Проучване случай-контрола на инфекция с Clostridium Innocuum, Тайван

Устойчив на ванкомицин Clostridium innocuumнаскоро беше идентифициран като етиологичен агент задиария, свързана с антибиотиципри хората. Проведохме проучване случай-контрола, включващо 152 пациенти, заразени с инокулум на C. от 2014–2019 г. в Тайван, използвайки 304 случая на инфекция с Clostridioides diffi - cile (CDI), съпоставени по диагноза година, възраст ({{7 }} години) и пол като контроли. Основните характеристики са сходни между двете групи. Инфектираните с C. inoculum пациенти са имали повече екстраинтестинална клостридиална инфекция и усложнения, свързани със стомашно-чревния тракт, отколкото пациентите с CDI. 30--дневната смъртност сред пациентите, инфектирани с C. innocuum, е 14,5%, а общата степен е 23,0%.Хронично бъбречно заболяване, солиден тумор, приемането в интензивно отделение и шоковият статус са 4 независими рискови фактора за смърт. Инокулумът C., идентифициран от клинични проби, трябва да бъде разпознат като патоген, изискващ лечение, и поради присъщата му ван-ванкомицин резистентност е необходима точна идентификация, за да се насочи подходяща и навременна антимикробна терапия

БИЛКА, КОЯТО ЩЕ ПОЗНАЕТЕПРИ БЪБРЕЧНИ БОЛЕСТИ

Clostridium видове are obligate anaerobic, endo-spore-forming bacilli that usually colonize the gastrointestinal tracts of humans. Of the >200 species of Clostridium, >30 са потенциални патогени при хората, като C. perfringens и Clostridioides diffi - cile. Въпреки това, C. innocuum рядко е описван като свързан с човешки заболявания. C. инокулум е идентифициран за първи път през 1960 г. сред 8 пациенти в Съединените щати; името, invacuum, описва липсата на вирулентност (1,2). Беше предизвикателство да се разграничи C. инокулум от други

Видове Clostridium (особено C. ramosum и C. clostridia forme, заедно наричани RIC група) поради техните сходни фенотипове на атипична близка тривиална колониална морфология, редки характеристики на образуване на спори и модел на мастни киселини (3–5). Идентифицирането на C. инокулум стана по-бързо и по-точно след въвеждането на молекулярни техники като секвениране на 16S РНК и свързана с матрицата лазерна десорбция/йонизация с време на полет (MALDI-TOF) масова спектрометрия (6).

През 1995 г. Cutrona et al. съобщават за първия случай на ендокардит, причинен от C. innocuum (7). Въпреки че преди това бактерията се считаше за по-малко патогенна и рядко причиняваше инфекции, от 2000 г. насам се появиха все повече и повече клинични доказателства, които предполагат, че инокулумът C. може да бъде потенциална причина за свързана с антибиотици диария и екстраинтестинална нална клостридиална инфекция (EICI), като бактериемия , интраабдоминална инфекция и ендокардит (8–10). Въпреки това не сме запознати с проучване на инфекция с C. innocuum с достатъчно голяма група пациенти, за да опишем нейните клинични характеристики.

Прецизната диагноза на C. inoculum е необходима поради неговата уникална присъща резистентност към ванкомицин, вероятно причинена от наличието на 2 хромозомни гена, които позволяват синтеза на пептид-гликанов прекурсор, завършващ в серин с нисък афинитет към ванкомицин (9,11). Въпреки че ванкомицинът е едно от препоръчителните антимикробни лекарства за лечение на инфекции, причинени от Clostridium видове, особено C. difficile, присъщата резистентност към ванкомицин в C. inoculum представлява риск от неподходящо лечение за пациенти, които са придобили C. inoculum инфекция (12). C. difficile е един от най-представителните близки тридиални видове, причиняващи заболяване при хората и е добре проучен. В Съединените щати ≈500,{6}} инфекции са идентифицирани годишно и 15,000–30,000 смъртни случая са свързани с C. difficile инфекция (CDI) (12–14)

В предишни проучвания ние демонстрирахме C. innocum като потенциален инвазивен патоген, причиняващ тежък колит и EICI в малка серия от случаи и доказахме неговата клетъчна токсичност in vitro (8,9). Тук проведохме ретроспективно проучване случай-контрола, за да опишем и оценим клиничните характеристики и резултатите от инфекции, причинени от C. inoculum. За тази цел избрахме пациенти с CDI като контролна група. Съветите за преглед на института в болница Chang Gung Memo Rial (CGMH; Taoyuan, Тайван) одобриха проучването, позволявайки преглед на медицинските данни на пациентите (IRB#201900906B0). Беше даден отказ от съгласие предвид ретроспективния характер на проекта и анонимния анализ на клиничната информация на пациентите.

Методи

Дизайн на проучването, клинична обстановка и записване на случай

We conducted a retrospective case-control study at CGMH during 2014–2019. CGMH is a tertiary medical center accommodating 3,700 patient beds. We selected C. difficile as the control to better illustrate the clinical features of C. innocuum infection. The case and control groups were assigned in a 1:2 ratio and matched in the diagnosed year, age +2 years, and sex. We identified cases with C. innocuum and C. difficile infections using the rapid ID 32A system (bioMérieux, https://www.biomerieux.com) and MALDI-TOF mass spectrometry Biotyper (Bruker Daltonik GmbH, https://www.bruker.com) (15– 17). MALDI-TOF mass spectrometry was introduced in 2009 in the clinical microbiology laboratory of CGMH, but C. innocuum was not reported routinely because it was considered a clinically insignificant microorganism. To trace the cases infected with C. inoculum, we reviewed the original reporting database from the MALDI-TOF mass spectrometry system directly and identified the samples reporting C. inoculum. Our definition of a microbiologically confirmed C. inoculum infection was that the original report from the MALDI-TOF mass spectrometry database revealed C. inoculum in the strongest 2 signals and had signal scores >2.00. Ние дефинирахме инфекциите с C. difficile със същата обосновка. Прегледахме изходната информация за всеки пациент и включихме всички пациенти с инфекция с C. инокулум в проучването. Ние дефинирахме инфекцията с C. difficile като положителен PCR-базиран тест за токсини с наличие на клинични симптоми, съвместими с инфекцията, или положителна култура на C. difficile със съвместими клинични симптоми (напр. документирана диария или радиологични характеристики на токсичен мегаколон). Ние изключихме случаи със съпътстващ C. инокулум и C. difficile, изолирани от същата клинична проба от проучването. За съвпадението случай-контрола 3 автора (Y.-C. Chen, Y.-C. Kuo и M.-C. Chen) прегледаха изходната информация за всички случаи с C. innocuum и C. difficile инфекция. Избрахме произволно 2 контроли за всеки случай, съпоставени по диагностична година, възраст (+2 години) и пол на индексния случай. Ако нито една контрола не беше допустима от тези 3 съвпадащи променливи, тогава ние изпуснахме критерия за пола, последван от критерия за възраст, ако е необходимо. След процеса на съпоставяне, ние допълнително прегледахме клиничната информация на тези пациенти.

Ресурси за клинични данни, променливи и дефиниция

We collected demographic data, clinical manifestations, laboratory testing results, images, and mimicrobiology reports through an electronic medical record system (EMR). Demographic data were age, sex, race, underlying systemic diseases, and acquisition modality (community vs. hospital). We defined hospital-acquired infection as the symptoms that occurred>48 часа след приемане, или<4 weeks after discharge from a healthcare facility; otherwise, it was classified as a community-acquired infection (18). We calculated the Charlson Comorbidity Index score for each patient to represent the baseline physiologic condition affected by an underlying disease. The index is composed of 19 underlying conditions in 4 categories. Each category had a weighted score based on the risk for 1- and 10-year mortality rate (19). We recorded clinical symptoms such as diarrhea, fever, bloody stool, abdominal pain, vomiting, and abdominal distension. We also reviewed disease-related complications, including toxic megacolon, ileus, bowel perforation, and shock. Recurrent infection was defined if the patient had a repeated microbiological culture from the same specimen source within 8 weeks of initial documented symptoms resolution (20,21). Outcome assessment includeed 30-day, 90-day, and overall deaths after the infection. We reviewed previous antibiotic exposures according to each class: penicillins, cephalosporins, carbapenems, fluoroquinolones, aminoglycosides, macrolides, tetracyclines, glycopeptides, oxazolines, polymyxins, lincosamides, and metronidazole. We defined antibiotic exposure rates as the percentage of patients who received any drugs <30 days before C. inoculum or C. difficile infection and duration of antibiotic exposure as the total days of any antimicrobial drug use in a patient <30 days before the event of C. inoculum or C. difficile infection.

Бактериална изолация и идентификация

Извършихме анаеробни бактериални култури в клиничната микробиологична лаборатория, както е описано по-горе (9). Нанесохме всички анаеробни проби върху селективната агарна плака, включително CDC-ANA BAP (анаеробна кръвна агарна плака), CDC-ANA-PEA (анаеробна фенилетилов алкохол кръвна агарна плака) и BBE/KVLB (Bacteroides жлъчен ескулин и лакиран канамицин) двуплоча. Ние инкубирахме плочи с агар в аеробни условия (90% N2 /10% CO2) при 37 градуса за 5 дни. Прегледахме обстойно растящите колонии в плоча и анализирахме 1 представителна колония за всяка плоча с агар чрез бързата система ID 32A (bioMérieux) за идентифициране на микроорганизмите.

Таблица 1. Базови характеристики и клинични диагнози при 2 групи пациенти от инфектиращия вид Clostridium в проучване случай-контрола на инфекция с C. inoculum, Тайван*

Тестване за антимикробна чувствителност

Тествахме антимикробната чувствителност към клиндамицин, метронидазол, пеницилин, пиперацилин и ампицилин/сулбактам чрез метода на разреждане на агар с точка на прекъсване съгласно критериите на Института за клинични и лабораторни стандарти (документ M11-A8) за аеробни бактерии (22) . Използвахме интерпретативни критерии в документ M100S, за да определим чувствителността (22).

Статистически анализ

Извършихме статистически анализ от SPSS Statistics 24.0 (SPSS Inc., https://www.ibm.com/products/ spss-statistics). За непрекъснати променливи ние определихме значимостта, като използвахме независимия t-тест или U-теста на Mann-Whitney, според случая. Ако непрекъснатата променлива имаше отклонения и не отговаряше на нормалното разпределение, променливите бяха показани като медиана (интерквартилен диапазон, диапазон). Анализирахме категоричните променливи чрез χ2 тест и разгледахме p<0.05 statistically significant. We obtained odds ratios (ORs) from cross-tabulation and analyzed the p-value of ORs by univariate logistic regression. We estimated the mortality rate at 30 days and 90 days after the positive culture and analyzed it by Kaplan-Meier survival analysis using methods described previously (23). In addition, we examined risk factors associated with 30- and 90-day mortality in both groups by logistic regression.