ДНК метилом и транскриптом, идентифицирани ключови гени и пътища, участващи в образуването на петниста яйчена черупка при възрастни кокошки носачки
Dec 21, 2023
Резюме
Заден план
Качеството на черупките от птичи яйца е тясно свързано с рентабилността на производството на яйца. Петънцата по яйчените черупки отразяват важна качествена характеристика, която влияе върху външния вид на яйцата и предпочитанията на клиентите. Механизмът на образуване на петна обаче остава слабо разбран. В това проучване ние систематично сравнявахме серумните имунни и антиоксидантни индекси на кокошки, снасящи пъстри и нормални яйца. Анализите на транскриптоми и метиломи бяха използвани за изясняване на механизма на образуване на петна от черупки на яйца.
Cistanche ползи за мъжете - укрепване на имунната система
Щракнете тук, за да видите продуктите Cistanche Enhance Imunity
【Попитайте за повече】 Имейл:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
Резултати
Резултатите показват, че седем диференциално експресирани гена (DEGs) са идентифицирани между нормалните и спекъл групите. Анализът на обогатяване на набор от гени (GSEA) разкрива, че експресираните гени са обогатени главно в калциевия сигнален път, фокална адхезия и MAPK сигнален път. Освен това бяха открити 282 диференциално метилирани гена (DMG), от които 15 гена бяха свързани със стареенето, включително ARNTL, CAV1 и GCLC. Анализът на пътя показа, че DMG са свързани с Т-клетъчно медииран имунитет, отговор на оксидативен стрес и клетъчен отговор на стимул за увреждане на ДНК. Интегративният анализ на данните за транскриптом и ДНК метилиране идентифицира BFSP2 като единствения припокриващ се ген, който се експресира на ниски нива и хипометилира в групата на петната.
Изводи
Като цяло, тези резултати показват, че свързаните със стареенето и имунитета гени и пътища играят решаваща роля при образуването на петнисти яйчени черупки, предоставяйки полезна информация за подобряване на качеството на яйчените черупки.
cistanche tubulosa - подобряват имунната система
Ключови думи
Кокошки носачки, петнисти яйца, транскриптом, ДНК метилиране, имунитет
Заден план
Птичите яйца са един от най-важните източници на протеин и относително ниската им цена ги прави популярни сред потребителите. През последните четири десетилетия производството на яйца се е подобрило значително поради развитието на специализирани породи яйца и генетична селекция, с цел „Хранене на кокошки носачки до 100 седмици за производство на 500 яйца“ [ 12]. Въпреки това, постигането на тази цел е ограничено от постепенното влошаване на качеството на яйчената черупка и физиологията, свързани със стареенето на кокошката, което води до увеличаване на теглото на яйчената черупка, по-светъл цвят на яйчената черупка и петнисти черупки [3]. Червеникаво-кафявото петно, важен белег за качество на яйчената черупка, често се появява на тъпия край на кафявата черупка, което значително влияе върху външния вид на яйцата и предпочитанията на клиентите. Степента на петна по яйчената черупка се оценява чрез точков метод. Петната могат да бъдат оценени според интензитета на пигмента, разпределението и размера на петната [4]. Освен това, наследствеността на петнистите яйчени черупки варира от 0,15–0,2, което показва генетична детерминация [5]. Освен това предишно проучване показа, че възрастните кокошки имат по-висок процент петнисти черупки от яйца, отколкото по-младите кокошки, достигайки 20% след 60-седмична възраст [6]. Жлезата на яйчената черупка е орган за образуване на яйца, който играе критична роля в структурата на яйчената черупка и формирането на цвета. По време на образуването на яйцето, жълтъкът преминава през инфундибулума, магнума и провлака и достига до жлезата на черупката на яйцето, която секретира голямо количество калций, пигмент, кутикула и други вещества, образувайки цялостна структура на черупката на яйцето и външна кутикула [7–9]. ]. Всяка модификация или увреждане на жлезата на яйчената черупка засяга формирането на структурата на яйчната черупка и пигментацията [10–12]. Метилирането на ДНК е един от най-ранните известни пътища на модификация и включва прехвърлянето на метилови групи към петото въглеродно място на цитозина, за да се образува 5-метилцитозин [13]. Метилирането на ДНК играе важна роля в процеса на стареене на животните, регулирайки свързаната с възрастта генна експресия и етиологията на неврологични, имунологични и метаболитни заболявания [14–17]. Освен това, метилирането на ДНК, комбинирано с фактори на околната среда, може да причини различни фенотипове по време на стареенето [18]. Няколко сложни фенотипа на добитъка са свързани с метилирането на ДНК [19, 20]. Напоследък секвенирането на РНК (RNA-seq) беше полезно за разкриване на гените и пътищата, лежащи в основата на черти на транскрипционно ниво [21–24], като развитие на ембрионални мускули, ефективност на хранене и размер на котилото. Нашето предишно проучване показа, че въпреки че появата на петнисти яйчени черупки не влияе на производителността на кокошките носачки (непубликувани данни), петната могат да повлияят на външния вид на яйцата и да намалят значително тяхната икономическа стойност. Освен това, молекулярните механизми на образуването на петнисти яйца са слабо разбрани. Следователно, това изследване има за цел да изясни механизма на образуване на петна от яйчени черупки, използвайки транскриптомични техники и техники за метилиране на ДНК. Тъй като пъстрите яйчени черупки са наследствени и свързани с възрастта, ние използвахме комбинация от анализи на транскриптоми и ДНК метилиране, за да изследваме ключовите гени и пътища, участващи в образуването на петнисти яйчени черупки. Очаква се, че резултатите от това проучване ще подобрят разбирането на молекулярния механизъм на образуване на признаци на черупката на яйцата, което би било полезно за развъждането на животни.
Фиг. 1 Нормални и шарени яйца от възрастни кокошки носачки. A Нормално яйце, B Яйце на петна
Таблица 1 Серумни биохимични параметри на нормалните и спекъл групите
Резултати
Серумни биохимични параметри
A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) в антиоксидантните параметри между нормалните и петнистите групи.
Транскриптомен профил на жлезата на яйчената черупка
Шест cDNA библиотеки бяха конструирани от спекъл и нормалните групи. След контрол на качеството бяха получени общо 615 170 158 необработени четения и 604 275 600 чисти четения (98,22% от необработените четения). След подравняване с помощта на софтуер HISAT2, процентът на картографиране беше 90, 75–93, 18%, а уникалния процент на картографиране във всички проби беше по-голям от 73, 47% (допълнителна таблица S3). Нивата на генна експресия са илюстрирани с помощта на клъстерна топлинна карта и анализ на главните компоненти (PCA). Няма значителни разлики в профилите на генна експресия на проби от петънцата и нормалните групи, тъй като пробите не образуват отделни клъстери (Фиг. 2A, B). Общо седем диференциално експресирани гена (DEG) бяха идентифицирани между нормалните и спекъл групите (p<0.05, |log2 Fold Change|>1), включително два регулирани нагоре и пет регулирани надолу гена (Таблица 2). Анализът на обогатяване на набор от гени (GSEA) показа, че четири пътя са значително обогатени от експресираните гени (допълнителна таблица S4). Отрицателните нормализирани резултати за обогатяване (NES) показват по-ниски нива на експресия за някои пътища в нормалната група в сравнение с тези на групата на петната, като калциевият сигнален път, взаимодействието невроактивен лиганд-рецептор, фокалната адхезия и MAPK сигналният път са пътищата с най-нисък израз (фиг. 2C). Дървовидни DEG (BFSP2, IQSEC, TMOD4), идентифицирани от RNA-seq, бяха проверени с помощта на количествена PCR в реално време (qRT-PCR). Подобна експресия на трите гена беше очевидна при използване на RNA-Seq и qRT-PCR и коефициентът на детерминация (R2) достигна 0.93 (фиг. 2D), което показва, че данните от RNA-seq са надеждни.
Таблица 2 Диференциално експресирани гени (DEGs) между кокошките, които са снасяли петнисти и нормални яйца
Фиг. 2 Профилът на транскриптома на жлезата от черупката на яйцето. A Heatmap на нивата на генна експресия, B Анализ на основните компоненти на всички гени, използвайки DEseq2 нормализирани стойности на експресия, C Три представителни набора гени от резултатите от анализа на обогатяване на набора от гени, D Резултатите от проверката на qPCR на диференциално експресирани гени
Профил на ДНК метилиране на жлезата на яйчената черупка
A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (Фиг. 3A). PCA показа, че пробите от двете групи не се различават значително, тъй като не образуват отделни клъстери (фиг. 3B). Няма значителни разлики в нивата на метилиране на CG, CHG и CHH между двете групи (фиг. 3C). Въпреки това, групата на петната показва по-високо ниво на CG метилиране от нормалната група. Регионите на повторение и екзон показват най-високите нива на CG метилиране, докато 5' UTR регионът има най-ниските нива на CG метилиране (фиг. 3D). Общо 2788 диференциално метилирани области (DMRs) бяха идентифицирани между нормалните и спекъл групите. DMR са разположени главно в интроните (47,45%), следвани от интергенната област (36,05%), екзон (8,29%), промотор (5,95%), 3'-UTR (1,18%) и 5'-UTR ( 0,97%) региони (фиг. 4). Освен това бяха идентифицирани 282 диференциално метилирани гена (DMGs), включително 172 хиперметилирани и 74 хипометилирани гена в промоторната област. Освен това, 36 DMG бяха открити в тялото на гена, включително 30 хиперметилирани гена и шест хипометилирани гена. Преобразувахме DMG в техните човешки ортолози и получихме 158 генни символа, които бяха качени в Metascape за функционална анотация, генна онтология (GO) и анализи на пътя. Гените са обогатени в 176 GO биологични процеси, включително регулиране на клетъчния отговор към стимул на растежен фактор и медииран от Т клетки имунитет, отговор на оксидативен стрес и клетъчен отговор на стимул на увреждане на ДНК.
Фиг. 3 Общите нива на метилиране при кокошките носачки спеклести и нормални яйца. Корелационен анализ на нивата на метилиране между проби от двете групи. B Анализ на основните компоненти на нивото на метилиране на всички проби. C Хистограма на нивото на метилиране на мястото на цитозина в двете групи. D Линейна диаграма на нивата на метилиране на различни геномни региони. Геномните региони на всеки ген бяха разделени на 20 контейнера; нивото на метилиране на мястото на цитозина на съответните функционални области на всички гени след това беше осреднено.
Фиг. 4 Хистограма на анотация на диференциално метилирани региони (DMR) в геномни функционални региони
Фиг. 5 Условия на GO на DMG. B Връзката между генната експресия и нивата на метилиране на ДНК в групата на петната. C Връзката между генната експресия и нивата на метилиране на ДНК в нормална група. D Диаграма на Вен на припокриващи се гени между DEG и DMG
Анализът на пътя показа, че гените са обогатени в 19 Киото Енциклопедия на гените и геномите (KEGG) пътища, включително разграждане на РНК, възпалителна медиаторна регулация на TRP канали и TNF сигнален път. Освен това бяха открити 25 набора гени, включително сигнализиране от Rho GTPases, RHO GTPase цикъл и CDC42 GTPase цикъл. Първите 20 обогатени онтологични клъстера са показани на Фиг. 5A. Сред 158-те хомоложни човешки гена, 15 са свързани със стареенето или дълголетието (допълнителна таблица S6). Беше извършен интегративен анализ на цялото геномно бисулфитно секвениране (WGBS) и RNA-seq данни, за да се определи връзката между ДНК метилирането и нивата на генна експресия (Фиг. 5B и C). Имаше отрицателна корелация между ДНК метилирането и нивата на генна експресия нагоре по веригата на мястото за начало на транскрипцията (TSS) и надолу по веригата на мястото на терминиране на транскрипцията (TTS); обаче, нямаше корелация между метилирането на ДНК и нивата на генна експресия в генното тяло. Диаграмата на Venn показва, че BFSP2 е единственият припокриващ се ген между DMGs и DEGs (фиг. 5D).
Дискусия
Проучвания в продължение на няколко години показват, че образуването на петна по яйчените черупки е наследствено и възрастните кокошки носачки произвеждат по-висок процент петнисти яйчени черупки, отколкото по-младите кокошки [6]. Стареенето на кокошките носачки често е придружено от хронично възпаление и оксидативен стрес [25, 26]. Показателите на кръвта на животните отразяват техния физиологичен и хранителен статус. SOD, GSH-PX, GSH, CAT и T-AOC са компоненти на антиоксидантната защитна система. Резултатите от настоящото изследване показват, че няма значителна разлика в антиоксидантния капацитет на възрастните кокошки между петнистите и нормалните групи, което е в противоречие с констатациите на Moreno и Osorno [27]. Морено съобщава, че птиците, които снасят яйца с петниста черупка, могат да страдат от физиологичен стрес поради прооксидантната функция на основния петнист компонент и имат по-висока толерантност към оксидативен стрес [28]. Разликите в резултатите могат да се дължат на различните видове, използвани в проучванията.
cistanche tubulosa - подобряват имунната система
Имуноглобулините са протеини, участващи в противовъзпалителни процеси и играят регулаторни роли при възпалителни реакции [29]. Предишно проучване показа, че птиците сини синигери, които снасят пъстри яйца, показват ниски общи нива на имуноглобулин [30]. По същия начин, резултатите от настоящото проучване показаха, че птиците в групата на петна имат значително по-ниски серумни нива на IgA в сравнение с тези в нормалната група, което показва, че кокошките в групата на петна може да имат по-ниска противовъзпалителна способност, което е в съответствие с открития на Мартинес и Мерино [30]. IgA, като един от важните показатели при оценката на хуморалната имунна функция на домашните птици, има антивирусни, антибактериални и антитоксинови функции [31]. Проучванията показват, че хранителната добавка на глюкан от дрожди може да увеличи серумното съдържание на IgA. Повишеното съдържание на IgA може да увеличи способността на индивида да поддържа имунната хомеостаза, което води до възможни ползи за здравето [32]. Проучванията показват също, че с напредване на възрастта на кокошките носачки, тяхната устойчивост към външни патогени намалява [33]. Когато патогените навлязат в тялото на възрастни кокошки носачки, защитната система на лигавицата на тъканите на яйцепровода може да бъде увредена поради съпътстващото намаляване на имунитета [34]. Въпреки това, по-високо ниво на IgA може да повиши способността на тялото да поддържа имунната хомеостаза, предотвратявайки инвазията на патогени в субмукозната тъкан на яйцепровода, като по този начин поддържа добро качество на яйчената черупка. Освен това анализът на RNA-seq идентифицира седем DEG между спекъл и нормалните групи, включително IQSEC3, BFSP2, TMOD4, LOC112530987, GABRA2, TRIQK и псевдоген. IQSEC3, член на семейството на резистентни към брефелдин А ARF гуанин нуклеотидни обменни фактори (GEFs) [35, 36], насърчава развитието на инхибиторни синапси чрез свързване с гефирин [37]. IQSEC3 е функционално важен за поддържане на мрежовата активност in vivo. Нокдаунът на IQSEC3 в хипокампалния назъбен гирус при гризачи намалява плътността на GABAergic синапсите и повишава чувствителността към тежки припадъци [38]. Въпреки това, няма проучвания за функцията на IQSEC3 при домашни птици.
Гама-аминомаслената киселина (GABA) е основният инхибиторен невротрансмитер в централната нервна система на гръбначните [39] и може да промени структурата на рецептора и йонната пропускливост на съответния рецептор [40]. GABA може да действа директно върху тубулните гладкомускулни клетки чрез GABAA-R или GABAB-R, които са разположени на стената на фалопиевата тръба и участват чрез регулиране на тубулния контрактилитет при зайци [39], хора [41] и плъхове [42]. Проучванията показват, че GABRA1 играе важна роля в производството на яйца. Високите нива на експресия на GABRA1 могат да инхибират пролиферацията на гранулозни клетки, да подобрят клетъчната апоптоза и да инхибират синтеза и секрецията на прогестерон, което води до намалено производство на яйцеклетки [43–45]. Ритъмът на снасяне на яйца при кокошки носачки е невромодулаторен процес [46, 47]. Въз основа на тези резултати предполагаме, че има фина връзка между образуването на петна от черупки на яйца и нервната система, въпреки че точната връзка изисква допълнително изследване.
TMOD4, член на семейство протеини, които покриват заострените краища на актинови нишки [48], се експресира в скелетните мускули и сърцето [49, 50]. Проучванията съобщават, че TMOD4 присъства в лещите на възрастни пилета, еритроцитите и бързо съкращаващите се скелетни мускулни влакна [51]. Установено е, че TMOD4 участва в сглобяването на миофибрилите, мускулната контракция и диференциацията [52–54]. Свиването на мускула на яйцепровода кара яйцеклетката да се върти в матката, което позволява на пигмента да се отложи равномерно върху повърхността на черупката на яйцето. Спекулираме, че образуването на петнисти яйца може да е свързано с мускулна контракция на яйцепровода, но са необходими допълнителни изследвания. GSEA беше използван за анализиране на биологичната функция на всички експресирани гени, за да се избегне загубата на някои интересни набори гени чрез стратегията без прекъсване. Експресираните гени са основно обогатени в калциевия сигнален път, фокална адхезия, MAPK сигнален път и взаимодействието невроактивен лиганд-рецептор. Съобщава се, че в процеса на минерализация на яйчната черупка, гени, свързани с калциевия сигнален път, участват в абсорбцията на калциеви и карбонатни йони от кръвта и се транспортират до маточната течност през епителните клетки на яйцепровода, за да участват в яйчната черупка минерализация [46, 55]. Когато калциевите и карбонатните йони продължават да се минерализират в черупката на яйцето, яйцето се върти непрекъснато в матката и пигментът на черупката на яйцето, протопорфирин-IX, може да се отложи равномерно върху повърхността на черупката на яйцето [56]. Спекулираме, че разликата в доставките на карбонатни и калциеви йони между двете групи може да е довела до неравномерното разпределение на пигмента в процеса на отлагане върху повърхността на яйчената черупка, причинявайки петънца по черупката на яйцето.
cistanche tubulosa - подобряват имунната система
Фокалните адхезии са макромолекулни структури, които образуват механични връзки между вътреклетъчния актинов цитоскелет и компонентите на екстрацелуларния матрикс [57]. Доказано е, че фокалните сраствания играят жизненоважна роля в поддържането на морфологията и функцията на яйцепровода при китайските кафяви жаби [58], докато фокалните сраствания също участват в механизма на разликите в производството на яйца при пилетата Jinghai Yellow и Nandan-Yao домашни кокошки [59, 60]. В настоящото проучване фокалните адхезии са участвали в образуването на петънца от яйчена черупка, но специфичният механизъм на участие все още изисква допълнително изследване. MAPK пътят има три видни члена: p38 митоген-активирана протеин киназа (p38 MAPK), Jun N-терминална киназа (JNK) и киназа на екстрацелуларен отговор (ERK), които заедно регулират клетъчния растеж, диференциация, апоптоза, възпаление и други важни физиологични реакции [61]. Доказано е, че пътят на ERK 1/2 MAPK играе важна роля в растежа, развитието и диференциацията на яйцепровода и матката [62]. Wang и др. използват ванадий, за да индуцират растежа на епителните клетки на яйцепровода и установяват, че членовете на семейството MAPK са активирани, което води до оксидативен стрес на яйцепровода, намалена клетъчна активност и клетъчна апоптоза [63]. В настоящото проучване открихме, че сигналният път на MAPK в петниста група е значително обогатен и следователно предполагаме, че кокошките, снасящи петнисти яйца, може да са преживели известен стрес с известно въздействие върху яйцепровода. Невроактивните лиганд-рецепторни взаимодействия са свързани със синтеза на стероидни хормони в половите жлези. Те играят съществена роля в регулирането на производството на яйца и функцията на яйчниците при домашните птици [59, 64]. Диференциално експресираният ген, GABRA2, също принадлежи към пътя на взаимодействие на невроактивен лиганд-рецептор. Тъй като петънцата по яйчената черупка се появяват в резултат на производството на яйца, а производството на яйца е ритмичен процес, значителното обогатяване на взаимодействията невроактивен лиганд-рецептор в петнистата група ни кара да спекулираме, че може да има разлики в производството на яйца между кокошките, които снасят петнисти яйца и кокошките снасят нормални яйца, но това изисква допълнително проучване.
Факторите на околната среда могат да повлияят на генната експресия чрез епигенетични модификации. Комбинацията от генетични и епигенетични модификации може да бъде полезна при обяснението на механизма на формиране на сложни черти [19, 65]. Връзката между метилирането на ДНК в целия геном и генната експресия е изследвана от години [66, 67]. Като цяло ДНК метилирането потиска генната експресия [68]. Резултатите от настоящото изследване са в съответствие с предишни констатации, че високите нива на генна експресия са свързани с ниско ДНК метилиране в промоторната област [67, 68]. Въпреки това, не се наблюдава очевидна тенденция в областта на генното тяло, което може да се дължи на факта, че моделите на генна експресия също се регулират от други фактори [69, 70]. Анализът на функционалното обогатяване разкри, че DMG са основно обогатени с Т-клетъчно медииран имунитет, отговор на оксидативен стрес и клетъчен отговор на стимули за увреждане на ДНК и повечето от пътищата са свързани със стареенето [71–73]. Идентифицирани са и други гени, свързани със стареенето, включително GCLC [74], CAV1 [75] и LYN [76]. Комбинация от данни за транскриптом и ДНК метилиране показа, че BFSP2 е единственият припокриващ се ген и е значително експресиран както на ДНК метилиране, така и на транскриптомни нива. BFSP2 е хипометилиран и нивата му на експресия са ниски в групата на петната, което предполага, че генната експресия се регулира от други транскрипционни фактори в допълнение към модификацията на метилиране. Освен това, BFSP2 е идентифициран като кандидат-ген при автозомно-доминантни вродени катаракти [77] и прогресивно заболяване на катаракта [78]. Въпреки че е доказано, че BFSP2 е свързан с развитието на очите при пилета [79], проучванията върху други функции при пилетата са ограничени. Следователно са необходими допълнителни проучвания, за да се изясни ролята му в образуването на петна от яйчени черупки.
Cistanche ползи за мъжете - укрепване на имунната система
Изводи
В заключение, серумните имунни индекси показват, че съдържанието на IgA в петниста група е значително по-ниско от това в нормалната група и ние спекулираме, че намалената имунна функция е тясно свързана с образуването на петна от яйчена черупка. Анализът на транскриптома откри седем DEG между петнистите и нормалните групи, от които IQSEC3, GABRA2 и BFSP2 бяха идентифицирани като потенциално важни гени, свързани с образуването на петнисти яйца. Анализът на ДНК метилиране идентифицира DMG, свързани с Т-клетъчно медииран имунитет, отговор на оксидативен стрес и клетъчен отговор на стимул за увреждане на ДНК. От 282 идентифицирани DMG, 15 са свързани със стареенето. Интегративният анализ на транскриптома и метилирането на ДНК разкри, че единственият припокриващ се ген е BFSP2, който почти не е изследван при пилета. Данните, представени тук, предполагат, че имунните пътища и пътищата на стареене на кокошките носачки могат да допринесат за образуването на петна от яйчена черупка, подобрявайки разбирането ни за механизма на генериране на петна от яйчена черупка.
Препратки
1. Bain MM, Nys Y, Dunn IC. Повишаване на постоянството при снасяне и стабилизиране на качеството на яйцата при по-дълги цикли на снасяне. Какви са предизвикателствата? Br Poult Sci. 2016; 57 (3): 330–8.
2. Pottgüter R. Хранене на кокошки носачки до 100 седмична възраст. Lohmann Inf. 2016; 50: 18-21.
3. Molnar A, Maertens L, Ampe B, Buyse J, Kempen I, Zoons J, Delezie E. Промени в характеристиките на качеството на яйцата по време на последната фаза на производство: има ли потенциал за удължен цикъл на снасяне? Br Poult Sci. 2016; 57 (6): 842–7.
4. Gosler AG, Higham JP, James Reynolds S. Защо птичите яйца са петнисти? Ecol Lett. 2005; 8 (10): 1105–13.
5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. Връзка между цвета на черупката и честотата на петънца в линиите на кафяви яйца. В: Proc XII-та Европейска конференция по птицевъдство: 2006. 2006. p. 10–4.
6. Cheng X, Fan C, Ning Z. Качество на яйцата от лунички и неговите влияещи фактори. Chinese Poult Sci. 2019; 41 (19): 6–9 (на китайски).
7. Hincke MT, Nys Y, Gautron J, Mann K, Rodriguez-Navarro AB, McKee MD. Яйчената черупка: структура, състав и минерализация. Front Biosci (Landmark Ed). 2012; 17 (4): 1266-80.
8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. Цветът на яйчената черупка при кокошки носачки с кафяви яйца - преглед. Poult Sci. 2015; 94 (10): 2566–75.
9. Wilson PW, Suther CS, Bain MM, Icken W, Jones A, Quinlan-Pluck F, Olori V, Gautron J, Dunn IC. Разбиране на образуването на кутикула на птичи яйца в яйцепровода: изследване на неговия произход и отлагане. Biol Reprod. 2017; 97 (1): 39–49.
10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X. Диетичният кадмиев хлорид уврежда биоминерализацията на черупката чрез нарушаване на метаболизма на жлезата на яйчената черупка при кокошки носачки. J Anim Sci. 2020;98(2):skaa025.
11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. Влошаване на качеството на яйчената черупка при кокошки носачки, експериментално заразени с H9N2 вирус на птичи грип. Vet Res. 2016;47:35.
12. Wang J, Yuan Z, Zhang K, Ding X, Bai S, Zeng Q, Peng H, Celi P. Епигалокатехин{1}}защитена от ванадий галат депигментация на яйчена черупка чрез P38MAPK-Nrf2/HO-1 сигнален път при кокошки носачки. Poult Sci. 2018; 97 (9): 3109–18.
13. Avery OT, Macleod CM, McCarty M. Изследвания върху химическата природа на веществото, предизвикващо трансформация на пневмококови видове: индуциране на трансформация от фракция на дезоксирибонуклеинова киселина, изолирана от пневмокок тип III. J Exp Med. 1944; 79 (2): 137–58.
14. Kochmanski J, Marchlewicz EH, Cavalcante RG, Sartor MA, Dolinoy DC. Свързано с възрастта епигеномно ДНК метилиране и хидроксиметилиране в надлъжна кръв на мишка. Епигенетика. 2018; 13 (7): 779–92.
15. Zhang X, Hu M, Lyu X, Li C, Thannickal VJ, Sanders YY. ДНК метилирането регулира генната експресия при органна фиброза. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2017; 1863 (9): 2389–97.
16. Ehrlich M. ДНК хиперметилиране при заболяване: механизми и клинично значение. Епигенетика. 2019; 14 (12): 1141–63.
17. Ling C, Ronn T. Епигенетика при затлъстяване при хора и диабет тип 2. Cell Metab. 2019; 29 (5): 1028–44.
18. Kaminen-Ahola N, Ahola A, Maga M, Mallett KA, Fahey P, Cox TC, Whitelaw E, Chong S. Майчината консумация на етанол променя епигенотипа и фенотипа на потомството в миши модел. PLoS Genet. 2010;6(1):e1000811.
19 Tan X, Liu R, Xing S, Zhang Y, Li Q, Zheng M, Zhao G, Wen J. Откриване в целия геном на ключови гени и епигенетични маркери за пилешки мастен черен дроб. Int J Mol Sci. 2020; 21 (5): 1800.
20. Hwang JH, An SM, Kwon S, Park DH, Kim TW, Kang DG, Yu GE, Kim IS, Park HC, Ha J, et al. Модели на метилиране на ДНК и генна експресия, свързани с размера на котилото в плацентата на прасето Berkshire. ПЛОС ЕДИН. 2017;12(9):e0184539.
21. Yu C, Qiu M, Zhang Z, Song X, Du H, Peng H, Li Q, Yang L, Xiong X, Xia B и др. Секвенирането на транскриптоми разкрива гени, участващи в предизвикания от кадмий оксидативен стрес в пилешкото сърце. Poult Sci. 2021; 100 (3): 100932. 22. Boo SY, Tan SW, Alitheen NB, Ho CL, Omar AR, Yeap SK. Транскриптомен анализ на естествени клетки убийци на пилешки интраепителни лимфоцити, заразени с много вирулентен вирус на инфекциозна бурсална болест. Sci Rep. 2020; 10 (1): 18348.
23. Ren L, Liu A, Wang Q, Wang H, Dong D, Liu L. Транскриптомен анализ на развитието на ембрионалните мускули в Chengkou Mountain Chicken. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 431.
24. Yang C, Han L, Li P, Ding Y, Zhu Y, Huang Z, Dan X, Shi Y, Kang X. Характеризиране и анализ на дуоденален транскриптом на китайски говежди говеда с различна ефективност на фуража с помощта на RNA-Seq. Преден генет. 2021;12:741878.
25. Wang J, Jia R, Gong H, Celi P, Zhuo Y, Ding X, Bai S, Zeng Q, Yin H, Xu S и др. Ефектът на оксидативния стрес върху пилешките яйчници: участие на микробиота и интервенции на мелатонин. Антиоксиданти (Базел). 2021; 10 (9): 1422.
26. Attia YA, Al-Harthi MA, Abo El-Maaty HM. Нива на калций и холекалциферол при кокошки носачки в късна фаза: Ефекти върху продуктивните характеристики, качеството на яйцата, биохимията на кръвта и имунните реакции. Front Vet Sci. 2020; 7: 389.
27. Moreno J, Osorno JL. Цвят на птичи яйца и полов подбор: отразява ли пигментацията на черупката на жената състоянието и генетичното качество? Ecol Lett. 2003; 6 (9): 803–6.
28. Afonso S, Vanore G, Batlle A. Протопорфирин IX и оксидативен стрес. Free Radic Res. 1999; 31 (3): 161–70.
29. Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. Естествени антитела, интравенозен имуноглобулин и тяхната роля в автоимунитета, рака и възпалението. Clin Exp Immunol. 2009; 158 (Допълнение 1): 43–50.
30. Martínez-de la Puente J, Merino S, Moreno J, Tomás G, Morales J, Lobato E, García-Fraile S, Martínez J. Има ли петна по яйчената черупка и цветни индикатори за здравето и състоянието на сините синигери Cyanistes caeruleus? J Avian Biol. 2007; 38 (3): 377–84.
31. Fagarasan S, Honjo T. Синтез на чревен IgA: регулиране на защитата на тялото на предната линия. Nat Rev Immunol. 2003; 3 (1): 63–72.
32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. Добавката на бета-глюкан с диетични дрожди подобрява цвета на черупката на яйцата и люпимостта на оплодените яйца, както и подобрява имунните функции в развъдника кокошки носачки. Int J Biol Macromol. 2020; 159: 607–21.
33. Elhamouly M, Nii T, Isobe N, Yoshimura Y. Свързана с възрастта модулация на вродената имунна защитна система на истмиката и маточната лигавица при кокошки носачки. Poult Sci. 2019; 98 (7): 3022–8.
34. Li J, Qin Q, Li YX, Leng XF, Wu YJ. Експозицията на три-орто-крезил фосфат води до ниско производство на яйца и лошо качество на яйчената черупка чрез нарушаване на фоликулното развитие и функцията на жлезите на черупката при кокошки носачки. Ecotoxicol Environ Saf. 2021;225:112771.
35. Fukaya M, Kamata A, Hara Y, Tamaki H, Katsumata O, Ito N, Takeda S, Hata Y, Suzuki T, Watanabe M, et al. SynArfGEF е фактор за обмен на гуанинов нуклеотид за Arf6 и се локализира преференциално при постсинаптични специализации на инхибиторни синапси. J Neurochem. 2011; 116 (6): 1122–37.
36. Хм JW. Синаптични функции на семейството на IQSEC на ADP-рибозилиращия фактор гуанин нуклеотидни обменни фактори. Neurosci Res. 2017; 116: 54-9.
37. Um JW, Choi G, Park D, Kim D, Jeon S, Kang H, Mori T, Papadopoulos T, Yoo T, Lee Y, et al. IQ мотив и SEC7 домейн-съдържащ протеин 3 (IQSEC3) взаимодействат с гефирин за насърчаване на образуването на инхибиторен синапс. J Biol Chem. 2016; 291 (19): 10119–30.
38. Kim S, Kim H, Park D, Kim J, Hong J, Kim JS, Jung H, Kim D, Cheong E, Ko J и др. Загубата на IQSEC3 нарушава поддържането на GABAergic Synapse и намалява експресията на соматостатин в хипокампуса. Cell Rep. 2020;30(6):1995-2005 e1995.
39. Erdö SL, Riesz M, Kárpáti E, Szporny L. GABAB рецептор-медиирано стимулиране на контрактилитета на изолиран заешки яйцепровод. Eur J Pharmacol. 1984; 99 (4): 333-6. 40. Roth FC, Draguhn A. GABA метаболизъм и транспорт: ефекти върху синаптичната ефикасност. Neural Plast. 2012;2012:805830.
41. Erdő SL, László Á, Szporny L, Zsolnai B. Висока плътност на специфични GABA свързващи места в човешката фалопиева тръба. Neurosci Lett. 1983; 42 (2): 155–60.
42. Erdo SL, Rosdy B, Szporny L. По-високи концентрации на GABA във фалопиевата тръба, отколкото в мозъка на плъх. J Neurochem. 1982; 38 (4): 1174–6.
43. Sun X, Chen X, Zhao J, Ma C, Yan C, Liswaniso S, Xu R, Qin N. Транскриптомен сравнителен анализ на яйчникови фоликули разкрива ключовите гени и сигнални пътища, замесени в производството на кокоши яйца. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 899.
44. Chen X, Sun X, Chimbaka IM, Qin N, Xu X, Liswaniso S, Xu R, Gonzalez JM. Транскриптомният анализ на яйчниковите фоликули разкрива потенциални основни гени, свързани с повишени и намалени нива на производство на пилешки яйца. Преден генет. 2021;12:622751.
45. Luan X, Liu D, Cao Z, Luo L, Liu M, Gao M, Zhang X. Профилирането на транскриптоми идентифицира диференциално експресирани гени в яйчниците на гъска Huoyan между периода на снасяне и периода на спиране. ПЛОС ЕДИН. 2014;9(11):e113211.
46. Cui Z, Zhang Z, Amevor FK, Du X, Li L, Tian Y, Kang X, Shu G, Zhu Q, Wang Y и др. Циркадният miR-449c-5p регулира транспорта на Са(2+) в матката по време на калцификацията на черупката на яйцата при пилета. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 764.
47. Mishra SK, Chen B, Zhu Q, Xu Z, Ning C, Yin H, Wang Y, Zhao X, Fan X, Yang M, et al. Анализът на транскриптоми разкрива диференциално експресирани гени, свързани с високи нива на производство на яйца в пилешката хипоталамусна хипофизна-овариална ос. Sci Rep. 2020; 10 (1): 5976.
48. Кокс PR, Siddique T, Zoghbi HY. Геномна организация на тропомодулини 2 и 4 и необичаен интергенен и интраекзоничен сплайсинг на YL-1 и тропомодулин 4. BMC Genomics. 2001;2:7.
49. Кокс PR, Zoghbi HY. Секвениране, анализ на експресията и картографиране на три уникални човешки тропомодулинови гена и техните миши ортолози. Геномика. 2000;63(1):97–107.
50. Yamashiro S, Gokhin DS, Kimura S, Nowak RB, Fowler VM. Тропомодулини: затварящи протеини със заострен край, които регулират архитектурата на актиновата нишка в различни типове клетки. Цитоскелет (Hoboken). 2012; 69 (6): 337–70.
51. Almenar-Queralt A, Lee A, Conley CA, Ribas de Pouplana L, Fowler VM. Идентифициране на нова изоформа на тропомодулин, скелетен тропомодулин, който затваря заострените краища на актинова нишка в бързия скелетен мускул. J Biol Chem. 1999; 274 (40): 28466–75.
52. Ren T, Li Z, Zhou Y, Liu X, Han R, Wang Y, Yan F, Sun G, Li H, Kang X. Секвениране и характеризиране на lncRNAs в гръдния мускул на пилета Gushi и Arbor Acres. Геном. 2018; 61 (5): 337–47.
53. Xu L, Zhao F, Ren H, Li L, Lu J, Liu J, Zhang S, Liu GE, Song J, Zhang L и др. Анализ на коекспресия на гени, свързани с теглото на плода, в овчи скелетен мускул по време на средни и късни етапи на развитие на плода. Int J Biol Sci. 2014; 10 (9): 1039–50.
54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. Транскриптомен анализ разкрива молекулярно разбиране на никотинамида и натриевия бутират върху качеството на месото на бройлери при висока плътност на животните. BMC Genomics. 2020; 21 (1): 412.
55. Zhang F, Yin ZT, Zhang JF, Zhu F, Hincke M, Yang N, Hou ZC. Интегриране на данни за транскриптоми, протеоми и QTL за откриване на функционално важни гени за образуването на черупки от патешки яйца и албумин. Геномика. 2020; 112 (5): 3687–95.
56. Nys Y, Gautron J, Garcia-Ruiz JM, Hincke MT. Минерализация на птичи яйчени черупки: биохимична и функционална характеристика на матрични протеини. CR Palevol. 2004; 3 (6–7): 549–62.
57. Chen CS, Alonso JL, Ostuni E, Whitesides GM, Ingber DE. Формата на клетката осигурява глобален контрол на сглобяването на фокалната адхезия. Biochem Biophys Res Commun. 2003; 307 (2): 355–61.
58 Su H, Zhang H, Wei X, Pan D, Jing L, Zhao D, Zhao Y, Qi B. Сравнителен протеомен анализ на яйцепровода Rana chensinensis. Молекули. 2018; 23 (6): 1384.
59. Zhang T, Chen L, Han K, Zhang X, Zhang G, Dai G, Wang J, Xie K. Транскриптомен анализ на яйчници при сравнително по-голямо и по-малко произвеждащо яйца Jinghai Yellow Chicken. Anim Reprod Sci. 2019;208:106114.
60. Sun T, Xiao C, Deng J, Yang Z, Zou L, Du W, Li S, Huo X, Zeng L, Yang X. Транскриптомен анализ разкрива ключови гени и пътища, свързани с производството на яйца при домашни пилета Nandan-Yao. Comp Biochem Physiol Част D Геномика Протеомика. 2021;40:100889.
61. Peter AT, Dhanasekaran N. Апоптоза на гранулозни клетки: преглед на ролята на MAPK-сигналните модули. Възпроизвеждане на домашен анимационен филм. 2003;38(3):209–13.
62. Jeong W, Kim J, Ahn SE, Lee SI, Bazer FW, Han JY, Song G. AHCYL1 се медиира от естроген-индуцирано ERK1/2 MAPK клетъчно сигнализиране и регулиране на микроРНК, за да повлияе на функционалните аспекти на птичия яйцепровод. ПЛОС ЕДИН. 2012;7(11):e49204.
63. Wang J, Huang X, Zhang K, Mao X, Ding X, Zeng Q, Bai S, Xuan Y, Peng H. Ванадатните оксидативни и апоптотични ефекти се медиират от пътя MAPK-Nrf2 в епителни клетки на яйцепровод магнум. Металомика. 2017; 9 (11): 1562–75.
64. Tao Z, Song W, Zhu C, Xu W, Liu H, Zhang S, Huifang L. Сравнителен транскриптомичен анализ на патешки яйчници с високо и ниско производство на яйца. Poult Sci. 2017; 96 (12): 4378–88.
65. Shioda K, Odajima J, Kobayashi M, Kobayashi M, Cordazzo B, Isselbacher KJ, Shioda T. Транскриптомно и епигенетично запазване на генетична полова идентичност в естроген-феминизирани мъжки пилешки ембрионални гонади. Ендокринология. 2021;162(1):bqaa208.
66. Huang YZ, Sun JJ, Zhang LZ, Li CJ, Womack JE, Li ZJ, Lan XY, Lei CZ, Zhang CL, Zhao X и др. Профили на метилиране на ДНК в целия геном и техните връзки с иРНК и микроРНК транскриптома в мускулната тъкан на говеда (Bos таурин). Sci Rep. 2014; 4: 6546.
67. Tan X, Liu R, Zhang Y, Wang X, Wang J, Wang H, Zhao G, Zheng M, Wen J. Интегриран анализ на метилома и транскриптома на пилета със синдром на хеморагичен мастен черен дроб. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 8.
68. Fu Y, Li J, Tang Q, Zou C, Shen L, Jin L, Li C, Fang C, Liu R, Li M, et al. Интегриран анализ на метилом, транскриптом и миРНКом на три породи прасета. Епигеномика. 2018; 10 (5): 597–612.
69. Lawrence M, Daujat S, Schneider R. Странично мислене: как хистоновите модификации регулират генната експресия. Тенденции Genet. 2016; 32 (1): 42–56.
70. Zhao BS, Roundtree IA, He C. Посттранскрипционна генна регулация чрез модификации на иРНК. Nat Rev Mol Cell Biol. 2017; 18 (1): 31–42.
71. Chakravarti B, Abraham GN. Стареене и Т-клетъчно медииран имунитет. Mech Aging Dev. 1999; 108 (3): 183–206.
72. Camougrand N, Rigoulet M. Стареене и оксидативен стрес: изследвания на някои гени, участващи както в стареенето, така и в отговор на оксидативен стрес. Respir Physiol. 2001; 128 (3): 393–401.
73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. Системни реакции на увреждане на ДНК при стареене и заболявания. Semin Cancer Biol. 2016; 37–38: 26–35.
74. Orr WC, Radyuk SN, Prabhudesai L, Toroser D, Benes JJ, Luchak JM, Mockett RJ, Rebrin I, Hubbard JG, Sohal RS. Свръхекспресията на глутамат-цистеин лигаза удължава продължителността на живота в Drosophila melanogaster. J Biol Chem. 2005; 280 (45): 37331–8.
75. Park DS, Cohen AW, Frank PG, Razani B, Lee H, Williams TM, Chandra M, Shirani J, De Souza AP, Tang B, et al. Caveolin-1 нулеви (-/-) мишки показват драстично намаляване на продължителността на живота. Биохимия. 2003; 42 (51): 15124–31.
76. Park JW, Ji YI, Choi YH, Kang MY, Jung E, Cho SY, Cho HY, Kang BK, Joung YS, Kim DH и др. Кандидат генните полиморфизми за захарен диабет, сърдечно-съдови заболявания и рак са свързани с дълголетието при корейците. Exp Mol Med. 2009; 41 (11): 772–81.
77. Jakobs PM, Hess JF, FitzGerald PG, Kramer P, Weleber RG, Litt M. Автозомно-доминантна вродена катаракта, свързана с делеционна мутация в гена на протеина BFSP2 на човешката перлиста нишка. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1432–6.
78. Conley YP, Erturk D, Keverline A, Mah TS, Keravala A, Barnes LR, Bruchis A, Hess JF, FitzGerald PG, Weeks DE, et al. Локусът на ювенилна прогресивна катаракта на хромозома 3q21-q22 е свързан с миссенсна мутация в структурния протеин на зърнестия пламък-2. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1426–31.
79. Kumar P, Kasiviswanathan D, Sundaresan L, Kathirvel P, Veeriah V, Dutta P, Sankaranarayanan K, Gupta R, Chatterjee S. Събиране на улики от анализ на транскриптоми в целия геном за изследване на медиирани от талидомид аномалии в развитието на окото на пилешки ембрион: азотен оксидът коригира медиираните от талидомид аномалии, като връща системата обратно към нормален модел на транскриптоми. Биохимия. 2016; 121: 253-67.
80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: ултра-бърз препроцесор всичко в едно FASTQ. Биоинформатика. 2018; 34 (17): i884–90.
81. Kim D, Paggi JM, Park C, Bennett C, Salzberg SL. Графично базирано подравняване на генома и генотипиране с HISAT2 и HISAT-генотип. Nat Biotechnol. 2019; 37 (8): 907–15.
82. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R, Genome Project Data Processing S. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Биоинформатика. 2009; 25 (16): 2078–9.
83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: ефективна програма с общо предназначение за присвояване на четене на последователност към геномни характеристики. Биоинформатика. 2014; 30 (7): 923–30.
84. Love MI, Huber W, Anders S. Модерирана оценка на промяната на гънките и дисперсията за RNA-seq данни с DESeq2. Genome Biol. 2014;15(12):550.
85. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, et al. Анализ на обогатяване на набор от гени: основан на знания подход за интерпретиране на профили на експресия в целия геном. Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545–50.
86. Крюгер Ф., Андрюс СР. Bismark: гъвкав инструмент за подравняване и метилиране за приложения на Bisulfte-Seq. Биоинформатика. 2011; 27 (11): 1571–2.
87. Jones PA. Функции на ДНК метилирането: острови, начални места, генни тела и други. Nat Rev Genet. 2012; 13 (7): 484–92.
88. Akalin A, Kormaksson M, Li S, Garrett-Bakelman FE, Figueroa ME, Melnick A, Mason CE. methylKit: изчерпателен R пакет за анализ на процеси на метилиране на ДНК в целия геном. Genome Biol. 2012;13(10):R87.
89. Zhou Y, Zhou B, Pache L, Chang M, Khodabakhshi AH, Tanaseichuk O, Benner C, Chanda SK. Metascape предоставя ориентиран към биолозите ресурс за анализ на набори от данни на системно ниво. Nat Commun. 2019; 10 (1): 1523.