Въздействие на високия прием на сол върху естествената чревна екосистема при диви мишки

Резюме: Холобионтът на бозайниците съдържа сложна и взаимозависима общност от чревни бактерии. Известно е, че промените в състава на този бактериален консорциум са ключов елемент в здравето на гостоприемника, имунитета и болестта. Наред с много други, диетичните навици са влиятелни двигатели за потенциално прекъсване на взаимното взаимодействие между бактерии и гостоприемници. В този контекст по-рано демонстрирахме, че диета с високо съдържание на сол (HSD) води до дисбиотично състояние на микробиота на червата на мишка, характеризиращо се с намаляване или изчерпване на добре познати чревни бактерии, насърчаващи здравето. Въпреки това, поради контролирана и дезинфекцирана среда, конвенционалните лабораторни мишки (CLM) притежават по-малко разнообразна чревна микробиота в сравнение с дивите мишки, което води до лоши транслационни резултати за изследванията на чревната микробиома, тъй като намаленото разнообразие на чревната микробиота може да не успее да изобрази сложната взаимозависима мрежи на микробиома. Тук ние оценихме ефекта на HSD върху чревната микробиота в CLM в сравнение с диви мишки, които съдържат естествена чревна екосистема, имитираща по-точно ситуацията при хората. Мишките бяха третирани или с контролна храна, или с HSD и чревната микробиота беше профилирана с помощта на методи, базирани на ампликони, насочени към 16S рибозомния ген. В съответствие с предишни открития, нашите резултати разкриха, че HSD индуцира значителна загуба на алфа разнообразие и екстензивна модулация на състава на чревната микробиота в CLM, характеризиращ се с намаляване на потенциално полезните бактерии от типа Firmicutes като родовете Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, Anaervorax и увеличаване на Akkermansia и Parasutterella. Въпреки това, дивите мишки, третирани с HSD, не показват същите промени по отношение на алфа разнообразието и загубата на бактерии Firmicutes като CLM, и по-общо, дивите животни показват само незначителни промени в състава на чревната микробиота при HSD. В съответствие с това функционалният анализ, базиран на 16S, предполага само големи промени в екологичните функции на чревната микробиота в CLM в сравнение с диви мишки при HSD. Нашите констатации показват, че по-богатата и произхождаща от дива природа чревна микробиота е по-устойчива на диетични интервенции като HSD, в сравнение с чревната микробиота на CLM, което може да има важни последици за бъдещи изследвания на транслационни микробиоми.

cistanche tubulosa - подобряват имунната система

Ключови думи: микробиом; диета с високо съдържание на сол; имунитет; дивак

1. Въведение

Червата на бозайниците са колонизирани от сложна и разнообразна бактериална общност, която заедно с гостоприемника създава деликатна симбиотична връзка [1,2]. Тази бактериална общност упражнява много функции, полезни за гостоприемника, включително метаболитни, имуномодулиращи и трофични функции [3–7] и съставът на чревната микробиота може да се променя по време на живота, в съответствие със специфичните нужди и физиологията на гостоприемника [1,8, 9]. Много полезни функции на бактериите, поддържащи здравето на червата, се медиират от метаболити, получени от анаеробна ферментация [10–13] и дисбиотичните състояния могат значително да повлияят на здравето на гостоприемника [2,11,14,15]. Нарастващата загриженост за въздействието на начина на живот върху здравето доведе до повишен научен интерес към участието на чревната микробиота и нейните транслационни последици [16,17]. В действителност чревната микробиота се оформя както от външни (напр. начин на живот, диета и медицински лечения), така и от вътрешни (напр. генетика на гостоприемника, имунни и метаболитни регулации) фактори [8,18–20]. Общопризнато е, че външните елементи могат да предизвикат въздействащи ефекти, като диетата е един от основните фактори, допринасящи за повлияване на състава и функцията на чревната микробиота [1,2,21]. Известно е, че западните диетични компоненти, като висок прием на сол, увреждат хомеостазата на гостоприемника, като засягат имунната система и променят чревната микробиота и болестта [18, 22–37]. В микробиотата на червата на мишка диета с високо съдържание на сол (HSD) е свързана с намаляването на бактериите, насърчаващи здравето, известни като производители на късоверижни мастни киселини (SCFA), като Lactobacillus spp., Bifidobacterium, Blautia и Faecalibaculum [28, 29,38–41], заедно с увеличаването на изобилието на Akkermansia, друг опортюнистичен производител на SCFA, за който е доказано, че засяга имунитета на гостоприемника и заболяването в различни моделни системи [42,43]. Миши животински модели често се използват за изследване как хранителните фактори могат да оформят чревната микробиота, имунната система и болестта [29,44–46]. Въпреки че използването на конвенционални лабораторни мишки (CLM) все още е валидна опция за много проучвания, понякога не успява да преведе правилно фокусираните върху чревната микробиота приложения [47–49]. Например, имунологични и метаболомични изследвания в миши модели на възпалително заболяване на червата (IBD) и затлъстяване показаха лошо прогнозиране на транслационни резултати от изследвания на чревната микробиота [50]. Това може да се дължи на много присъщи разлики в тези моделни системи, като например различна анатомия на червата, генетика и физиология [16,50]. Въпреки това, друг проблем при използването на CLM за изследване на взаимодействията между микробиота и имунитет е опитомяването на чревния бактериален състав в CLM, което се отразява в намаляването на сложността и устойчивостта на CLM чревната микробиота в сравнение с дивите мишки [51]. Необходимостта от дезинфекцирана и контролирана среда е изправена пред намалено присъствие на потенциални патогени и паразити, което се смята, че впоследствие води до по-малко „образована“ имунна система при CLM в сравнение с дивите мишки [51–53]. За да се реши този проблем, моделът на дива мишка е разработен чрез трансфер на ембриони, получени от C57BL/6 мишки, в диви мишки, за да се получи чревна микробиота, произхождаща от дива природа, за да се преодолее транслационният проблем на изследванията на имунологичната чревна микробиота [54]. Скорошни проучвания, включващи този миши модел, показват превъзходни резултати при прогнозиране на транслационната стойност на експерименталните имунотерапии в сравнение с CLM [54,55]. Освен това микробиотата на дивите черва е по-устойчива и устойчива на лечение с антибиотици и диета с високо съдържание на мазнини в сравнение с CLM, сравнимо с по-сложната ситуация при хората [54,55]. Въпреки това, въпреки установените ефекти на HSD върху чревната микробиота, имунната система и различните модели на заболяването в CLM, ефектите от високия прием на сол върху естествената чревна микробиота, получена от диви животни, са неизвестни. В това проучване ние оценихме ефекта на HSD върху различни състави на чревната бактериална екосистема и предсказуемите функции на CLM в сравнение с диви мишки.

2. Материали и методи

2.1. Животни и диета

Мишки C57BL/6 от див тип (женски на възраст 7–8 седмици, n=20) са закупени от Charles River и са настанени в животновъдния център на университета в Хаселт при стандартизирани условия. Диви мишки (C57BL/6 генетичен произход, мъжки n=12 и женски n=11) [54] бяха настанени в животновъдния център на UHasselt при стандартизирани условия. Изследванията върху животни са одобрени от Етичния комитет за експерименти с животни (ECAE) към университета Хаселт (ID201618A4V1, ID202235). Мишките бяха настанени (4 мишки/клетка) в стая с контролирана температура (21–23 ◦C) с 12:12 h цикъл светлина/тъмна светлина. Следните пречистени диети бяха закупени от Ssniff (Soest, Германия): 0,5% NaCl/контролна диета (E15430-04) и 4% NaCl/HSD (E15431-34). За HSD животните се хранят с 1% NaCl в питейната вода в допълнение към E15431-34, както е описано в [28]. CLM мишките бяха равномерно разпределени между контролната група (n=10) и HSD (n=10). За дивите мишки, мъжките и женските индивиди също бяха разпределени по равно в контролните и HSD хранителни групи (6 мъжки за контрола, 6 мъжки за HSD, 5 женски за контрола и 6 женски за HSD).

растение цистанче, повишаващо имунната система

2.2. Екстракция на ДНК

Екстракцията на микробна ДНК се извършва, както е описано в [28], като се използва модифициран протокол на QIAmp Fast DNA Stool Mini Kit (Qiagen, Hilden, Германия). Накратко, фекални пелети бяха добавени към 2-mL Eppendorf, съдържащ 0.5 mm стъклени перли и 1,5 mL лизисен буфер (ASL) (Qiagen, Hilden, Германия). За извършване на механична хомогенизация на пелетите се използва разбиване на топчета. Пълната екстракция се извършва съгласно протокола на производителя с незначителни модификации (удължаване на времето за инкубация на протеиназа К до 2 часа при 70 ◦C). Концентрациите на ДНК бяха оценени с помощта на NanoDrop ND-1000 спектрофотометър (NanoDrop Technologies, Wilmington, DE, USA) и съхранени при -20 ◦C преди 16S rRNA генна амплификация.

2.3. 16S rRNA генна амплификация и секвениране

Генната последователност на 16S rRNA се амплифицира чрез използване на праймер, специфичен за V4 региона (F515/R806), както е описано по-рано [56]. Накратко, 25 ng ДНК бяха използвани за PCR реакция (30 µL) (KAPA HiFi HotStart ReadyMix, Roche, Basel, CH, USA) за първоначална денатурация за 30 s при 98 ◦C, последвано от 25 цикъла (10 s при 98 ◦ C, 20 s при 55 ◦C и 20 s при 72 ◦C). Реакциите бяха извършени в три екземпляра, обединени за проба и пречистени чрез система за почистване, базирана на магнитни перли (Agencourt AMPure XP, Beckman Coulter, Brea, CA, USA). Подготовката на библиотеката беше извършена чрез PCR с ограничен цикъл, за да се получи индексираната библиотека с помощта на технологията Nextera (Nextera XT Index Kit, Illumina, Сан Диего, Калифорния, САЩ), последвано от втора стъпка за почистване на магнитни перли AMPure XP. След това индексираните проби се нормализират до същата концентрация от 4 nM, обединяват се и се секвенират на Illumina MiSeq платформа PE300 с протокол от 2 × 300 bp сдвоен край съгласно протокола на компанията (Illumina, Inc., Сан Диего, Калифорния, САЩ).

cistanche tubulosa - подобряват имунната система

Щракнете тук, за да видите продуктите Cistanche Enhance Imunity

【Попитайте за повече】 Имейл:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

2.4. Обработка и статистически анализ на данни за секвениране на ген на 16S rRNA

Суровите последователности бяха обработени с помощта на конвейер QIIME 2 [57]. След филтриране по дължина и качество (параметри по подразбиране), показанията бяха филтрирани и присвоени на оперативни таксономични единици (OTU) с помощта на DADA2 [58]. Таксономичното присвояване беше извършено от алгоритъма VSEARCH (https://github.com/torognes/vsearch; достъпен на 9 ноември 2022) и базата данни Silva v128 (https://www.arb-silva.de /; достъп на 9 ноември 2{{40}}22). След това ASV таблицата се нормализира чрез разреждане на дълбочина 6,147, така че всяка проба да достигне платото в края на кривата на разреждане. Алфа-разнообразието беше оценено с помощта на два различни показателя: богатство на OTU (наблюдавано), екологични индекси Chao1, Shannon, Simpson, обратен Simpson (InvSimpson). За бета-разнообразието, различията на Брей-Къртис, сходството на Жакард и претеглените и непретеглените показатели UniFrac [59] бяха изчислени и нанесени чрез Анализ на принципните координати (PCoA), за да се визуализира реалното разстояние между пробите. За да се нормализира таблицата за преброяване на OTU, беше извършено разреждане на дълбочина от 6305 последователности на проба 100 пъти. Резултатът, получен от присвояването на таксономия на OTU, като таксономична таблица, беше използван за свиване на нормализираната OTU таблица в таблици за нивата на таксономия L2 (тип), L5 (семейство) и L6 (род). Статистическите анализи бяха извършени с помощта на R (https://www.R-project.org/; достъпен на 25 ноември 2022; версия 4.2.0). Пакетът R „vegan“ (Версия 2.6-4) [60] беше използван за генериране на показатели за бета-разнообразие за сравняване на разликите в състава на групите чрез PCoA или чрез анализ на главните компоненти (PCA). Пакетите и разделянето на данни бяха тествани чрез тест за пермутация с псевдо-F съотношения (функция „Адонис“ във „веган“). Разделянето по отношение на бета разнообразието между групите беше тествано чрез пермутационен многовариантен анализ на дисперсията с използване на матрици на разстоянието (PERMANOVA, функция „Адонис“ в „vegan“), докато разликите за вътрешногрупова дисперсия бяха тествани чрез многовариантен тест за хомогенност на груповите дисперсии (PERMDISP , функция "betadisper" във "vegan"). Таксони, които не присъстват в поне 4 проби, бяха изключени от анализа. Разликите по отношение на относителното изобилие на таксони първо бяха оценени с предварителния тест на Kruskal-Wallis между 4 групи и след това допълнително оценени с теста на Wilcoxon между следните двойки за сравнение: CLM Control срещу CLM HSD, Wildling Control срещу wildling HSD, CLM Control срещу wildling Control, CLM HSD срещу wildling HSD. За оценка на таксономичните разлики между wildling и CLM беше използван размер на ефекта на линейния дискриминантен анализ (LEfSe: https://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/; достъпен на 25 ноември 2022 г.) за разграничаване на основните характеристики на ниво род [ 61]. След това резултатите от LEfSe бяха показани като лентова графика с праг на резултата на линеен дискриминантен анализ (LDA) по-висок от 1,0. Когато е необходимо, p-стойностите на множество сравнения се коригират по метода на Benjamini-Hochberg. Коефициент на фалшиво откриване (FDR) По-малък или равен на 0,05 се счита за статистически значим: * p По-малък или равен на 0,05; ** p По-малко или равно на 0,01; *** p По-малко или равно на 0,001. Функционалните разлики между микробиомите с различно съдържание на NaCl в храната (0,5% и 4% съдържание на NaCl в храната) бяха анализирани от PICRUSt2, софтуерен пакет за биоинформатика за предсказване на функционалното съдържание на метагенома от данни за секвениране на 16s rDNA ген (https://huttenhower.sph. harvard.edu/picrust/; посетен на 29 ноември 2022 г.; PICRUSt2 2.4.1) [62]. Тръбопроводът PICRUSt2 беше приложен към представителни последователности и тяхната таблица за изобилие от DADA2 чрез използване на стандартни параметри (https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Full-pipeline-script; достъпен на 29 ноември 2022 г.). От пълния изход от тръбопровода, метагеномното предсказване за пътищата на KEGG Orthology и MetaCyc бяха изградени като таблици, с предсказуеми функции като редове и проби като колони и използвани за сравняване на функциите на чревната микробиота при дивата природа и CLM при HSD режим. Функциите за предсказване на микробната общност, които допринесоха най-много за вариацията между wildling и CLM от първи (PC1), втори (PC2) и трети основен компонент (PC3), бяха избрани за по-нататъшен анализ при потреблението на HSD в двата модела. След това матрицата с изобилието на предсказуемата функция беше нормализирана, трансформирана в стойности на центрирано логаритмично съотношение (CLR) и изчислено съотношение log2mean (HSD/контрол) както за wildling, така и за CLM. Накрая, съотношенията log2mean бяха сравнени между групите чрез Wilcoxon-тест и нанесени като клинописна диаграма. Разликите между групите бяха статистически сравнени в R софтуер, използвайки Wilcoxon-test и тестови функции на Kruskal-Wallis и p стойности, коригирани по метода на Holm или Benjamini-Hochberg.

3. Резултати

3.1. HSD влияе върху разнообразието и състава на CLM и микробиотата на дивите черва

За да изследваме въздействието на HSD върху чревна микробна екосистема от див произход при мишки, ние дадохме HSD или контролни диети на диви мишки и CLM. Мишките бяха държани на диетични режими в продължение на две седмици и съставът на фекалната чревна микробиота впоследствие беше изследван чрез 16S РНК генно секвениране от фекални пелети, събрани на ден 14 (Фигура 1А). В съответствие с предишен доклад не са открити силни разлики по отношение на телесното тегло между контролните и HSD групите на CLM и диви мишки [29]. За да оценим различната чревна микробиота между двата модела CLM и диви мишки на изходно ниво, ние оценихме алфа разнообразието (наблюдавано или богатство, Chao1, Shannon, Simpson и обратен индекс на Симпсън), бета разнообразието (несходство на Брей-Къртис) и основните таксономични различия. В съответствие с предишни проучвания [54], микробиотата на дивите черва се характеризира с по-голямо микробно богатство (Фигура 1B, всички индекси на алфа разнообразие), както и различен и по-хетерогенен микробен състав от CLM (Фигура 1C, PERMANOVA p {{9} }.001 & PERMDISP p=0.0009, wildling срещу CLM; и фигура S1). По отношение на микробните сигнатури, чревната микробиота на CLM и дивите мишки се характеризира с различни бактериални таксони (Фигура S1). В съответствие с Rosshart et al. [54], бактериалните таксони от диви мишки принадлежат към Intestinomonas, Desulfovibrio, Tuzzerella, Oscillobacter, Orodibacter и патогенния род Helicobacter, който характеризира произхождащия от дивата природа неопитомен профил на този модел (Фигура S1).

Фигура 1. Въздействие на HSD върху бактериалния състав на CLM (n=10/група) и диви мишки (n=11 за диви Ctrl и n=12 за диви HSD). (A) Експериментален дизайн. C57BL/6 CLM или диви мишки бяха хранени с 0.5% NaCl (контрола, Ctrl) или с високо съдържание на сол 4% NaCl (HSD) и червата на чревната бактериална общност, характеризираща се със секвениране на 16S rRNA генен ампликон. (B) Индекси за алфа разнообразие на фекална чревна микробиота на CLM и диви животни; от ляво на дясно са показани следните индекси: Наблюдавано (извън богатство), Chao1, Шанън, Симпсън, Симпсън (обратен Симпсън). Разликите между групите се оценяват статистически чрез теста на Wilcoxon. (C) Графика на основния координатен анализ на ординацията на бета разнообразието от показателя за несходство на Bray-Curtis между CLM срещу wildling (отгоре), CLM контрол срещу CLM HSD (долу вляво) и wildling контрол срещу wildling HSD (долу вдясно); разделянето и хомогенността между групите бяха изчислени съответно чрез тестове PERMANOVA и PERMDISP. * p По-малко или равно на 0.05; ** p По-малко или равно на 0.01; **** p По-малко или равно на 0.0001. Фигура 1. Въздействие на HSD върху бактериалния състав на CLM (n=10/група) и диви мишки (n=11 за диви Ctrl и n=12 за диви HSD). (A) Експериментален дизайн. C57BL/6 CLM или диви мишки бяха хранени с 0,5% NaCl (контрола, Ctrl) или с високо съдържание на сол 4% NaCl (HSD) и червата на чревната бактериална общност се характеризираха със секвениране на 16S rRNA генен ампликон. (B) Индекси за алфа разнообразие на фекална чревна микробиота на CLM и диви животни; от ляво на дясно са показани следните индекси: Наблюдавано (извън богатство), Chao1, Шанън, Симпсън, Симпсън (обратен Симпсън). Разликите между групите се оценяват статистически чрез теста на Wilcoxon. (C) Графика на основния координатен анализ на ординацията на бета разнообразието от показателя за несходство на Bray-Curtis между CLM срещу wildling (отгоре), CLM контрол срещу CLM HSD (долу вляво) и wildling контрол срещу wildling HSD (долу вдясно); разделянето и хомогенността между групите бяха изчислени съответно чрез тестове PERMANOVA и PERMDISP. * p По-малко или равно на 0,05; ** p По-малко или равно на 0,01; **** p По-малко или равно на 0,0001.

HSD индуцира значително намаляване на бактериалното разнообразие (Фигура 1B, всички алфа индекси на разнообразие), както и значителна микробна промяна в състава на CLM (Фигура 1C, PERMANOVA p=0.001, PERMDISP p=0 .1, CLM Ctrl срещу CLM HSD). За разлика от това, чревната микробиота на диви мишки се характеризира с по-голямо разнообразие при HSD (Фигура 1B, Наблюдавани & Chao1 индекси), различно от CLM, и те също се характеризират с по-слабо изразена промяна на микробния състав при HSD в сравнение с CLM (Фигура 1C, PERMANOVA p=0.001, PERMDISP p=0.5, wildling Ctrl спрямо wildling HSD).

3.2. Чревният микробен състав на диви мишки е по-устойчив на HSD от CLM

Разликите в бактериалния състав между wildling и CLM бяха допълнително таксономично характеризирани. На ниво тип най-разпространеният тип по отношение на относително изобилие са: Firmicutes (CLM: 52 ± 12%, диви: 32 ± 34%), Bacteroidota (CLM: 24 ± 23%, диви: 57 ± 19%), Actinobacteriota (CLM: 1{{10}} ± 7%, диви: 0,7 ± 1,3%) и Verrucomicrobiota (CLM: 24 ± 23%, диви: 0%/неоткрито) (Фигура 2). Чревният микробен профил показва допълнително различно изобилие за всички видове, открити във фекални проби между диви мишки и CLM (Фигура 2). По-специално, основната микробиота phyla Firmicutes, Bacteroidota и Verrucomicrobiota са значително различни между двата модела (Фигура 2). По-конкретно, на семейно ниво се наблюдава различен принос в чревната микробиота на диви животни спрямо CLM за повечето от бактериите, докладвани преди като HSD чувствителни [28], включително Lactobacillaceae, Clostridiaceae, Peptostreptococcaceae и Akkermansiaceae (Фигура 3). В съответствие с това подобни тенденции бяха потвърдени на ниво род между диви и CLM проби за основните членове на гореспоменатите семейства; сред тях най-представителните са Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, Faecalibaculum и Akkermansia (фигури S1 и 4). За да характеризираме по-нататък въздействието на HSD върху състава на микробиотата на CLM и дивите черва, ние също анализирахме въздействието на диетичния режим на различни нива на класификация. На ниво тип, третираната с HSD CLM чревна микробиота се характеризира със значително изчерпване на Firmicutes и обогатяване на Verrucomicrobiota (Фигура 2), но нито един от основните типове не е бил засегнат от HSD в проби от диви животни (Фигура 2). На семейно ниво чревната микробиота на CLM се характеризира със значително изчерпване на бактериите, произвеждащи млечна киселина, като Lactobacillaceae, както и SCFA-продуценти, като Peptostreptococcaceae и Clostridiaceae (Фигура 3). Освен това, в CLM, захранван с HSD, наблюдавахме увеличения на Akkermansiaceae, Sutterellaceae, Defluvitaleaceae и Eggerthellaceae (Фигура 3). За разлика от това, HSD засяга различни бактериални семейства в микробиотата на дивите черва, сред които двете силно разпространени Muribaculaceae и Prevotellaceae, и двете от които са увеличени при HSD (Фигура 3). Бактериалната модулация, която най-много е допринесла за HSD-ефекта в CLM, включва увеличаването на родовете Akkermansia, Parasutterella и Enterorhabdus, както и намаляването на Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, (Eubacterium) oxidoreducens group, Muribaculum и Anaervorax (Фигура 4). С изключение на Roseburia, нито един от гореспоменатите родове не е бил засегнат от HSD в микробиотата на дивите черва, докато родът Anaervorax показва противоположна тенденция от тази на CLM (Фигура 4).

Фигура 2. HSD-ефект върху бактериална фила от чревна микробиота на CLM (n=10/група) и диви мишки (n=11 за диви Ctrl и n=12 за диви HSD). Общият състав от гледна точка на относителното изобилие на фила е показан чрез стълбовидна диаграма за всеки индивид (отгоре) и графика за конкретна фила (отдолу); извършени са статистически сравнения между групите чрез Wilcoxon-тест. * p По-малко или равно на 0.05; ** p По-малко или равно на {{10}}.01; *** p По-малко или равно на 0,001; **** p По-малко или равно на 0,0001.

Фигура 3. Въздействие на консумацията на храна с високо съдържание на сол върху бактериални семейства на CLM (n=10/група) и диви мишки (n=11 за диви Ctrl и n=12 за диви HSD). Общият състав на семейно ниво е представен от стълбовидна диаграма за всеки индивид (отгоре) и кутия за конкретни семейства (отдолу); извършени са статистически сравнения между групите чрез Wilcoxon-тест. * p По-малко или равно на 0.05; ** p По-малко или равно на {{10}}.01; *** p По-малко или равно на 0,001; **** p По-малко или равно на 0,0001.

Фигура 4. Промени в бактериалните родове в CLM (n=10/група) и диви мишки (n=11 за диви Ctrl и n=12 за диви HSD). Общият принос на относително изобилие на ниво род се изобразява като кръгова лентова диаграма за всеки индивид (отгоре) и кутийка за конкретни родове (отдолу); извършени са статистически сравнения между групите чрез Wilcoxon-тест. * p По-малко или равно на 0.05; ** p По-малко или равно на 0.01; *** p По-малко или равно на 0,001; **** p По-малко или равно на 0,0001.

3.3. HSD засяга предсказуемите микробни функции в CLM, но не и в дивите мишки

Резултатът от PICRUSt 2 не открива никаква значителна разлика между функциите на микробната общност на диви HSD спрямо нетретирани диви мишки както за анотации на KEGG Orthology, така и за MetaCyc пътя, с единственото изключение на индуцираната от HSD повишена функция на recG ген за ATP-зависима хеликаза от ортологията на KEGG (Фигура 5А). Въздействието на HSD върху CLM се характеризира със значително намаляване на предсказуемите функции за KEGG Orthology, сред които генът spp (захароза-6-фосфатаза) и pfkA (фосфофруктокиназа 1), и двата участващи в метаболизма на нишестето и захарозата, което е в съответствие с предишни открития [28] (Фигура 5A). В допълнение, чревната микробиота на CLM, хранен с HSD, се характеризира с намалени предсказващи функции на гени, участващи в мембранния транспорт (feoB за транспорт на желязо, AB 2P AB 2 пермеазен протеин, AB 2A AB 2 ATP свързващ протеин), биосинтеза на глутамин (glnA) , LacI семейство транскрипционен регулатор (lacI, galR) и транскетолаза (tktA, tktB) (Фигура 5А). За пътищата на MetaCyc, HSD значително обогати CLM чревната микробиота на предсказуеми функции, свързани с намаляване на нитратите (денитрификация път), разграждане на галактоза (разграждане на D-галактарат, супер път на разграждане на D-глюкарат и D-галактарат), разграждане на фенил-пропаноат, мастни киселинно спасяване, разграждане на сукцинат до бутанова киселина и разграждане на аминокиселини (разграждане на ароматен амин, разграждане на L-левцин) (Фигура 5В). Освен това, в съответствие с предишни констатации [28], чревната микробиота на HSD в CLM загуби предсказващи функции за биосинтеза на аминокиселини (супер път на биосинтеза на L-аланин, биосинтеза на L-лизин), смесена киселинна ферментация, с допълнителен нов подпис, загубен като N- разграждане на ацетилглюкозамин/N-ацетил-манозамин/N-ацетилневраминат и разграждане на дезоксирибонуклеозиди (разграждане на пиримидин и пурин, биосинтеза на инозин-5-фосфат III) (Фигура 5В).

Фигура 5. Прод.

Фигура 5. Ефект на HSD върху предсказуемите метагеномни функции на червата в чревната микробиота на CLM (n=10/група) и дива (n=11 за дива Ctrl и n=12 за дива HSD). Изходът от PICRUSt2, начертан като клинописна графика за ортологична анотация на KEGG (A) и пътища на MetaCyc (B), изразени като средно съотношение log2 на броя на предсказуемите функции между HSD спрямо Ctrl проби. Всички статистически сравнения бяха извършени между Ctrl срещу HSD групи чрез Wilcoxon-тест.

4. Дискусия

Известно е, че сложната и разнообразна микробиота на дивите черва е по-устойчива на определени модели на заболяване [51] и диетични режими, като прием на високо съдържание на мазнини [54,55]. Въпреки това, нито едно предишно проучване не е оценило ефектите от високия прием на натрий върху чревната микробиота на миши диви животни. Тук проучихме за първи път как HSD влияе на микробиотата на дивите черва в сравнение с CLM. Интересното е, че нашите резултати показват, че в сравнение с CLM, микробиомът на дивата природа е по-устойчив на смущения на HSD както на композиционно, така и на предсказуемо функционално ниво. Добре установено е, че високият прием на сол може да влоши риска от различни заболявания, като сърдечно-съдови или автоимунни заболявания, чрез промяна на състава на микробиома на червата и имунната хомеостаза [25,29,31,34,63–65]. В съответствие с предишни доклади, индуцираните от HSD промени в чревната микробиота в CLM се характеризират със значителни промени в микробното разнообразие, състав и предсказващи функции [28]. Подпомагащите здравето бактерии като семейство Peptostreptococcaceae и родове Lactobacillus, Roseburia и Tuzzerella намаляват по отношение на относителното изобилие в CLM, докато Akkermansia значително се увеличава в групите, хранени с HSD. Ние също така открихме по-високо относително изобилие на HSD в Defluvitaleaceae, Enterorhabdus и Parasutterella. Интересното е, че родът Parasutterella е основен компонент на чревната микробиота както на CLM, така и на хората, където се държи като асахаролитик и производител на сукцинат [66]. Известно е, че Enterorhabdus от семейство Eggerthellaceae и Parasutterella от семейство Sutterellaceae са обогатени при пациенти с IBD [67,68], което допълнително показва как HSD може да повлияе върху развитието на заболяването. Въпреки това, интересно е, че дивите мишки не показват подобно образувание на индуцирани от HSD микробни промени, като CLM. Въпреки това разнообразието на диви животни значително се е увеличило при HSD за наблюдаваните OTUs и Chao1 показатели и само няколко таксона са участвали в нарушаването на HSD на чревната микробиота на диви животни, сред тях увеличение на Anaervorax, съчетано с намаляване на Erysipelatoclostridium, Roseburia и Lachnospiraceae UCG-004 род. Roseburia беше единственият бактериален подпис, който обикновено се споделя между HSD групите в сравнение със съответните контроли, въпреки че CLM, хранени с HSD, все още се характеризират с по-голямо изобилие от тази бактерия в сравнение с диви мишки, хранени с HSD. Трябва да се отбележи, че бактериите, произвеждащи бутират, като Roseburia, са показали, че имат по-ниско относително изобилие при пациенти с улцерозен колит [69] и това намаление също е наблюдавано като корелирано с генетичния риск от IBD при хора [70]. Това е в съответствие с предишни открития, при които е установено, че промените в бактериалните родове като Roseburia или Lactobacillus са свързани с риск от хипертония, вероятно насърчавана от западната диета [71]. Бактериалният състав на червата също е свързан с чревната подвижност и физиология [72].

Cistanche ползи за мъжете - укрепване на имунната система

Родът Anaervorax е наблюдаван преди това при мишки с анормална чревна физиология и намалена подвижност [73]; обаче, обогатяването на Anaervorax в HSD за диви мишки може да доведе до различна роля на този таксон в контекста на чревната хомеостаза и правилната функция. В съответствие с предишни констатации, наблюдавахме увеличение на рода Akkermansia в HSD групата на CLM [28], докато чревната микробиота на диви мишки беше изчерпана от този род, което също е в съответствие с по-ранни проучвания върху този модел [51, 53–55]. Въпреки че родът Akkermansia е потенциален пробиотик поради неговия положителен ефект върху подобряването на имунологичните и метаболитни профили на гостоприемника (напр. при затлъстяване и диабет тип 2) [42,74–77], ролята на този род все още е неясна поради отрицателните му ефекти. корелация с клиничните резултати при колоректален рак [78], болест на Паркинсон [79,80] и пациенти с множествена склероза [81]. В съответствие с нашите предишни резултати, получени с пътищата на MetaCyc [28], CLM при HSD показа намалени предсказуеми микробни функции, свързани с метаболизма на нишестето и захарозата за ортологията на KEGG. Въпреки това, незначителните промени в бактериалния състав на червата на диви мишки, хранени с HSD, не успяха да предизвикат никакви значителни вариации в предсказуемите бактериални функции, което показва, че чревната микробиота и метаболитните/екологични мрежи, получени от диви животни, са много по-стабилни и могат да се адаптират много по-лесно към Индуцирани от HSD диетични вариации в сравнение с чревните екосистеми на CLM, което изисква по-нататъшно изследване. Заслужава да се спомене и възможното влияние на чревната гъбична общност върху чревната бактериална мрежа при различни диетични режими. По-ранни проучвания вече предполагат как потенциалните взаимодействия между бактерии и гъбички са замесени в хомеостазата на имунната система на гостоприемника и развитието на болестта [82–85]. В този контекст CLM е допълнително ограничен от тяхната по-ниска бактериална сложност в сравнение с диви мишки, което може да попречи на установяването на разнообразна чревна микобиота [54]. Бъдещи проучвания ще могат да определят приноса на чревните гъбични общности в настройките на чревната микробиота и имунитета на гостоприемника чрез използване на дивия модел. В обобщение, нашето проучване предоставя данни за това как високият прием на натрий засяга естествена, произхождаща от дива природа чревна микробна екосистема в сравнение с опитомена чревна бактериална общност на CLM. Нашето проучване показа, че HSD не засяга бактериалните таксони и чревната микробиота при диви мишки по същия начин, както го прави за опитомена чревна микробиота от CLM. Това разминаване, както беше посочено по-рано за други диетични режими или състояния като диети с високо съдържание на мазнини [54,55], показва, че са необходими бъдещи изследвания в естествени миши моделни системи, за да се обобщи и оцени въздействието на диетичните интервенции върху по-сложни чревни екосистеми, както при хората.

cistanche tubulosa - подобряват имунната система

Препратки

1. Кандела, М.; Biagi, E.; Turroni, S.; Maccaferri, S.; Фиджини, П.; Brigidi, P. Динамична ефективност на човешката чревна микробиота. Крит. Rev. Microbiol. 2015, 41, 165–171. [CrossRef] [PubMed]

2. Кандела, М.; Biagi, E.; Maccaferri, S.; Turroni, S.; Brigidi, P. Чревната микробиота е пластичен фактор, реагиращ на промените в околната среда. Тенденции Microbiol. 2012, 20, 385–391. [CrossRef] [PubMed]

3. Боец, Е.; Gomand, SV; Deroover, L.; Престън, Т.; Vermeulen, K.; De Preter, V.; Hamer, HM; Van den Mooter, G.; De Vuyst, L.; Courtin, CM Системна наличност и метаболизъм на получени от дебелото черво късоверижни мастни киселини при здрави индивиди: Стабилно изотопно изследване. J. Physiol. 2017, 595, 541–555. [CrossRef] [PubMed] 4. Tan, J.; McKenzie, C.; Потамитис, М.; Thorburn, AN; Mackay, CR; Macia, L. Ролята на късоверижните мастни киселини в здравето и болестите. адв. Immunol. 2014, 121, 91–119. [PubMed]

5. Кумар, Дж.; Рани, К.; Datt, C. Молекулярна връзка между диетични фибри, чревна микробиота и здраве. Mol. Biol. 2020 г., 47, 6229–6237. [CrossRef] [PubMed]

6. Билота, AJ; Cong, Y. Регулиране на метаболита на чревната микробиота на защитата на гостоприемника при повърхностите на лигавиците: значение в прецизната медицина. прец. Clin. Med. 2019, 2, 110–119. [CrossRef]

7. Рукс, М.Г.; Garrett, WS Чревна микробиота, метаболити и имунитет на гостоприемника. Нац. Rev. Immunol. 2016, 16, 341–352. [CrossRef]

8. Родригес, JM; Мърфи, К.; Stanton, C.; Рос, RP; Кобер, OI; Juge, N.; Авершина, Е.; Руди, К.; Нарбад, А.; Jenmalm, MC Съставът на чревната микробиота през целия живот, с акцент върху ранния живот. Microb. Ecol. Health Dis. 2015, 26, 26050. [CrossRef]

9. Ариета, M.-C.; Stiemsma, LT; Amenyogbe, N.; Brown, EM; Finlay, B. Чревният микробиом в ранния живот: Здраве и болест. Преден. Immunol. 2014, 5, 427. [CrossRef]

10. Chung, WSF; Уокър, AW; Луис, П.; Parkhill, J.; Vermeiren, J.; Bosscher, D.; Дънкан, SH; Флинт, Х. Дж. Модулирането на човешката чревна микробиота чрез диетични фибри се случва на ниво вид. BMC Biol. 2016, 14, 3. [CrossRef]

11. Danneskiold-Samsøe, NB; Барос, HDdFQ; Сантос, Р.; Bicas, JL; Cazarin, CBB; Madsen, L.; Кристиансен, К.; Пасторе, GM; Brix, S.; Джуниър, MRM Взаимодействие между храната и чревната микробиота в здравето и болестта. Food Res. Вътр. 2019, 115, 23–31. [CrossRef] 12. Scott, KP; Дънкан, SH; Флинт, HJ Диетични фибри и чревната микробиота. Nutr. Бик. 2008, 33, 201–211. [CrossRef]

13. Донохоу, ДР; Гардж, Н.; Джан, X.; Sun, W.; O'Connell, ТМ; Bunger, MK; Bultman, SJ Микробиомът и бутиратът регулират енергийния метаболизъм и автофагията в дебелото черво на бозайниците. Cell Metab. 2011, 13, 517–526. [CrossRef]

14. Gomaa, EZ Човешка чревна микробиота/микробиома в здравето и болестите: Преглед. Антони Ван Льовенхук 2020, 113, 2019–2040. [CrossRef]

15. Рекена, Т.; Мартинес-Куеста, MC; Peláez, C. Диета и микробиота, свързани със здравето и болестта. Хранителна функция. 2018, 9, 688–704. [CrossRef] [PubMed]

16. Ericsson, AC; Франклин, CL Чревният микробиом на лабораторни мишки: съображения и най-добри практики за транслационни изследвания. Мамм. Геном 2021, 32, 239–250. [CrossRef] [PubMed]

17. Бересфорд-Джоунс, BS; Forster, SC; Stares, MD; Нотли, Г.; Viciani, E.; Browne, HP; Бьомлер, DJ; Содерхолм, Австрия; Кумар, Н.; Vervier, K. Каталогът на стомашно-чревните бактерии на мишката дава възможност за превод между чревната микробиота на мишката и човека чрез функционално картографиране. Клетъчен гостоприемник микроб 2022, 30, 124–138.e8. [CrossRef]

18. Фава, Ф.; Rizzetto, L.; Tuohy, K. Чревна микробиота и здраве: Свързване на участници в метаболитната система. Proc. Nutr. Soc. 2019, 78, 177–188. [CrossRef]

19. Дейвид, Луизиана; Матерна, AC; Friedman, J.; Кампос-Батиста, Мичиган; Блекбърн, MC; Perrotta, A.; Ердман, SE; Alm, начинът на живот на EJ Host влияе върху човешката микробиота в ежедневни времеви мащаби. Genome Biol. 2014, 15, R89. [CrossRef]

20. Танака, М.; Nakayama, J. Развитие на чревната микробиота в ранна детска възраст и нейното въздействие върху здравето в по-късен живот. алергол. Вътр. 2017, 66, 515–522. [CrossRef]

21. Дейвид, Луизиана; Морис, CF; Кармоди, RN; Gootenberg, DB; Бутон, JE; Улф, Белгия; Линг, AV; Devlin, AS; Варма, Й.; Фишбах, Масачузетс Диетата бързо и възпроизводимо променя човешкия чревен микробиом. Nature 2014, 505, 559–563. [CrossRef] [PubMed]

22. Гарсия-Монтеро, К.; Fraile-Martínez, O.; Gómez-Lahoz, AM; Пекарек, Л.; Кастеланос, AJ; Noguerales-Fraguas, F.; Кока, С.; Guijarro, LG; Гарсия-Хондувиля, Н.; Asúnsolo, A. Хранителни компоненти в западната диета срещу средиземноморската диета при взаимодействието на чревната микробиота и имунната система. Последици за здравето и болестта. Хранителни вещества 2021, 13, 699. [CrossRef] [PubMed]

23. Соверини, М.; Rampelli, S.; Turroni, S.; Schnorr, SL; Quercia, S.; Кастанети, А.; Biagi, E.; Бриджиди, П.; Candela, M. Вариации в профила на метагенома на човешките черва след отбиване в резултат на придобиване на Bifidobacterium в западния микробиом. Преден. Microbiol. 2016, 7, 1058. [CrossRef] [PubMed]

24. Манзел, А.; Muller, DN; Hafler, DA; Ердман, SE; Linker, RA; Kleinewietfeld, M. Роля на "западната диета" при възпалителни автоимунни заболявания. Curr. Allergy Asthma Rep. 2014, 14, 404. [CrossRef] [PubMed]

25. Kleinewietfeld, M.; Манзел, А.; Titze, J.; Квакан, Х.; Йосеф, Н.; Linker, RA; Muller, DN; Hafler, DA Натриевият хлорид предизвиква автоимунно заболяване чрез индуциране на патогенни TH17 клетки. Nature 2013, 496, 518–522. [CrossRef] [PubMed]

26. Хаасе, С.; Уилк, Н.; Kleinewietfeld, М.; Мюлер, DN; Linker, RA Натриевият хлорид задейства Th17 медииран автоимунитет. J. Neuroimmunol. 2019, 329, 9–13. [CrossRef] [PubMed]

27. Ернандес, Алабама; Киц, А.; Wu, C.; Lowther, DE; Родригес, DM; Vudattu, N.; Deng, S.; Herold, KC; Kuchroo, VK; Kleinewietfeld, M. Натриевият хлорид инхибира потискащата функция на FOXP3+ регулаторните Т клетки. J. Clin. разследване. 2015, 125, 4212–4222. [CrossRef]

28. Хамад, И.; Кардили, А.; Corte-Real, BF; Dyczko, A.; Vangronsveld, J.; Kleinewietfeld, M. Диета с високо съдържание на сол предизвиква изчерпване на бактериите, произвеждащи млечна киселина, в мишите черва. Хранителни вещества 2022, 14, 1171. [CrossRef]

29. Уилк, Н.; Матус, MG; Kearney, SM; Олесен, ЮЗ; Форслунд, К.; Bartolomaeus, H.; Haase, S.; Mähler, A.; Balogh, A.; Markó, L. Чувствителният към сол коменсал на червата модулира TH 17 ос и болест. Nature 2017, 551, 585–589. [CrossRef]

30. Wei, Y.; Lu, C.; Чен, Дж.; Cui, G.; Wang, L.; Ю, Т.; Янг, Й.; Wu, W.; Динг, Й.; Li, L. Диетата с високо съдържание на сол стимулира чревния Th17 отговор и изостря индуцирания от TNBS колит при мишки. Oncotarget 2017, 8, 70. [CrossRef]

31. Той, FJ; Li, J.; MacGregor, GA Ефект от по-дългосрочно умерено намаляване на солта върху кръвното налягане. Cochrane Database Syst. Rev. 2013, 346, f1325. [CrossRef] [PubMed]

32. Ху, Л.; Жу, С.; Peng, X.; Ли, К.; Peng, W.; Zhong, Y.; Kang, C.; Као, X.; Лиу, З.; Zhao, B. Високото съдържание на сол предизвиква мозъчно възпаление и когнитивна дисфункция, придружени от промени в чревната микробиота и намалено производство на SCFA. J. Алцхаймер Dis. 2020 г., 77, 629–640. [CrossRef]

33. Тъбс, Алабама; Лиу, Б.; Роджърс, TD; Сартор, РБ; Miao, EA Диетичната сол обостря експерименталния колит. J. Immunol. 2017, 199, 1051–1059. [CrossRef]

34. Мюлер, DN; Уилк, Н.; Haase, S.; Kleinewietfeld, М.; Linker, RA Натрият в микросредата регулира имунните отговори и тъканната хомеостаза. Нац. Rev. Immunol. 2019, 19, 243–254. [CrossRef] [PubMed]

35. Бър, AH; Bhattacharjee, A.; Hand, TW Хранителна модулация на микробиома и имунния отговор. J. Immunol. 2020, 205, 1479–1487. [CrossRef] [PubMed]

36. Рока-Сааведра, П.; Мендес-Вилабрил, В.; Миранда, JM; Nebot, C.; Cardelle-Cobas, A.; Франко, CM; Cepeda, A. Хранителни добавки, замърсители и други незначителни компоненти: Ефекти върху чревната чревна микробиота - Преглед. J. Physiol. Biochem. 2018, 74, 69–83. [CrossRef]

37. Côte-Real, BF; Хамад, И.; Hornero, RA; Geisberger, S.; Roels, J.; Van Zeebroeck, L.; Dyczko, A.; van Gisbergen, MW; Kurniawan, H.; Вагнер, А. Натрият смущава митохондриалното дишане и индуцира дисфункционални Tregs. Cell Metab. 2023, 35, 299–315.e298. [CrossRef] [PubMed]

38. Загато, Е.; Pozzi, C.; Bertocchi, A.; Schioppa, Т.; Сакери, Ф.; Guglietta, S.; Фосо, Б.; Melocchi, L.; Nizzoli, G.; Troisi, J. Член на ендогенната миша микробиота Faecalibaculum rodentium и неговият човешки хомолог предпазват от растеж на чревен тумор. Нац. Microbiol. 2020, 5, 511–524. [CrossRef] [PubMed]

39. Мао, Г.; Li, S.; Орфила, С.; Шен, X.; Джоу, С.; Линхард, RJ; Йе, X.; Chen, S. Деполимеризиран RG-I-обогатен пектин от цитрусови сегментни мембрани модулира чревната микробиота, увеличава производството на SCFA и насърчава растежа на Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp. и Faecalibaculum spp. Хранителна функция. 2019, 10, 7828–7843. [CrossRef]

40. Миранда, PM; Де Палма, Г.; Серкис, В.; Lu, J.; Луи-Огюст, депутат; McCarville, JL; Verdu, EF; Collins, SM; Bercik, P. Диетата с високо съдържание на сол изостря колита при мишки чрез намаляване на нивата на Lactobacillus и производството на бутират. Microbiome 2018, 6, 57. [CrossRef]

41. Чен, Л.; Той, FJ; Dong, Y.; Huang, Y.; Wang, C.; Харшфийлд, Джорджия; Zhu, H. Скромното намаляване на натрия увеличава циркулиращите късоверижни мастни киселини при нелекувани хипертоници: рандомизирано, двойно-сляпо, плацебо-контролирано проучване. Хипертония 2020, 76, 73–79. [CrossRef] [PubMed]

42. Луковац, С.; Belzer, C.; Pellis, L.; Keijser, BJ; de Vos, WM; Montijn, RC; Roeselers, G. Диференциална модулация от Akkermansia muciniphila и Faecalibacterium prausnitzii на периферния липиден метаболизъм на гостоприемника и ацетилиране на хистони в органоиди на червата на мишка. MBio 2014, 5, e01438-14. [CrossRef] [PubMed]

43. Дао, МС; Everard, A.; Aron-Wisnewsky, J.; Соколовска, Н.; Прифти, Е.; Verger, EO; Kayser, BD; Levenez, F.; Chilloux, J.; Hoyles, L. Akkermansia muciniphila и подобрено метаболитно здраве по време на диетична интервенция при затлъстяване: Връзка с богатството на микробиома на червата и екологията. Червата 2016, 65, 426–436. [CrossRef] [PubMed]

44. Llewellyn, SR; Бритън, GJ; Contijoch, EJ; Венаро, Охайо; Морта, А.; Colombel, J.-F.; Гринспан, А.; Клементе, JC; Мерад, М.; Faith, JJ Взаимодействията между диетата и чревната микробиота променят чревната пропускливост и тежестта на колита при мишки. Гастроентерология 2018, 154, 1037–1046.e1032. [CrossRef]

45. Бербер, К.; Гердес, Луизиана; Cekanaviciute, E.; Jia, X.; Xiao, L.; Xia, Z.; Liu, C.; Клоц, Л.; Stauffer, U.; Baranzini, SE Чревната микробиота от пациенти с множествена склероза позволява спонтанен автоимунен енцефаломиелит при мишки. Proc. Natl. акад. Sci. САЩ 2017, 114, 10719–10724. [CrossRef]

46. ​​Санчес, JMS; DePaula-Silva, AB; Libbey, JE; Fujinami, RS Роля на диетата в регулирането на чревната микробиота и множествената склероза. Clin. Immunol. 2022, 235, 108379. [CrossRef]

47. Мак, IW; Evaniew, N.; Ghert, M. Изгубени в превода: Животински модели и клинични изпитвания при лечение на рак. Am. J. Превод. Рез. 2014, 6, 114.

48. Payne, KJ; Crooks, GM Обвързване на имунната клетъчна линия: Превод от мишки към хора. Имунитет 2007, 26, 674–677. [CrossRef]

49. Seok, J.; Уорън, HS; Cuenca, AG; Миндринос, MN; Бейкър, HV; Xu, W.; Ричардс, DR; McDonald-Smith, GP; Гао, Х.; Hennessy, L. Геномните отговори в миши модели слабо имитират човешки възпалителни заболявания. Proc. Natl. акад. Sci. САЩ 2013, 110, 3507–3512. [CrossRef] [PubMed]

50. Нгуен, TLA; Виейра-Силва, С.; Листън, А.; Raes, J. Колко информативна е мишката за изследване на чревната чревна микробиота? дис. Модел. мех. 2015, 8, 1–16. [CrossRef]

51. Rosshart, SP; Васало, БГ; Анджелети, Д.; Hutchinson, DS; Морган, AP; Такеда, К.; Хикман, HD; McCulloch, JA; Язовец, JH; Ajami, NJ Чревната микробиота на дива мишка насърчава фитнеса на гостоприемника и подобрява устойчивостта към болести. Cell 2017, 171, 1015–1028.e1013. [CrossRef] [PubMed]

52. Сузуки, ТА; Phifer-Rixey, М.; Мак, KL; Шихан, MJ; Лин, Д.; Би, К.; Nachman, MW Хост генетични детерминанти на чревната микробиота на диви мишки. Mol. Ecol. 2019, 28, 3197–3207. [CrossRef] [PubMed]

53. Морис, CF; CL Knowles, S.; Ladau, J.; Полард, Канзас; Фентън, А.; Pedersen, AB; Turnbaugh, PJ Маркирани сезонни вариации в чревната микробиота на дивата мишка. ISME J. 2015, 9, 2423–2434. [CrossRef] [PubMed]

54. Rosshart, SP; Herz, J.; Васало, БГ; Хънтър, А.; Стена, МК; Язовец, JH; McCulloch, JA; Anastasakis, DG; Саршад, АА; Леонарди, И. Лабораторни мишки, родени от диви мишки, имат естествена микробиота и моделират човешки имунен отговор. Наука 2019, 365, eaaw4361. [CrossRef] [PubMed]

55. Хилд, Б.; Dreier, MS; О, JH; McCulloch, JA; Язовец, JH; Guo, J.; Thefaine, CE; Умарова, Р.; Хол, КД; Гаврилова, О. Неонаталното излагане на микробиом, произхождащ от дива природа, предпазва мишките от затлъстяване, предизвикано от диета. Нац. Metab. 2021, 3, 1042–1057. [CrossRef] [PubMed]

56. Caporaso, JG; Lauber, CL; Уолтърс, Вашингтон; Berg-Lyons, D.; Лозупон, Калифорния; Turnbaugh, PJ; Fierer, N.; Knight, R. Глобални модели на разнообразие на 16S rRNA на дълбочина от милиони последователности на проба. Proc. Natl. акад. Sci. САЩ 2011, 108, 4516–4522. [CrossRef] [PubMed]

57. Болиен, Е.; Rideout, JR; Дилън, MR; Бокулич, НА; Abnet, CC; Ал-Галит, Джорджия; Александър, Х.; Alm, EJ; Арумугам, М.; Asnicar, F. Възпроизводима, интерактивна, мащабируема и разширяема наука за микробиомни данни с помощта на QIIME 2. Nat. Биотехнология. 2019, 37, 852–857. [CrossRef]

58. Калахан, BJ; McMurdie, PJ; Росен, MJ; Хан, AW; Джонсън, AJA; Holmes, SP DADA2: Проба с висока разделителна способност от данни за ампликони на Illumina. Нац. Методи 2016, 13, 581–583. [CrossRef]

59. Lozupone, C.; Lladser, ME; Рицари, Д.; Stombaugh, J.; Knight, R. UniFrac: Ефективна метрика на разстоянието за сравнение на микробната общност. ISME J. 2011, 5, 169–172. [CrossRef]

60. Оксанен, Й.; Симпсън, Г.; Blanchet, F.; Kindt, R.; Legendre, P.; Минчин, П.; О'Хара, Р.; Солимос, П.; Стивънс, М.; Szoecs, E.; et al. Веган: Екологичен пакет на общността. Версия 2.6-4. 11 октомври 2022 г. Налично онлайн: https://CRAN.R-project.org/package= vegan (достъп на 26 ноември 2022 г.).

61. Сегата, Н.; Izard, J.; Waldron, L.; Gevers, D.; Мирополски, Л.; Гарет, WS; Huttenhower, C. Откриване и обяснение на метагеномни биомаркери. Genome Biol. 2011, 12, R60. [CrossRef]

62. Дъглас, GM; Maffei, VJ; Zaneveld, JR; Юргел, SN; Браун, JR; Тейлър, CM; Huttenhower, C.; Langille, MG PICRUSt2 за прогнозиране на метагеномни функции. Нац. Биотехнология. 2020 г., 38, 685–688. [CrossRef]

63. Нийл, Б.; Wu, Y.; Фън, X.; Джан, Р.; Джан, Й.; Shi, J.; Джан, Дж.; Тиан, М.; Хуанг, Л.; Li, Z. Ефект от заместването на солта върху сърдечно-съдовите събития и смъртта. Н. англ. J. Med. 2021, 385, 1067–1077. [CrossRef]

64. Аройо Хорнеро, Р.; Хамад, И.; Côte-Real, B.; Kleinewietfeld, M. Влиянието на диетичните компоненти върху регулаторните Т клетки и болестта. Преден. Immunol. 2020, 11, 253. [CrossRef] [PubMed]

65. Wu, GD; Чен, Дж.; Hoffmann, C.; Битингер, К.; Чен, YY; Keilbaugh, SA; Bewtra, М.; Рицари, Д.; Уолтърс, Вашингтон; Найт, Р.; et al. Свързване на дългосрочни диетични модели с чревни микробни ентеротипове. Наука 2011, 334, 105–108. [CrossRef] [PubMed]

66. Джу, Т.; Конг, JY; Стотард, П.; Willing, BP Определяне на ролята на Parasutterella, нехарактеризиран преди това член на основната чревна микробиота. ISME J. 2019, 13, 1520–1534. [CrossRef] [PubMed]