Нова година, нов вариант на SARS-CoV-2: Резолюции относно протоколите за геномно наблюдение срещу Omicron

Контакт:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Появата на SARS-CoV-2 варианти с повишена трансмисивност и частичнаимуннабягство (известен също като Variants of Concern, VOC) характеризира втората година от пандемията COVID-19. Геномното наблюдение позволява идентифициране на скрити, бързо разпространяващи се линии и ЛОС, преди да се превърнат в заплаха за общественото здраве. Чилийският институт за обществено здраве (Instituto de Salud Publica, ISP) ръководи инициативи за геномно наблюдение на SARS-CoV-2 в Чили. Използвайки данни за секвениране, ISP е сигнализирал за въвеждането на ЛОС и е характеризирал тяхната трансмисивност и мутационни сигнатури, допринасяйки за по-доброто разбиране на местните характеристики на пандемията.1

cistanche propiedades: частичноимуннабягство

Към 17 декември 2021 г. новопоявилият се Omicron VOC бързо се разпространи в 89 държави, включително Чили.2 До 21 декември ISP идентифицира 119 проби като Omicron. От тях 118 съответстват на пристигащи на летището SCL и един на предаване в общността (Фигура 1a, b). Въпреки че епидемиологичните характеристики на Omicron остават в процес на проучване, настоящите доклади предполагат два тревожни факта: Първо, Omicron има широка възможност за избягване както на естествена, така и на предизвикана от ваксина неутрализация, като по този начин увеличава шансовете за повторно заразяване и пробивни инфекции.

ползи от цистанче салса

по-конкретно,Омикрон е имунизиранбягството би намалило ефективността на ваксината срещу симптоматично заболяване до 35 процента и 73 процента съответно за 2 пъти прясно ваксинирани и подсилени индивиди, като се имат предвид иРНК ваксините (BNT162b2 на Pfifizer-BioNTech).3 Освен това тази защита срещу инфекция изглежда намалява в рамките на няколко месеца и коефициентът на бягство е много по-висок за хетероложен BNT162b2 бустер при лица, напълно ваксинирани с инактивираната вирусна ваксина на Sinovac, CoronaVac.4,5 Въпреки че към 9 януари 2022 г. 86.6 процента от чилийското население е напълно ваксинирано и 60,5 процент е получил бустерна инжекция6 (Фигура 1в), повечето от приложените дози съответстват на CoronaVac (55,3 процента), последвани от BNT162b2 (36,4 процента, обикновено бустер),7 като по този начин рискуват нова вълна.4

добавки с антоцианин и добавки с цистанч

Второ, първоначално и при липса на нови NPI, Omicron достигна време на удвояване от 1.{1}} дни,8 като по този начин се разпространява по-бързо от Delta VOC. Въпреки това, това се обяснява по-добре с обширния Omicronимуннабягство, а не присъщо увеличение на основната трансмисивност.9 Следователно по-строгите NPI могат значително да намалят трансмисията. Въпреки че защитата срещу тежко протичане изглежда остава за инфекциите с Omicron, високата заболеваемост сред населението застрашава правилното функциониране на критичната инфраструктура, тъй като големи части от работната сила ще изискват тестове и карантина. Следователно е от основно значение за информираното вземане на решения да се определят циркулиращите варианти и свойства чрез геномно наблюдение.

Въпреки че геномното наблюдение осигурява моментна снимка на циркулиращите варианти и техните мутационни подписи, неговата надеждност зависи от качеството на протокола за вземане на проби. По-долу обобщаваме официалните препоръки за геномно наблюдение10 в четири прости правила, които трябва да се вземат предвид за стабилен протокол за вземане на проби за SARS-CoV-2 геномно наблюдение: правилата на CARD:

1. Координирани: Усилията на различни субекти трябва да бъдат централно насочвани и хармонизирани, за да се избегнат пристрастия при подбора, да се осигури представителност, да се оптимизира разпределението на ресурсите и да се стандартизират протоколите за вземане на проби. Това образувание трябва също така да гарантира прозрачността на протоколите за вземане на проби, които трябва да бъдат докладвани заедно с информацията за генома на GISAID.

2. Адаптивен: Интензитетът на секвениране трябва да бъде увеличен, за да се осигури по-добра разделителна способност, когато нов вариант е сигнализиран в POE и открит при предаване в общността и намален до базовата си скорост, когато се установи доминиране на варианта. Правейки това, политиците могат да действат превантивно (вж. Фигура 1d).

3. Представителен: Протоколите за вземане на проби трябва да улавят пространствените хетерогенности, да са насочени към различни етнографски групи, да отчитат потенциалните отклонения от колайдера (напр. като вземане на проби само от симптоматични или неваксинирани индивиди или от същата верига на заразяване) и да бъдат пропорционални на текущата честота на поддържа представителност. В страни като Чили, където градските центрове са рядко разпределени, представителността трябва да бъде осигурена на регионална основа.

4. Разлика: Пробите, събрани на (i) входни точки (POE) и (ii) центрове за наблюдение, трябва да се разглеждат и анализират отделно, тъй като служат за различни цели. След като бъдат открити нови заплахи в POE, извадката от общността трябва да се увеличи, така че ранната динамика на заместване между вариантите да бъде точно уловена.

Тъй като вече открихме Omicron при предаване в общността, чилийските политици трябва динамично да адаптират строгостта на нефармацевтичните интервенции, за да предотвратят разпространението му, като същевременно предлагат бустерни иРНК ваксини на по-големи фракции от населението.11 На този етап геномното наблюдение е от решаващо значение за готовността и политиците трябва не само да се стреми да сърфира във вълната, но и да се учи от нея. Като цяло имаме по-големи шансове да успеем, ако изиграем нашите КАРТИ правилно.

подобряване на имунитета сбилкови лекарства

Препратки

1 Or ostica KY, Contreras S, Mohr SB, et al. Мутационни признаци и трансмисивност на SARS-CoV-2 Гама и Ламбда варианти. arXiv предпечат arXiv:2108.10018. 2021 г.

2 Viana R, Moyo S, Amoako DG и др. Бързо разпространение на епидемията от варианта на SARS-CoV-2 Omicron в Южна Африка. Природата. 2022 г.

3 Cele S, Jackson L, Khoury DS, et al. Omicron масово, но не напълно избягва неутрализацията на Pfifizer BNT162b2. Природата. 2021 г.

4 Perez-Then E, Lucas C, Monteiro VS, et al. Имуногенност на хетероложен BNT162b2 бустер при напълно ваксинирани индивиди с CoronaVac срещу SARS-CoV-2 варианти Delta и Omicron: Опитът на Доминиканската република. medRxiv. 2021 г.

5 Lu L, Mok BW, Chen L, et al. Неутрализиране на варианта на SARS-CoV-2 Omicron чрез серуми от реципиенти на ваксина BNT162b2 или Coronavac. Clin Infect Dis. 2021: ciab1041.

6 Mathieu E, Ritchie H, Ortiz-Ospina E, et al. Глобална база данни за ваксинации срещу COVID-19. Нат Хъм поведение. 2021: 1–7.

7 168 степен informe epidemiologico, informe incidencia y gravedad de Casos covid-19 segun antecedentes de Vacunacion e informe Estra tegia Nacional de Tta [Интернет]. Departamento de Estadisticas e Informacion de Salud. [цитирано 2022 януари 13].

8 Torjesen I. Covid ограниченията се затягат, тъй като случаите на Omicron се удвояват на всеки два до три дни. BMJ. 2021;375:n3051

9 Lyngse FP, Mortensen LH, Denwood MJ и др. SARS-CoV-2 Omi cron Предаване на VOC в датските домакинства. medRxiv. 2021 декември

10 Световна здравна организация. Ръководство за наблюдение на варианти на SARS CoV-2. Временно ръководство. [Интернет] 9 август 2021 г.

11 Bauer S, Contreras S, Dehning J, et al. Облекчаването на ограниченията с темпото на ваксиниране увеличава свободата и предпазва от по-нататъшни вълни на COVID-19. PLoS Comput Biol. 2021;17:(9) e1009288