; 62: 965-76.
42. Guan M, Ma J, Keaton JM, et al. Асоциация на генни варианти, свързани с структурата на бъбреците, с бъбречно заболяване в краен стадий на диабет тип 2 при афро-американци. Хъм Генет. 2016; 135: 1251-62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair N, et al. Стратегии за обогатяване на покритието на варианти в локуси на кандидат-болест върху мултиетнически масив за генотипиране. PLoS One. 2016;11:e0167758.
44. Консорциум по проекта 1000 генома. Карта на вариациите на човешкия геном от секвениране в популационен мащаб. Природата. 2010; 467: 1061-73.
45. Chen H, Wang C, Conomos MP, et al. контрол на структурата на популацията и свързаността на бинарните черти в изследванията на генетичните асоциации чрез логистични смесени модели. Am J Hum Genet. 2016; 98: 653-66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Структура на населението и собствен анализ. PLoS Genet. 2006;2:e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: бърз и ефикасен мета-анализ на сканиране на асоциации в целия геном. Биоинформатика. 2010; 26: 2190–1.
48. Freedman BI, Langefeld CD, Lu L, et al. Различни ефекти на рисковите варианти на MYH9 и APOL1 върху връзката на FRMD3 с диабетна ESRD при афро-американци. PLoS Genet. 2011;7:e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: уеб-базирано приложение за изследване на специфична за населението структура на хаплотип и свързване на корелирани алели на възможни функционални варианти. Биоинформатика. 2015; 31: 3555–7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: ресурс за изследване на състоянията на хроматина, запазването и промените на регулаторните мотиви в рамките на набори от генетично свързани варианти. Nucleic Acids Res. 2012; 40: D930–4.
51. Пътна карта Епигеномичен консорциум. Kundaje a, Meuleman W, et al. интегративен анализ на 111 референтни човешки епигенома. Природата. 2015; 518: 317-30.
52. Консорциумът по проекта ENCODE. Интегрирана енциклопедия на ДНК елементите в човешкия геном. Природата. 2012; 489: 57-74.
